עונה שישית לדרמת המתח הממשיכה מנקודת הסיום הדרמטית של העונה הקודמת. לאחר הודעתו של רד ג'ון, כי הוא יודע על שבעת החשודים ברשימתו של ג'יין, ליסבון דוחקת בג'יין להמשיך בחקירה ולשמור על הרשימה בסוד.

ג'יין מגלה רמז חשוב לדרכי הפעולה של רד ג'ון, כאשר הוא פוגש ארבעה מהחשודים. בינתיים, החקירה המרכזית מתמודדת עם רצח מהנדס תוכנה על-ידי מתקפת מטוסים זעירים.

ואן פלט וריגסבי מחליטים להתחתן. בינתיים, ג'יין מסיט את תשומת לב הצוות לחקירה בנאפה, קליפורניה, כדי שיוכל להתקרב לשריף מקאליסטר.

גיין מגלה שרשימת חשודים מזויפת שהוא שתל נגנבה, והצוות חושש לחייהם של האנשים ששמותיהם היו ברשימה.

מותם של שני מאמני התעמלות בכירים מתקשר לוויזואלייז ולחשוד נוסף ברשימה של גיין.

ג'יין מחליט לכנס את החשודים הנותרים כרד ג'ון במקום אחד ובזמן אחד, בתקווה שזה יוביל אותו לזיהוי הרוצח החמקמק.

רשימת החשודים כרד ג'ון הולכת ומצטמצמת, וג'יין והצוות הופכים את המרדף לעדיפות הראשונה שלהם.

אחרי סגירת הסי-בי-איי, הצוות וג'יין מאחדים כוחות כדי להמשיך במרדף אחרי ברטראם.

לאחר שהניח לתיק רד ג'ון, ג'יין מתחיל חיים חדשים, אך חייו הקודמים מסרבים להרפות ממנו.

ג'יין נאלץ לשתף פעולה עם האף-בי-איי בחקירת היעלמותו של מתכנת שעובד עם הארגון, ומתעקש שליסבון תסייע לו.

האף-בי-איי יוצא לחפש את הרוצח של מספר סוכנים ביחידת הסמים, בעוד גיין יוצא לדייט עם אישה יפהפה הקשורה לפרשה.

ג'יין חוקר רצח של קרטוגרף, ומגלה קשר למזימת ריגול. ריגסבי וואן פלט עולים על קונספירציה מדהימה.

ג'יין מצטרף לקהילה בדלנית על מנת לחקור את מותה של התובעת הכללית של ארה"ב שגופתה נמצאה במכסיקו, למרות שאין כל עדות לכך שהיא עברה את הגבול. בינתיים, ואן פלט וריגסבי מנסים לתפוס מטרידן.

ג'יין ופישר חוקרים רצח שהתרחש באתר של קידוח נפט. בינתיים, המצוד אחר חשודים בתקיפת חברי סי-בי-איי לשעבר מוביל את ריגסבי וואן פלט לאוסטין, טקסס.

ואן פלט נחטפת על-ידי רוצח הרודף אחר חברים לשעבר ב-סי-בי-איי, וג'יין מגייס את כל כישוריו כדי לנסות למצוא אותה לפני שיהיה מאוחר מדי.

ג'יין רוקם תכנית מסוכנת על מנת ללכוד קבוצה של גנבי אמנות, בעוד ליסבון מתחברת אל סוכן ביחידת האמנות של האף-בי-איי.

ג'יין והאף-בי-איי מנסים לעזור לאסיר בשורת הנידונים למוות להוכיח את חפותו, יומיים לפני שגזר דינו אמור לצאת לפועל.

גופת אישה שנרצחה נמצאת ליד מועדון קהילתי מרוחק. ג'יין מנסה למצוא דרך להיטמע בקבוצת הגברים חברי המועדון, כדי למצוא את הרוצח.

מפגש מקרי עם אדם חשוד מוביל את ג'יין וליסבון לחשוף רשת הברחות אנושית עצומה. בינתיים, ליסבון נשארת מפותה על ידי הצעתו של פייק לעבור לוושינגטון הבירה איתו.

חבר מושבעים בוחן את הרצח של רד ג'ון כדי להגיע להחלטה האם יש להעמיד לדין את ג'יין. ליסבון תוהה כיצד ג'יין יגיב אם היא תעשה רה-לוקיישן עם הסוכן פייק. צ'ו ואבוט מתקדמים בחקירת הברחת בני האדם.

ג'יין וליסבון מחפשים אחר ראש הארגון האחראי לחטיפות כאשר לקורבנות הולך ואוזל הזמן. בנוסף, ליסבון מגיעה להחלטה בנוגע למעבר לוושינגטון.