W pierwszym odcinku piątego sezonu Jane próbuje odkryć, co łączy Red Johna z Lorelei Martins. Z kolei ekipa Kalifornijskiego Biura Śledczego stara się rozwikłać zagadkę zabójstwa pracownicy hotelu i zostaje w tym celu zmuszona do współpracy z przedstawicielami FBI, wśród których są agenci Gabe Mancini i Alexa Schultz

Gdy ekipa Kalifornijskiego Biura Śledczego bada sprawę zabójstwa szlifierza diamentów, Jane spotyka dziewczynę, która podaje się za jego zmarłą córkę Charlotte.

Kiedy pracownik banku zostaje zabity podczas napadu, Jane i reszta ekipy bierze się do pracy, żeby znaleźć mordercę. Tymczasem Lisbon daje się jeszcze bardziej wciągnąć w rywalizację z FBI.

Kiedy ojciec Rigsby'ego zostaje znaleziony ranny na miejscu zbrodni, śledczy muszą dowiedzieć się, czy nie jest to wynik trwającej od dawna wojny małomiasteczkowych gangów.

W setnym odcinku serial cofa się o osiem lat w przeszłość, żaby pokazać okoliczności, w których Jane poznał Teresę Lisbon oraz rozpoczął współpracę z Kalifornijskim Biurem Śledczym. Zobaczymy, jak Patrick Jane z człowieka załamanego stratą żony i córki, który próbuje zdobyć jakiekolwiek informacje na temat Red Johna, stał się konsultantem Biura.

Ekipa Kalifornijskiego Biura Śledczego bada przypadek porwania pewnej pary, która mogła paść ofiarą pomyłki. Tymczasem Jane nadal prowadzi własne śledztwo w sprawie miejsca pobytu Lorelei.

Z pomocą Bretta Stilesa (w tej roli Malcolm McDowell), Jane przygotowuje misterny plan wydostania Lorelei Martins z więzienia. Liczy, że dzięki temu kobieta doprowadzi go do Red Johna. To trzeci odcinek serialu wyreżyserowany przez Simona Bakera.

Ekipa Kalifornijskiego Biura Śledczego bada sprawę zabójstwa agenta nieruchomości, mającego dawniej powiązania z gangami. Z kolei Jane szuka tropów w zakresie nowej metody dotarcia do Red Johna. W roli agentki wydziału Biura, zajmującego się przestępczością zorganizowaną występuje Monique Gabriela Curnen.

Śmierć młodego botanika naprowadza zespół Kalifornijskiego Biura Śledczego na trop lukratywnego biznesu, jakim jest produkcja medycznej marihuany. Tymczasem Cho współpracuje z oddziałem szybkiego reagowania, w wyniku czego odnawia kontakt ze swoją byłą dziewczyną i tajną informatorką Summer Edgecombe (w jej roli Samaire Armstrong).

Ekipa Kalifornijskiego Biura Śledczego odwiedza ekskluzywny ośrodek odwykowy, żeby zbadać sprawę śmierci młodej modelki, która była jego pacjentką. Tymczasem Lisbon coraz intensywniej pracuje nad przypadkiem Tommy'ego Volkera.

Czy zabójstwo sprzed kilku miesięcy pozwoli Lisbon dopaść nieuchwytnego dotąd multimilionera? Ekipa Kalifornijskiego Biura Śledczego bada sprawę śmierci geologa, która może okazać się przełomem w postępowaniu przeciwko Tommy'emu Volkerowi.

Czy Jane w końcu zdoła dotrzeć do przeszłości swojego największego wroga? Ekipa Kalifornijskiego Biura Śledczego bada sprawę sprzed 25 lat, która jest powiązana zarówno z sektą Visualize, jak też z Red Johnem. Tymczasem Lisbon zastanawia się nad swoją przyszłością po zatrzymaniu Tommy'ego Volkera. W roli byłego członka sekty Kyle Secor, a Reed Diamond powraca jako agent Hafner.

Kalifornijskie Biuro Śledcze przenika do środowiska pracowników akademickich, które okazuje się zaskakująco pozbawione skrupułów. Sprawa dotyczy studentki zamordowanej w muzeum historii naturalnej.

Jane i zespół Kalifornijskiego Biura Śledczego badają sprawę zabójstwa Elise Vogelsong, wiekowej dziedziczki majątku, której szczątki znaleziono w salonie jej upiornej rezydencji.

Lorelei Martins powraca zdeterminowana dotrzeć do prawdy na temat roli Red Johna w śmierci jej siostry. Z kolei Jane jest zmuszony do przyznania się Lisbon, że miał udział w ucieczce Lorelei z więzienia.

Zespół Kalifornijskiego Biura Śledczego rozpoczyna dochodzenie, kiedy ciało lekarki, która pracowała z żołnierzami, cierpiącymi na zespół stresu pourazowego, zostaje znalezione niedaleko bazy wojskowej.

Kiedy młoda odtwórczyni głównej roli w przedstawieniu lokalnego teatru ginie w dniu premiery, na miejsce wezwani zostają agenci Kalifornijskiego Biura Śledczego. Tymczasem Jane ma nadzieję wydobyć nowe informacje na temat Red Johna od wybudzonego ze śpiączki Jasona Lennona.

Ekipa Kalifornijskiego Biura Śledczego rusza na poszukiwanie podejrzanych w podupadłym turystycznym miasteczku z Dzikiego Zachodu, kiedy jego właściciel zostaje znaleziony martwy. Tymczasem Kirkland próbuje się zorientować, jak dużo Patrick wie na temat Red Johna.

Rigsby i Van Pelt wcielają się w rolę pary, mającej problemy w swoim związku, podczas śledztwa w sprawie śmierci kobiety, która szukała pomocy u radiowego eksperta od spraw miłosnych.

J.J. LaRoche osobiście zwraca się do Jane'a o pomoc, kiedy tajemnicze pudełko, które ukrywał w swoim sejfie przez dziewięć lat, zostaje ukradzione z jego domu.

W finale piątego sezonu Patrick zawęża liczbę podejrzanych o bycie Red Johnem do siedmiu nazwisk, a psychopatyczny morderca uderza ponowie. Ofiarą okazuje się osoba, mająca związek z przeszłością Jane'a.