CBI는 총장이 로비스트와 연루된 사실이 드러난 주립 로비스트 사건을 맡게 된다. 레드 존의 짓인것 같은 크리스티나의 실종에 정신이 팔린 패트릭도 사건을 돕게 되고, 납치사건은 가짜라고 예상한다.

CBI는 비쥬얼라이즈의 창립자의 회사에 관련된 살인사건을 수사하게 된다. 직원의 살인사건을 수사하던 제인은 레드존이 크리스티나 프라이를 납치했고, 아직 그녀가 살아있다는 단서를 얻는다.

제인은 전 피고측 변호사이자 현재 토크쇼 호스트와 한 판 붙는다. 토크 쇼 호스트는 CBI가 잘못된 DNA 증거로 풀어줬던 흉악범을 방송에서 찾아 보라고 제안한다. 과연 방송으로 범인을 잡을 수 있을까?

과거에 기수였던 사람이 맞아 죽는다. 제인은 사건의 단서를 찾아간 경마장에서 무자비한 동료의 살해 동기를 조사하게 된다. 경기, 도박, 사적인 빚, 사고 혐의 등 가능한 모든 속임수를 찾아낸다.

연방법원 판사의 딸은 실종되고, 딸의 남자친구가 살해된다. 딸을 잃고 모친상까지 당한 판사의 모친 장례식장에서 제인은 큰 실수를 한다. 그는 과연 범인을 잡고, 명예를 회복할 수 있을까?

엄청난 재력가인 러시안 사업가가 폭탄 폭발로 살해당한다. 가장 유력한 용의자는 과거 리스본과 로맨틱한 사이가 될 뻔한 사람이다. 하지만 제인은 또 다른 단서를 찾고, 범인을 잡기 위해 연극을 꾸민다.

제인이 납치되고, 리스본과 그의 팀은 제인이 참여한 사건을 역추적하며 용의자를 찾는다. 리스본은 오래전 제인에 의해 감옥에 가게 된 한 수감자와 불편한 거래를 거래를 통해 단서를 찾는다.

CBI 팀은 작은 마을의 살인사건을 맡는다. 도움을 자청하며 찾아온 심령술사는 살인범이 달의 사이클을 기초로 살인을 한다는 정보를 준다. 한편 범인은 함정에 빠진다.

CBI는 자살로 추정되는 산타의 사건을 맡는다. 같은 시각, 경찰을 살해한 용의자가 불에 타 죽은 사건의 용의자로 패트릭이 지목 된다. 패트릭은 누명을 벗기 위해 산타가 치료받던 기관에 위장근무를 한다.

격투기장을 소재로 글을 쓰던 작가 샬롯 미첼은 많은 관심을 끄는 격투기 경기가 있던 날, 락커 안에서 사체로 발견된다. 꽤 많은 용의자들이 동기를 갖고 있었음에도 불구하고 결정적인 단서를 찾지 못한다.

패트릭은 마지 못해 FBI의 프로파일러와 사건을 맡는다. FBI의 프로파일러는 두 명의 여자를 죽이고 폐차장에 버린 사건의 범인으로 케이브맨이라는 오래전의 연쇄 살인범에 주목한다.

다큐멘터리를 촬영한던 여 감독의 살인사건이 발생한다. 때마침 전 아내를 죽인 누명을 쓴 남자가 시청의 직원과 시민을 인질로 자신의 무죄를 입증하려 하고, 패트릭은 놀라운 방법으로 범인을 잡는다.

반펠트가 마약상으로부터 증인 보호 프로그램을 받는 부녀를 보호하던 중 살인사건이 일어난다. 주변에 동기가 확실한 용의자들이 속출하고, 패트릭은 반펠트가 보호하던 딸에게서 억압된 기억을 불러 일으킨다.

금광에서 금을 캐던 탐사자의 살인사건이 일어난다. 수사를 나갔던 리스본은 다리를 다쳐 본무에서 일을 보는 대신, 이번에는 하이타워 국장이 함께 수사에 나선다.

박물관에서 유물 판매상의 살인사건이 일어난다. 유물을 팔기위해 바이어를 만나기로 한 장소에서 그는 살해당하고, 유품이 사라진다. CBI 내부에 범인이 있다고 추정하지만, 패트릭은 개인적인 원한으로 믿는다.

유부남이지만 게이인 의사가 24시간 운영되는 골프장에서 골프채로 두개골이 짖이겨진채 살해된다. 리스본은 하이타워의 후임인 라로쉬 경감에게 불친절한 태도로 자신의 자리를 조 요원에게 넘기게 된다.

펀드 회사의 중역이 집에서 멀리 떨어진 곳에서 총살당하고 목구멍이 잘린채 발견된다. 시체를 이송 중에 무장 강도들에게 도둑 맞게 되고, 수사 도중 피해자가 외계인에게 피랍됐었다는 얘기를 듣게 된다.

샌프란시스코의 매칭 회사의 CEO가 가슴에 치명적인 총상을 입고 살해된다. 패트릭은 가장 유력한 용의자로 피해자의 젊고 아름다운 부인을 지명한다. 그녀의 알리바이를 찾았지만, 수사가 결코 쉽지 않다.

수리점 주인이 가게를 도둑 맞고, 살해당한다. 하지만 수리점 안에는 특별히 값나가는 물건도, 없어진 물건도 없었다. 라로쉬 경감의 집에 침입한 도니 컬페퍼가 잡히지만, 그는 무죄를 입증해달라며 거래를 한다.

지역 교도소의 교도관이 수차례의 자상을 입은 채로 길거리에서 발견된다. 최고의 보안 시설이 있는 교도소로 이송되려 했던 죄수와 연관이 있음을 알게 되고, 릭스비의 아버지와도 연관이 있음을 알게 된다.

오케스트라의 수석 바이올리니스트가 버스 정류장에서 총상을 입은 채 발견된다. CBI는 그녀의 전 남자친구가 있는 갱단을 추적하는 가운데, 패트릭은 오케스트라 내부를 조사에 나선다.

슈퍼 마켓 앞에서 젊은 남자가 입은 폭탄 조끼가 폭발한다. 살인범은 증거물로 수집한 한 리스트를 손에 넣기 위해 리스본의 목숨까지 위험하게 만든다. 하이타워가 다시 등장하고, 그녀의 목숨까지 위태롭다.

하이타워를 구하기 위해, 레드존의 수하를 찾기 위해서 라로쉬의 용의자 리스트를 얻는다. 용의자는 하이타워를 포함한 다셧 명이었으나 하이타워는 제외되고, 나머지 네명을 미끼로 유인해 범인을 찾는다.