처음부터 레드 존 사건에서 물러나게 되는 리스본 팀. 레드 존을 잡을거 아니라면 있을 이유가 없다며 바로 짐을 쌌던 제인은 선심 쓰는 척 하면서 이번에만 같이 일해 줄게 라고 하지만 결국은 이 곳 아니면 갈 속이 없다면서 계속 머무르게 된다.

변사체가 있다는 제보 전화를 받고 출동한 리스본의 수사팀. 우연인지 아닌지 피해자는 예전에 리스본이 체포해서 교도소로 보낸 연쇄 아동 성애자 윌리엄 맥티어. 하지만, 근처에서 범행 도구로 추정되는 권총이 발견되고, 그 권총에서는 리스본의 지문이 나온다.

한 사체가 외딴 길가에서 발견된다. 피해자는 고든 호지. 그는 악명 높은 모터 사이클 갱단의 변호를 맡고 있었으며 부인과 아들을 둔 중년의 남자다. 모터 사이클 갱단을 찾아간 리스본은 갱단에게 살인자라며 저주를 퍼붓다가 픽업 트럭을 타고 도망친 주차장의 여인을 만나게 되는데...

한 건축가가 자신의 저택에서 살해된다. 들어오거나 나간 흔적은 전혀 없고, 몇 달 전에 저택을 사서 개조를 앞두고 있던 상황. 지역 보안관은 현장에 찾아온 리스본의 수사팀에게 그 집에 귀신이 들렸다는 얘기를 해 준다. 리스본은 주변 탐색과 피해자 부인을 위주로 수사를 시작하는데...

한 용접공이 들판에서 살해된다. 현장에 증거라곤 피해자의 공책과 볼에 묻은 반짝이뿐. 가족을 중심으로 수사를 펼치던 리스본의 팀은 피해자가 평소 외가댁 식구들에게 괄시를 당했다는 사실과 장인이 부정하게 구입한 땅에서 곧 석유를 캐 큰 돈을 벌게 된다는 사실을 밝혀 낸다.

부잣집 딸이 납치되는 사건이 발생한다. 그리고 수법으로 보아 5년 전 납치되어 변사체로 발견된 부잣집 아들의 사건과 동일범 소행으로 밝혀낸 수사팀. 미넬리 반장은 현재의 납치 사건을 수사 중인 보스코의 팀과 과거의 사건 수사를 맡은 리스본의 팀에게 합동 수사를 명령하는데...

새벽 3시에 발견된 공동묘지의 사체. 긴급 소집된 리스본의 팀은 조사를 마치고 CBI 본부로 보스코를 만나러 간다. 하지만 보스코의 팀은 사무실에 모두 총을 맞고 쓰러져 있고, 보스코만이 간신히 숨이 붙어 있었다.

지역 유지인 도버튼 컴퍼니 보석 상점에 도둑이 든다. 다이아몬드가 사라지고 에스더 도버튼의 남편 칼 워드가 강도의 총에 맞는다. 도버튼 일가의 후원을 받고 있는 CBI는 수사에 착수하고 주차장 CCTV카메라로 도일 머피라는 절도 전과자가 용의자로 지목된다.

메이저 리거를 여러 명 탄생시킨 유명 스카우터가 자신의 아카데미에서 살해당한다. 리스본의 수사팀은 피해자의 사업 파트너와 아들을 잃고 별거에 들어간 부인, 그리고 아카데미에서 연습 하고 있는 유망주와 그의 가족들을 용의선상에 올리고 수사를 펼쳐 나간다.

자신들의 차에서 총을 맞은 젊은 부부의 사체가 발견된다. 패트릭은 그 둘이 동창회에 가던 길이었음을 밝혀 내고, 한창 진행 중인 동창회를 찾아간다. 여러 동창을 상대로 탐문을 펼치던 패트릭과 리스본은 피해자가 고등학교 때 심한 장난을 쳐서 한 학생이 학교를 그만 둘 정도의 사건이 있었음을 알아낸다.

설터 시 근교의 개발 프로젝트 착공식에서 시장 홍보관의 변사체가 발견된다. 패트릭과 리스본의 팀은 시장, 시장의 보좌관, 프로젝트를 맡은 개발업자 등을 중심으로 수사에 나서고, 패트릭은 시장에게서 수상한 냄새를 맡게 된다.

어느 럭셔리 카 매장의 칵테일 파티 도중 명차 트렁크에 서 젊은 여성 자동차 영업 사원의 사체가 발견된다. 수사팀은 그녀에게 마지막으로 차를 산 갑부와 그녀의 애인, 그리고 피 말리는 경쟁을 하던 동료 영업 사원 등을 용의선상에 올리고 수사를 진행한다.

오클랜드 동부에서 피격된 사체가 발견된다. 사체의 신원은 킴벌 조의 옛 친구인 데이빗 성. 13년 만에 되살아난 갱단 시절의 기억과 죄책감 때문에 킴벌은 수사를 애써 외면하지만 패트릭과 동료들의 설득과 데이빗의 할머니의 부탁으로 수사에 임하게 된다.

요리 경연 대회에 참가한 셰프가 갑자기 쓰러지는 사고가 발생한다. 현장에 출동한 리스본의 팀은 제인의 재치로 독살임을 밝혀내고 수사에 착수한다. 결국 피해자가 지내던 호텔방에 있던 술에서 리신이라는 독극물을 발견하고 수사팀은 수사를 펼쳐가는데...

아침에 출근을 한 알리시아 박사는 자신이 관리하는 멸균 밀실에 '크립토한자 B' 라는 치명적인 바이러스가 퍼진 걸 발견한다. 자신이 6시간 내에 죽을 운명임을 알게 된 알리시아 박사는 누군가 고의적으로 자신을 죽이기 위해 바이러스를 유포한 거라며 리스본의 팀에게 도움을 청한다.

캘리포니아의 유지인 호퍼 뱅크스의 집에서 세를 들어 살던 고액 과외 교사인 제임스 스미슨이 살해된다. 최초로 사체를 발견한 호퍼 뱅크스의 딸 레니. 그리고 시체 옆에서 발견된 빈 붉은 상자. 리스본의 팀은 수사 끝에 스미슨이 몇몇 학부모와 내연의 관계였음을 밝혀내지만 모두의 알리바이가 확실하다.

맨발로 거리를 헤매이는 한 여성. 그 여성은 머리에 총상을 입고 기억 상실증에 걸린 상태. 수사팀은 패트릭의 재치로 범죄 현장을 발견하고, 그곳에서 세 구의 시체가 더 발견된다. 두 명은 하이킹을 떠난 뒤 실종된 랭엄 부부, 나머지 한 명은 인디언 보호 구역에서 거주하는 레너드 레일턴이었다.

검사보가 살해되는 사건이 발생한다. 수사에 나선 리스본의 팀. 제인은 검사보 집의 리모델링을 담당한 실비안을 사이코패스이자 범인으로 지목하고, 뒷조사 결과 그가 여러 건의 살인 사건과 연결되어 왔다는 사실과 그런 살인 사건 전후로 거액의 돈을 받은 사실이 밝혀진다.

해링턴 미디어의 신임 CEO로 취임하게 된 잰더 해링턴. 하지만 축하 파티에서 불의의 사고로 사망하게 되고 아들에게 CEO 자리를 넘겨 주려던 알렉스 해링턴은 CBI 최고의 수사팀에게 수사를 의뢰한다. 그러던 중, 알렉스에게 응접실에 폭탄이 3분 후에 터진다는 충격적인 문자가 날아드는데...

천재 수학자가 손가락이 잘린 채로 살해되는 사건이 발생한다. 현장에 출동하게 된 리스본의 팀은 용의자가 광대 복장을 했다는 목격자 진술을 입수하지만 현장 주변은 오디션 광고를 보고 왔다는 수백 명의 광대로 가득하다. 피해자의 집으로 찾아간 리스본의 팀은 피해자가 광대공포증이 있다는 사실을 알게 되는데...

인신매매범 근절을 위한 컨퍼런스에서 연설을 앞둔 헥터 브라바가 사망하는 사고가 발생한다. 현장에 출동한 리스본의 팀은 뜻밖에도 그 지역 경찰과 일하고 있는 영매 크리스티나와 만나게 된다. 사후세계를 믿지 않는 패트릭과 영혼 치유사인 크리스티나는 예전처럼 서로 티격태격하는데...

크리스티나와 데이트를 즐기는 패트릭. 하지만 아픈 과거는 계속 패트릭의 신경을 건드린다. 그리고 크리스티나에게 진실을 말하려던 순간, 반 펠트에게 사건 전화가 날아든다. 인터넷에 UCC로 공개된 살인 사건. 그리고 그 마지막에는 벽에 레드 존의 심볼이 비춰진다.