W premierowym odcinku drugiej serii Jane i Lisbon dowiadują się, że sprawa Red Johna została przekazana nowej jednostce Kalifornijskiego Biura Śledczego, na czele której stoi agent Sam Bosco.

Lisbon i zespół śledczych prowadzą sprawę zabójstwa stażystki, pracującej w biurze stanowej senator. Tymczasem Jane próbuje dowiedzieć się, jakie nowe informacje na temat Red Johna zdobył agent Bosco.

Patrick Jane oraz agenci Cho, Rigsby i Van Pelt postanawiają rozpocząć własne śledztwo, kiedy Lisbon zostaje oskarżona o zabicie pedofila, do którego ujęcia doprowadziła, a który niedawno został wypuszczony na wolność.

Jane, Lisbon i pozostali agenci badają sprawę zabójstwa znanego adwokata, którego jedynym klientem był jeden z najgroźniejszych gangów motocyklowych Kalifornii.

Zespół Kalifornijskiego Biura Śledczego próbuje rozwiązać zagadkę śmierci bogatego mężczyzny, który według świadków został zabity przez ducha, nawiedzającego jego posiadłość.

Nawet po aresztowaniu za szpiegowanie agenta Bosco, Jane jest w stanie pomóc śledczym w rozwikłaniu sprawy zabójstwa młodego mężczyzny.

Naczelnik Minelli wzywa Jane'a i Lisbon, każąc im odłożyć na bok spory i pomóc zespołowi agenta Bosco w odnalezieniu dziewczyny porwanej dla okupu.

Śledczy muszą stawić czoła brutalnej zbrodni, do której doszło w ich biurze. Rozwiązanie sprawy wymaga zachowania czujności wobec ewentualnego sprawcy. Tymczasem agentkę Van Pelt i agenta Rigsby'ego zdecydowanie coś łączy.

Patrick Jane i reszta zespołu podejmują sprawę napadu rabunkowego oraz zabójstwa bogatego jubilera w trakcie eleganckiej gali charytatywnej.

Podczas oględzin miejsca, w którym znaleziono ciało baseballowego łowcy talentów, Jane obrywa piłką w głowę, traci przytomność i cofa się do czasów dzieciństwa, spędzonego z jego nadopiekuńczym ojcem.

Rigsby wciela się w uczestnika zjazdu absolwentów liceum, kiedy Patrick Jane z zespołem prowadzą śledztwo w sprawie podwójnego zabójstwa, które może mieć związek z głupim dowcipem sprzed lat.

Jane z zespołem prowadzą śledztwo w sprawie zabójstwa współpracownicy burmistrzyni. Z kolei Rigsby i Van Pelt mają do zakomunikowania coś ważnego

Patrick Jane i zespół śledczych badają sprawę morderstwa dilerki luksusowych samochodów, której ciało znaleziono w bagażniku bentleya, stojącego w jej salonie.

Kiedy członek gangu, do którego dawniej należał Cho, zostaje znaleziony martwy, Jane upiera się, żeby pomóc koledze w jego prywatnym, nieoficjalnym śledztwie.

Jane i śledczy próbują rozwikłać zagadkę śmierci znanego ze swojej arogancji szefa kuchni, który został zamordowany podczas konkursu kulinarnego w Napa Valley.

Patrick Jane, Lisbon i reszta zespołu śledczych szykuje się na spotkanie ze swoją nową szefową, agentką specjalną Madeleine Hightower.

Niezidentyfikowana, zakrwawiona kobieta, cierpiąca na amnezję staje na drodze samochodu agentów Cho i Van Pelt. Patrick Jane musi dać z siebie wszystko, żeby odkryć jej tożsamość, ostatnie miejsce pobytu oraz przyczynę utraty przez nią pamięci.

Niekonwencjonalne metody Jane'a doprowadzają do oddalenia przez sąd aktu oskarżenia w sprawie płatnego zabójcy, który przyznał się do winy. Zirytowani tym agenci muszą rozpocząć śledztwo od zera.

Kiedy zabity zostaje magnat prasowy, Patrick Jane i zespół śledczych docierają do przywódcy sekty, niezadowolonego z publikacji na swój temat.

Patrick Jane i śledczy badają zagadkę śmierci matematycznego geniusza.

Miłość wisi w powietrzu, kiedy Jane ponownie spotyka samozwańczą wróżkę Kristinę Frye podczas śledztwa w sprawie zabójstwa charyzmatycznego szefa organizacji, walczącej z handlem ludźmi.

Pierwszą randkę Patricka i Kristiny przerywa doniesienie o kolejnej zbrodni Red Johna, która jednak okazuje się być dziełem naśladowcy. Kiedy kobieta próbuje dotrzeć do prawdziwego mordercy, obojgu bohaterów grozi śmiertelne niebezpieczeństwo.