A csapatot letiltják a Red John ügyről, a nyomozást egy másik ügynök, Sam Bosco veszi át. Patrick megkörnyékezi az ügynököt, hogy értékes információkhoz jusson, de nem jár sikerrel. Egy középkorú nőt megölnek a lakásán és noha Lisbon Patricket világosan megkéri, amennyiben maradni óhajt a csapatnál, úgy csak szigorúan törvényes keretek között nyomozzon, a férfi szokásos csapdáit bevetve derít fényt a gyilkosságra.

Egy halott lányt találnak a völgyben, és az elsődleges nyomok alapján minden jel öngyilkosságra utal. Csakhogy az áldozat a parlamentben dolgozott egy neves politikus mellett, így az ügyet Minelli is sürgeti. A vallomások ismeretében Patrick számára kezd körvonalazódni az ügy, és már-már a tettes is előkerül, amikor kiderül, hogy a nyomozás menetét a háttérből, a legfelsőbb szintről irányítják.

Megölik azt a frissen szabadult pedofilt, akit egykor Lisbon juttatott börtönbe. A gyilkos, minden bizonnyal Lisbont akarja ezzel a tettével befeketíteni, ugyanis minden nyom arra utal, hogy valóban Lisbon volt az elkövető. A nőt ezért felfüggesztik és eljárást indítanak ellene. Súlyosbítja a helyzetet, hogy nem emlékszik semmire, ami a gyilkosság napján történt, még hipnózisban sem.

Holtan találnak egy ügyvédet az erdőben. A jogász arról volt híres, hogy a környéken randalírozó motoros banda minden létező ügyét tisztára mosta, ezért a motorosok nagy tiszteletben tartották. Egy esetben még egy gyilkossági ügyben is kimentette a banda vezérét, aki ellen az áldozat nővére bosszút esküdött. A magára maradt özvegyet és a fiát is bevonják a nyomozásba.

Allan Fostert holtan találják egy régi birtok verandáján. Az áldozat valamilyen módon kiesett a ház emeleti ablakából. Mint kiderül, az ősi Beckworth birtokot az első tulajdonos leszármazottai is szerették volna visszaszerezni. A helyi szóbeszéd szerint az öreg Beckworth kincset rejtett el a házban, amire sok utódnak fájt a foga, de soha senki nem találta meg, és nem is merték keresni, mert az a hiedelem is elterjedt, hogy a ház elátkozott és kísértet járja.

Egy vidéki fiút, Kirbyt holtan találnak a földeken. Nyomozás közben váratlanul Patricket letartóztatják. Bosco ugyanis megtalálta a lehallgatót, amit Patrick a Red John ügy miatt rejtett az ügynök irodájában. Mivel nem fogadja el az alkut és nem hagyja el a testületet, lecsukják. Ám ez sem gátolja őt abban, hogy megoldja a csapat ügyét. Előbb becsalja magához az egyik gyanúsítottat, majd megszökik a fegyházból, hogy a gyilkost is megnevezze.

Egy ismeretlen banda elrabolja Mia Westlake- et, egy tehetős oaklandi nőt. Az ügy sok hasonlóságot mutat egy régebbi emberrablásos esettel, ezért Minelli parancsba adja, hogy Bosco és Lisbon csapata, külön-külön, de mégis együtt kezdjék meg a nyomozást. Bosco eleinte hallani sem akar Patrick közbenjárásáról, de Lisbon hatására megenyhül. A nyomozás során bebizonyosodik, hogy a két ügy valóban összefügg, és az is, hogy az emberrablók, illetve azoknak egyike bennfentes lehet a családnál.

Kora hajnalban váratlan támadás éri a CBI irodáját. Egy ismeretlen tettes gyakorlatilag kivégzi Bosco ügynököt és a csapatát. A négy emberből hárman meghalnak, Boscót pedig életveszélyes állapotban kórházba szállítják. A CBI minden egysége azonnal rááll az ügyre, Patricket is beleértve. Hamar kiderül, hogy a mészárlás Red Johnhoz vezethető vissza, ám a tettes kiléte még mindig ismeretlen.

Kirabolják a Doverton család ékszerboltját. A neves família feje, Carl éppen ott tartózkodik a rablás idején, és súlyosan megsérül. A gyanú eleinte mégis rá hárul, a jelek szerint önbetörést hajtott végre. A bolt két örököse, Tom és George is látszólag megfelelő alibivel rendelkeznek, ám Patrick kideríti, hogy titkolnak valamit az üggyel kapcsolatban. Ezért csapdát állít nekik, hogy a valódi tettesek kilétére fény derüljön.

Megölik egy baseball iskola vezetőjét. Az áldozat a világ minden tájáról idegyűjtötte a tehetséges fiatalokat, hogy megfelelő felkészítés után profi szerződést kapjanak. A két legígéretesebb tehetség, Snake Gallidos és Scotty Sinclair jó eséllyel is pályáztak erre. Ám Patrick és Lisbone kiderítik, hogy a két fiú közül melyikőjüknek volt indítéka a gyilkosságra.

Egy kisváros szélén fiatal házaspárt találnak holtan a kocsijukban. Patrick viszonylag hamar kideríti, hogy a pár a közeli érettségi találkozóra készült. Az egykori diákok kihallgatása során fény derül egy súlyos esetre, aminek következtében Derek Logan, az orvosi kezelések ellenére, az iskolát is elhagyta szégyenében. A nyomozók elsősorban rá gyanakszanak, de később kiderül, hogy másoknak is akadt indítéka.

Patrcik Jane és a CBI csapata vizsgálat közben egy luxusautókat forgalmazó üzletasszony holttestére bukkan. A hulla egy Bentley csomagtartójából kerül elő, amely az autószalon bemutatótermében áll.

Cho egy régi barátját megölik. Az ügyet a helyi rendőrség kezeli, az ügynököt csak tanúként várják, ám hamarosan megtámadják a házában. Chónak meggyőződése, hogy barátja a börtön után visszatért az alvilági bandához, később azonban kiderül, az áldozat jó útra kívánt térni, és becsületes munkát is talált, de bűnös múltja ott is kísértette őt.

Az egyik neves szakács váratlanul rosszul lesz, majd meghal egy rangos főzőversenyen. A jelek természetes halálra utalnak, de később kiderül, hogy mérgezés végzett az áldozattal, Jeff Barge-dzsal. Miután a verseny fődíja 100 ezer dollár, így minden további versenyző gyanús lesz a CBI-nak. Néhány nap múlva újabb haláleset történik, ezúttal a korábbi áldozat szeretője, Julia hal meg gombamérgezésben. Ekkor már egyértelművé válik, hogy nem véletlenszerűek a halálesetek, hanem valaki szándékosan akart végezni velük.

Patrick váratlan telefonhívást kap. Felhívja egy kutató hölgy és közli vele, hogy gyilkosság áldozata lett. A laborban, ahol dolgozik, valaki szándékosan szabadjára engedett egy vírust, ami néhány órán belül végez vele. A legtöbben balesetnek vélik a dolgot, ám Jane átlát a szitán. Amikor kiderül, hogy az intézmény biztonsági rendszere kapcsolt ki, gyakorlatilag minden ott élő és dolgozó ember gyanússá válik. Csak egy módon lehet megtalálni az igazi gyilkost: újabb riasztást kell előidézni, és újabb vírust szabadjára engedni.

Egy gazdag kaliforniai uradalomnál megölnek egy magántanárt. A férfiról hamar kiderül, nem az volt, akinek mondta magát. Álnéven szökött az Egyesült Államokba, miután A Scotland Yard eljárást indított ellene. Azzal vádolták, hogy eltulajdonított egy igen értékes műkincset a British Museumtól, amit amerikai üzéreken keresztül akart pénzé tenni.

Hármas gyilkosság történik a város szélén. A támadást túléli egy lány, ám képtelen visszaemlékezni a történtekre. A nyomok az indián rezervátumba vezetnek, az egyik áldozat ugyanis őslakos volt, aki törzséhez képest meglehetősen nagy fényűző életet élt. Patrick számára egyértelmű, hogy valami gyanús dologba keveredhetett és emiatt kellett meghalnia. A megoldás kulcsát a lány emléke jelentheti.

Megölnek egy kerületi ügyésznőt, ami főben járó bűnnek számít, ezért fokozott erővel kutatnak a gyilkos után. A nyomok látszólag az ügyésznő egyik fontos esetéhez köthetők, aminek a felgöngyölítésével az áldozat főügyészi pozícióba is kerülhetett volna. Patrick ebből arra következtet, hogy a hivatalon belül kell keresni a gyilkost. Szaglászni kezd a bíróságon és az ügyészégen is, mígnem elfogják a bérgyilkost, aki végzett az ügyésznővel. A kérdés már csak, az ki bérelte fel és miért?

Egy parti során a dúsgazdag Harrington fiát megölik. A médiamogul aznap mondott volna le igazgatói székéről a fia javára. A nyomok először egy szektához vezetnek, akik ellen a Harringtonok komoly lejárató kampányt indítottak, cserébe sorozatos fenyegetéseket kaptak. Ám amikor fény derül arra a tényre, hogy Harrington legkisebb lánya más férfitól van, megfordulnak a dolgok. Patrick ekkor veti be újabb trükkjét, hogy kiderítse az igazságot.

Noah-t, a matematikai zsenit megölik. A férfi olyan szerkezet elkészítésére kapott megbízást, amivel bármilyen kódot, vagy rejtjelet meg lehet fejteni. Nem sokkal azután, hogy elkészül vele, veszélyesnek nyilvánítja, és nem adja át megbízójának a szerkezetet. A gyanú értelemszerűen a megbízó, Tolman Buntingra terelődik. Patrick azonban mélyebbre ás, és megdöbbentő eredményre jut. A férfi még kétmillió dollárt is visszautasított, csak hogy a becsületét védje.

Egy konferencián megölik Hector Bravát, aki nagy horderejű bejelentésre készült. A férfi az embercsempészet elleni küzdelem egyik élharcosa, és beszédében újabb vezető személyeket készült leleplezni. Legalábbis a beszéd vázlata ezt sugallta, melyet Lisbonék a férfi segítőjétől kapnak meg. A nyomozásba Patrick régi kollégája is beszáll. Krisztina Frey az okkultizmus és a szellemvilág elkötelezettje, és bizony a két különc kapcsolata nem éppen felhőtlen.

Red John újra lecsap, legalábbis az eset kísértetiesen hasonlít a sorozatgyilkos korábbi ügyeire. Az eset után Kristina nyilatkozik a tévében, melynek tragikus következményei lesznek, akárcsak annak idején Patrick esetében. Még a riportert is megölik, akivel beszélgetett. Rövid időn belül meg is találják a vélt elkövetőt, ám a jelek szerint nem Red John, hanem egy követője követte el a szörnyűségeket.