Patrick Jane y la agente Teresa Lisbon reciben la notificación de que no llevarán más el caso de Red John. Patrick Jane no puede asumir que le aparten de un tema tan importante para él y se plantea abandonar el trabajo en la oficina. Sin embargo, lo piensa mejor y decide seguir en el BIC, siempre y cuando Bosco (Terry Kinney, Oz), el agente ahora asignado al peliagudo caso, le filtre toda la información que vaya recopilando. Lo que Patrick Jane no sabe es que Bosco es un hueso duro de roer.

La violenta muerte de Kristin Marley, ayudante de una senadora, hace levantar las sospechas sobre la relación que la víctima mantenía con el esposo de su superiora. Patrick Jane descubre que el matrimonio de la senadora estaba terminado, pero no encuentran ninguna prueba que pueda incriminarles porque ambos tienen una coartada. Será la aparición del hermanastro de Kristin lo que ponga al equipo en alerta. Mientras, Bosco continúa escondiendo secretos sobre el caso de Red John, algo que no gusta a Patrick Jane.

El BIC recibe un anónimo alertando sobre un cadáver en un callejón. Cuando llegan a la escena, Teresa Lisbon identifica a la víctima como un pederasta al que detuvo años atrás. La investigación avanza hacia un camino inesperado al descubrir que la única huella encontrada como prueba y rastro del asesino es de la propia Teresa Lisbon. El equipo se vuelca en la defensa de su jefa mientras Bosco pone trabas a su investigación.

La muerte de un abogado que defendía a una peligrosa banda de moteros introduce al equipo de Teresa Lisbon en un ambiente de drogas y mentiras. Nadie se salva de ser sospechoso del crimen. El jefe de la banda, la esposa de la víctima o la hermana de un hombre inocente encarcelado por una exitosa acusación, todos ellos tenían alguna razón para querer acabar con el letrado. La astucia de Patrick Jane será imprescindible para descubrir al culpable.

El equipo de Patrick Jane acude a la mansión de los Beckworth, donde se ha encontrado el cuerpo sin vida de un artista que acababa de comprar la casa. El sheriff, que afirma que no han forzado ninguna puerta ni ventana, les habla de la existencia del fantasma de un antepasado de los Beckworth, que lleva años rondando el lugar. Este rumor lleva a los investigadores a plantearse la existencia de espíritus, algo que Patrick Jane se encargará de descubrir. Entretanto, Rigsby se arma de valor y le dice a Van Pelt lo que siente por ella.

Bosco descubre el micrófono oculto que Jane había instalado en su despacho y le da a elegir entre dejar el BIC o ingresar en prisión. Lejos de dimitir y dejar su trabajo, Patrick Jane decide experimentar cómo se vive entre rejas. Su ausencia es muy sentida por el equipo, que atraviesa ciertos problemas para resolver un crimen cometido en un pueblo. Sin embargo, Patrick Jane tiene otros asuntos que solucionar mucho más importantes y que conciernen a los peligrosos reclusos.

El jefe del BIC pone al equipo de Teresa Lisbon a trabajar con el de Bosco para limar asperezas. Ambos se enfrentan al secuestro de Mia, la heredera de un magnate del petróleo. El caso parecer guardar relación con otro ocurrido hace años que se saldó con la vida del secuestrado. Patrick Jane quiere evitar que este secuestro termine como el de años atrás, pero Bosco tratará por todos los medios de que sus ideas nunca se lleven a cabo.

Bosco y su equipo son atacados en su propia oficina. Dos agentes mueren y otro se encuentra en paradero desconocido. Bosco, por su parte, es trasladado al hospital, pero los médicos se muestran poco optimistas. Minelli asigna el caso a Teresa Lisbon que, con la ayuda de Patrick Jane, descubre el cadáver del agente desaparecido. Todo indica que Red John es el responsable de la terrible matanza en el BIC, y sus agentes no descansarán hasta descubrir quién ha sido su cómplice en el edificio.

Patrick Jane y Teresa Lisbon investigan el ataque a un reputado joyero en su propio establecimiento. La esposa de la víctima y sus dos sobrinos no se muestran dispuestos a colaborar con Patrick Jane, que sospecha que alguien de la familia ha tenido algo que ver. El caso empeora cuando el principal sospechoso aparece muerto en su habitación de hotel.

El equipo de Teresa Lisbon investiga el asesinato de un antiguo jugador de béisbol que acababa de abrir su propia escuela para entrenar a jóvenes promesas de este deporte. Durante la investigación, una pelota de béisbol golpea a Patrick Jane en la cabeza y éste comienza a sufrir flashbacks que le transportan a su adolescencia, cuando trabajaba como mentalista con su padre, Alex.

El equipo de Teresa Lisbon da su consentimiento para que un periodista de un conocido canal de televisión grabe su trabajo. En este caso, investigan el asesinato de una joven que trabajaba en el Gabinete de Prensa de un ayuntamiento californiano. La alcaldesa, que no tenía buena relación con la víctima, es considerada sospechosa del suceso. Sin embargo, el terrible secuestro de Patrick Jane por parte de un grupo contrario al gobierno local se convierte en la prioridad para Teresa Lisbon, que pondrá todos los medios para liberarle antes de que sea demasiado tarde.

Liselle, una atractiva vendedora de coches de lujo es hallada muerta en el maletero de uno de estos vehículos. Patrick Jane y el equipo se trasladan hasta el lugar para investigar lo sucedido. La tensa competencia entre estos vendedores hace que todos los compañeros de la joven se conviertan en sospechosos de asesinato. Patrick Jane, sin embargo, decide centrarse en uno de los clientes de Liselle, un hombre adinerado al que le gustan las emociones fuertes.

Cho recibe una llamada de una agente que le reclama en la escena de un crimen. Cuando llega al lugar para identificar a la víctima, su corazón da un vuelco. Se trata de uno de sus mejores amigos, miembro de la banda callejera a la que pertenecía. Cho se tomará la justicia por su mano y visitará al cabecilla en busca de una explicación. Sin embargo, la banda niega haber tenido algo que ver con el asesinato de la víctima, que acababa de salir de prisión y renegaba de sus antiguos colegas. Solo Patrick Jane podrá poner un poco de tranquilidad en su compañero, sediento de venganza.

Un chef con gran reputación llamado Jeff muere envenenado durante un concurso de cocineros en el Valle de Napa. Patrick Jane y el equipo de Teresa Lisbon viajan hasta allí para entrevistarse con los testigos y descubren que la víctima acababa de separarse de su mujer. Al parecer, Jeff también tenía una amante que se movía en el mismo círculo que él y que estaba casada. Todos los que competían en el concurso parecían tener un buen motivo para acabar con la vida del cocinero, pero hará falta la agudeza de Patrick Jane para descubrir al culpable.

Una mujer llama desesperada a Patrick Jane en busca de ayuda. Se trata de una científica que trabaja en un laboratorio de alto riesgo y que va a morir en pocas horas. Alguien de su entorno ha liberado un virus mortal en su despacho, y es deber de Teresa Lisbon y Patrick Jane trasladarse hasta las instalaciones para interrogar a sus compañeros. La víctima reconoce ante los investigadores que tenía un amante, pero su marido, también científico, estaba al tanto de esta relación y la aprobaba.

Patrick Jane y el equipo del BIC investigan el asesinato de un tutor y encuentran una misteriosa cajita roja cerca del cuerpo, desencadenando una serie de eventos que convierten el asesinato en la búsqueda de un valioso anillo robado del Museo Británico. Mientras tanto, Teresa Lisbon está preocupada cuando una nueva jefa, Madeleine Hightower, asume el mando del BIC y de alguna manera descubre el romance de Rigsby y Van Pelt.

Van Pelt y Cho descubren durante una misión a una mujer ensangrentada que padece amnesia. Siguiendo su rastro, el equipo llega hasta un granero donde encuentran tres cadáveres. Una de las víctimas era un joven perteneciente a una reserva turística. Patrick Jane trata de que la mujer amnésica recuerde algo sobre lo que ocurrió y la lleva al lugar de donde provenía el joven. Las reacciones de los habitantes no se hacen esperar. Mientras, Hightower, la nueva supervisora de Teresa Lisbon, se enfrenta al problema que supone la relación de Rigsby y Van Pelt. La pareja deberá tomar una difícil decisión.

Kelly Flower, ayudante del fiscal, aparece asesinada por un disparo a bocajarro. Patrick Jane descubre al responsable, un asesino a sueldo que ha cambiado de identidad en multitud de ocasiones. Sin embargo, la experimentada abogada del acusado consigue que rechacen las pruebas debido a un tremendo error de Patrick Jane. La falta provoca la suspensión de Teresa Lisbon por un periodo de 5 días, por lo que el equipo deberá hacer frente al caso con Cho al mando.

Xander Harrington, el recién nombrado consejero delegado de una empresa de medios, es asesinado durante una fiesta en su honor. Su mujer, también empleada en la empresa, es designada a ocupar su puesto, lo que no sienta muy bien a algunos miembros de la familia. El caso se complica aún más cuando la investigación lleva a Patrick Jane al Centro de Visualización, una secta de la que la asistente de la familia es parte activa. El artífice del grupo se convertirá en un peligroso contrincante para Patrick Jane, que lo colocará en el segundo puesto de su lista negra.

Un genio de las Matemáticas que padecía fobia a los payasos es asesinado en un parque por uno de ellos. La víctima había accedido a formar parte de un proyecto que podría suponer un gran peligro para la seguridad en Internet. Varias personas conocían su trabajo, pero solo una de ellas sería capaz de matar por ello. Patrick Jane y Teresa Lisbon tendrán que trabajar con el resto del equipo para descubrir de quién se trata.

Héctor Brava, el jefe de una organización contra el tráfico de seres humanos, es asesinado pocos minutos antes de dar un importante discurso. El BIC es llamado a investigar el crimen y la policía local pide ayuda a Kristina Frye (Leslie Hope), una psíquica con la que Patrick Jane ya había tenido algún acercamiento. La esposa de la víctima parece guardar algún secreto, sin embargo, será un descubrimiento algo escabroso sobre la vida personal de Héctor lo que lleve a Kristina Frye y a Patrick Jane a trabajar juntos para destapar al culpable. El acercamiento entre ambos podría traspasar la barrera profesional.

Cuando Patrick Jane empezaba a superar la muerte de su esposa e hija y le había dado una oportunidad a Kristina Frye (Leslie Hope), la psíquica y colaboradora esporádica del BIC, Red John regresa para volver a matar. El asesinato de una joven estudiante lleva al consultor y al equipo de Teresa Lisbon hasta el escenario del crimen, donde todo indica que el asesino en serie podría ser el autor del homicidio. Sin embargo, Patrick Jane no está convencido de ello y decide interrogar a algunos sospechosos. Kristina Frye, que se ofrece a colaborar en el caso a pesar de la negativa de Patrick Jane, cometerá un error que tendrá terribles consecuencias. La psíquica despertará la ira de Red John, y Patrick Jane se sentirá en el deber de protegerla.