アトウォーターの証言によって、刑事ドイルを殺した黒人男性ペイジの仲間2人への起訴は州検事局が棄却。アトウォーターは警察内の暗黙のルールを破った裏切り者として、ドイルの仲間から嫌がらせを受け続ける。一方シカゴ警察の副本部長に警察改革を掲げるサム・ミラーが就任し、ボイトに捜査方法を改めるように警告する。そんな中、5歳の少女が撃たれる事件が起き、ボイトは現場へ向かう。

アトウォーターはノーランの部下たちに襲われた翌朝、自宅のセキュリティを強化して家を出る。署に到着し、仕事用の車に乗ろうとして警察のシステムに入れないことに気づく。これもノーランたちによる嫌がらせの１つだ。しかし、アトウォーターはボイトの援助を拒み、１人で対処できると宣言する。そんな中、アイラという女性の殺害事件が起きた。

バージェスとルゼックが車に乗っていると、１人の少女が道に飛び出してくる。バージェスが保護するが少女は何も話さない。襟元の文字から名前がマケイラ・ワードだと分かると、親の住所を調べてその家へ行くが、そこでは大人３人が無残に殺されていた。殺された３人はマケイラの家族で、現場にあった足跡からマケイラがその家から出てきたことが分かる。

警官の他殺体が発見された。被害者はマイク・ブレイン巡査。ボイトの風紀班時代の同僚だ。特捜班は捜査に乗り出すが、出てくる証拠はどれもブレインの汚職を匂わせるものばかり。ブレインはギャングから金を借りて、それをある女性に渡していたのだ。しかも、そんなブレインを尾行している男がいた。グラフィック・デザイナーのザックだ。彼はブレインに酷い扱いを受けたと苦情を申し立てていた。

バージェスはルゼックと付き合ってもいないのに夫婦も同然の関係性に疑問を持っている。そんな折、消防局からの応援要請で現場に駆け付けた２人は、車内で暴行され外へ引き出されてさらに殴られた男を発見。目撃者は襲ったのが３人組のマスクをした子供だと言う。カージャック未遂とにらんだ特捜班は車の盗難届を出していた児童福祉局のジェシカを訪ねる。ジェシカはスペアキーを子供に盗られた可能性があると言う。

麻薬捜査中、ジェイたちはギャングの運び屋をやっているラトレルという男を逮捕する。ところが、この男は息子ショーンを殺害した犯人を捜すために、単独で組織に潜り込んでいた父親だった。ショーン殺害事件はエリア４の殺人課の担当だったが、大した捜査はされずに終わっていた。特捜班は麻薬ディーラーであるダンテの逮捕に協力するよう、ラトレルに持ちかける。

潜入捜査中のジェイとルゼックは覚せい剤ディーラーのベセラ兄弟と取引しようとしていたが車で現れた何者かに銃撃される。２人は無事だったが、兄弟は死亡。プリペイド携帯に残っていた脅迫メールの送信場所を突き止めると、ルゼックはその近くに住む元売人の情報屋トミーに協力を依頼する。今では妻子を持つトミーだったが、5000ドルの報酬と犯罪記録の封印を条件に協力する。

アトウォーターとルゼックは、無抵抗の黒人青年ジェフを射殺した、勤続30年のベテラン巡査デイブ・ウィーランの逮捕と連行を命じられる。ジェフ殺害の一部始終を撮影した動画はすでに拡散され、ウィーランの自宅前には大勢の抗議者が詰めかけていた。ウィーランを逮捕したアトウォーターとルゼックは、騒ぎが収まるまで隠れ家で待機することになるが、隠れ家を２人組に襲撃され、命からがら脱出する。

アトウォーターの友人、ロイ・ヒルが殺害される。現場で捜査を始めたボイトの下にミラー副本部長が現れ、前話で黒人を射殺した白人警官のパートナーで苦境にいる新人黒人警官アンドレ・ミラーを特捜班に加えるよう頼む。ボイトはクーパーからピザ店主が気になると言われたためアトウォーターとバージェスを向かわせる。店主のボブ・ヘーズは何か知っている様子だったが協力を拒む。

アダムの父で、退職を１週間後に控えたボブ・ルゼック巡査が何者かに誘拐された。特捜班が手がかりを追う中、ボブからアダムの携帯に動画が届く。ボブは、ロス・ティラノスというギャンググループの内部にいる情報屋の本名をアダムに特定してくれと懇願する。時間切れになればボブの命が危ない。ボイトが部下たちに的確な指示を出す。誘拐される前、ボブがマーリンという暗号名の情報屋を探っていたことを突き止める。

代休日をジェイと過ごすアプトン。ジェイに「愛してる」と言われると動揺し、車を修理に出すと言って出て行く。しかしある家族が行方不明かもしれないと無線で聞くと現場の家へ向かう。隣人のジェシカからその家に住むクラートン一家が２日間いないのだと聞き、寝室で血を見つけると鑑識を呼ぶ。一家は夫レイ・クラートン、妻ヘレン、娘ベッカの３人。

マケイラの養子縁組手続きを進めているバージェスは、後見人を選ぶよう言われる。女性が建物の屋上から落下し、頭を撃たれて死亡する事件が発生。現場に駆け付けたバージェスは女性が17歳のグアテマラ人妊婦ソフィア・ぺレスだと突き止め、悩みを消すと言われるトラブルドールを見つける。

裕福な家庭の貴金属を狙った２人組による押し込み強盗事件が起きる。特捜班は質店で聞き込みをする。店主のジェフ・トーランは執行猶予付きの罪があり、それを帳消しにしてもらうために捜査協力を申し出るが、犯人のＲＪとの取引現場を押さえる作戦を実行中に、アプトンがボイトの命令を聞かず、ジェイを守ろうと先走った行動をしたため好機を逃す。

ミラー副本部長は改革の成果が出始めた祝杯をあげようとボイトを呼び、息子のダレルを紹介する。ボイトが帰り道に尾行してきた車を止めさせると、乗っていたのはダレルだった。

ダレルはある人たちに大金を返さないと殺されるため、母に内緒で助けてほしいと言う。ボイトはミラーに話して内密に助けると言うが、ミラーはダレルを特別扱いせず情報屋にして通常の捜査をするよう指示する。

ケントに襲われたバージェスは、倉庫に連れて行かれる。ケントは取り乱し、ボスのロイに連絡を取ろうとする。バージェスは彼を思い留まらせようと必死に説得を試みる。

一方、特捜班は、バージェスが連れ去られた車の情報を追うが、車は市内の２台のカメラに写ったきり、消息を絶っていた。そこでロイのおじの家を捜し出して踏み込み、ロイが車を借りていったことを突き止める。