薬物による若者の死亡事件が発生。ボイトは現場に行くが、ブレナン副本部長から、デレオン殺しに関して審査機構の調査が終わるまで停職処分を言い渡される。そこで彼はアントニオに捜査の指揮をとらせるがルゼックは納得がいかない。ルゼックはアントニオに隠れてボイトに捜査の協力を要請する。そして売人の元締めに薬物の隠し場所を白状させ、事件は解決するが…。

マンションの火災が原因で死亡したジェイの父パット。父とはそりが合わずに長く疎遠だったものの、和解できないまま死に別れたことでショックを受けるジェイ。だが周囲にはそれを隠し、平静を装って捜査に当たる。火元となった部屋の付近で救助された身元不明の女性が、体に埋め込まれていたＧＰＳチップを自ら取り出して医療センターから逃げ出すが、発見後まもなく死亡。

移民が多く住むリトル・ビレッジの飲食店で強盗殺人事件が発生した。犯人はマスクをかぶった２人組の男で、若い白人女性を人質にとって逃げたという。人質は金持ちの父を持つバレリー・ギルクリスト。父親のエバン・ギルクリストは「警察の透明性を訴える会」の出資者でもあり、早速、警察を無視して、情報提供者に多額の謝礼金を出すというビラをまく。

プラットの勤続25年を祝うランチ会のさなか、麻薬の運び屋がモーテルに現れるという情報が入る。ボイト率いる特捜班がモーテルに向かい、撃ち合いの末、男を射殺。部屋へ入ると、バスタブには腹を裂かれた若い女の遺体があった。女はグロリアといい、体内に１キロものコカインを隠していたが、それを売人の男が抜き取ったのだ…。

ルゼックとアプトンが出勤する途中、住宅から女性の叫び声がしたとの通報が。二人は現場へ向かうが間もなく女性は死亡。青い日本車が現場から逃走する。被害者は元検察官の市会議員ジェイソン・コリアーの妻アリソン。通報したニコールは、現場付近で怪しげなアフリカ系アメリカ人の男を見たと証言する。

軍の採用事務所を狙った爆弾テロがあり、アトウォーターがイスラム教の信徒を装ってモスクへ潜入。指導者のアキームをさぐっていた。だが、アキームには疑わしい点は見つからない。そこへ２つ目の爆破予告があり、特捜班が駆けつけると、爆弾が破裂。退役軍人病院の慰霊碑が粉々に。ジェイは、負傷した爆弾処理員の救助を介し、元軍人で英雄のジェイク・ミラーと知り合う。

ヤクの売人である少年マリクが銃で撃たれて死亡。特捜班が客のフリをして大量のヤクを求めたため、いつもより多く調達しようとしたマリクが、ボスのケニーにヤクをくすねようとしたと疑われたのだと見られる。銃声の直後、現場からマリクの友人ネイサンが逃走。ネイサンが住むおばのサラの家のそばには交通カメラがあり、そこにはネイサンと、彼を助けようとする女性レイラの姿が映っていた。

肩を痛めてから３か月後、アントニオは鎮痛剤の依存症になっていた。医師から処方を断られたため、売人のカーターから違法に薬を買ってしまう。ところがその現場に特捜班の手入れがあり、アントニオは気づかれないうちに逃げようとするものの、バージェスに追いつかれ、潜入捜査をしていたとウソをつくが…。

エバを誘拐した犯人ジェイソン・リゾを転落死させたアントニオ。ボイトはアントニオを逃がし、自分が彼の身代わりになろうと考えるが、ルゼックは自分がやったことにしてしまう。その頃、５件目のカージャック事件が発生する。防犯カメラの映像から、犯人たちが電車に乗って現場へやって来たことが判明。乗車駅は４７番ストリート駅、ルゼックの地元のカナリービルだった。

市長選に出馬中のシカゴ警察本部長ブライアン・ケルトン。その彼の資金集めパーティーに出席したバーニー・ホフマン弁護士が、その夜、会場近くの自宅で何者かに射殺された。たまたまパーティーに出席していた特捜班が現場に駆けつける。ホフマンはギャングをクライアントに持つ腕利きの弁護士で、ボイトとも親交があった。

チャイナ・ホワイトと呼ばれる最高級ヘロインを扱う売人を逮捕するため、クラブに潜入した特捜班。協力者のおかげで売人がマシュー・ギャレットという男と判明するが、彼は家出少女ローレンを殺害した過去が。だが遺体が発見されず罪を逃れており、８年前その捜査をしたジェイの因縁の相手だった。

市会議員プライスから提供された情報に基づき、ヘロインの密売人フィル・ガンブルを挙げるため、アトウォーターが潜入捜査をしている。彼はガンブルの右腕であるダリルに接近中だが、用心深いダリルはなかなか心を開かない。そこへプライスから突破口となる資料がもたらされた。ダリルには自慢の弟がいる。その弟のために一肌脱げばダリルから信頼されるに違いない。

出どころの追跡できない違法な銃を取り締まるため、購入者を装ったバージェスとルゼックが売人と接触するも、銃撃戦となって売人が死亡。だが車のＧＰＳから売人が前日にウィスコンシン州の銃の見本市を訪れていたことが判明。そこで銃を入手したと見た特捜班は見本市に潜入。バージェスが購入者を装って接触した二人組ローガンとビリーは、案の定違法な銃の売り手だった。

大きなマンションやビルには、火災や救急の際に消防士が中に入るためのマスターキーが備え付けられている。そのマスターキーを使って何者かが建物内に忍び込み、窃盗を繰り返す事件が多発していた。ところが、そのマスターキーが入っている箱は、消防署の鍵でしか開かない上に、現場がすべて６６分署の近くであったことから、特捜班は、事件の背後に６６分署の消防士がいるとにらむ。

ボイトの情報屋であるレクシーとの連携で、子供に薬物を売らせる悪党を逮捕した特捜班。ストリップダンサーのレクシーは仕事をやめ、病気の母を支えるため翌朝オハイオに戻るという。長年の協力に感謝するボイトは、空港までレクシーを送る約束をする。翌朝ボイトがレクシーを迎えに自宅を訪ねると彼女はおらず、室内は争った形跡が。レクシーは行方不明に…。

青少年センターでの集会を終えたレイ・プライスがボイトと話し終えた直後、何者かに狙撃される。現場にいた特捜班がすぐに市民を誘導し、犯人を追跡。会場でプライスにヤジを飛ばした男を捕まえるが、犯人でないと分かり、結局、犯人は分からずじまい。だが、最近プライスと争っていた男を連行したところ、その男の証言で、銃声が聞こえてきた方角が分かり、周辺の建物を調べたところ…。

黒人が多く住むコミュニティ２２区で、ギャングが射殺される事件が発生。プライス市議に請われて駆け付けたボイトたち特捜班。するとその時、すぐそばでまた別のギャングが射殺される。このコミュニティでは古株と若手が対立するギャングの抗争が始まっていた。プライスから和平協議の仲介を頼まれたボイトは、ある晩理髪店で、古株のボスであるエディーと若手のボス、ギャング・プロフェッツのエリックを引き合わせる。

バージェスとバーで会うはずだったブレアが、何者かに２発撃たれ、瀕死の状態で発見された。第１発見者のバージェスが懸命に蘇生を試みるも、ブレアは搬送中に死亡。バージェスはショックを受ける。現場は麻薬の売人たちが住む地域であり、車のトランクに大金が入っていたことから、ブレアが麻薬の取引をしようとしたことが疑われた。彼は若い頃に１度麻薬所持で逮捕されていた。

薬の配送車を襲う武装強盗が発生。現場に急行したアプトンとルゼックが対応するが、犯人たちは車で逃走。襲われたのはすべてベンチャー輸送という会社の車で、今月もう３台目だと言う。逃げた犯人の車は盗難車だったが、駐車していたのがギャングのナイト・ローズの縄張りだったことをきっかけに、ナイト・ローズのエリック・ショウという男が鎮痛剤を売りさばいていることが判明。

依存症の回復プログラムに参加中のアントニオのもとに、ルゼックからメールが入る。審査委員会が、終わったはずの調査を再開するという。裏でケルトンが指示したのだ。ボイトは、調査を中止させるために、ケルトンの不正の証拠を新聞記者に渡す。連続殺人犯の存在を隠蔽した件だ。アトウォーターは麻薬取引を装って、ヒューゴという名の17歳の売人に接触する。

リゾが死亡した一件で、ルゼックに対する調査は審査委員会から内務調査部に正式に引き継がれたことが判明。ケルトンに反撃するため、彼と繋がる大物ギャングのウィルソンを捕まえ、関係を吐かせようと目論む特捜班だが、ヤクの取引を持ち掛けても警戒して応じない。ケルトンは特捜班の動きを妨げようと、ボイトに強盗殺人課の事件に加勢するよう指示を出す。