Uno dei pazienti del Chicago Med scompare a seguito ad un incendio di un appartamento a 25 piani. L'Intelligence scopre che quest'ultima aveva estratto un chip dal suo corpo, facendo credere di essere coinvolta in un traffico di droga, organizzata dal cartello di Sinaloa. Nel frattempo, Halstead è sconvolto dalla morte di suo padre ed è costretto a lasciare il caso.

Questo episodio conclude un crossover con Chicago Fire e Chicago Med che inizia con l'episodio In guerra e continua con l'episodio Dolorosi distacchi.

L'Intelligence indaga sul rapimento di una ragazza benestante, avvenuto dopo una rapina in cui ha perso la vita un uomo. Scopre che il rapimento era solo una finta e la ragazza ha una relazione con uno dei criminali. Nel frattempo, Voight e la Platt chiedono aiuto alla sovraintendente Katherine Brennan per far riabilitare Olinsky. Inoltre, Ruzek e la Upton hanno una relazione sentimentale.

Burgess viene incaricata di fare un giro di pattuglia con un civile che vuole entrare in polizia, fino a quando si imbattono in una sparatoria e il civile scompare. Mentre l'Intelligence indaga sull'accaduto, Burgess è costretta a scegliere se stare alla parte di Voight oppure quello della Brennan, quando va al comitato di revisione. Intanto Dawson diventa dipendente degli antidolorifici.

L'Intelligence indaga su uno spaccio di droga che comporta il brutale omicidio di una giovane corriera della droga. Ruzek decide di andare sotto copertura, quando scopre che il padre fa il suo secondo lavoro come buttafuori in un night-club.

L'Intelligence indagano sul brutale omicidio della moglie di un consigliere che porta Upton a ricordare la sua infanzia. Frattanto lei e Ruzek mantengono la loro relazione segreta.

L'Intelligence indaga su un attentato avvenuto davanti alla moschea, in cui ha perso una vita un artificiere in congedo. Atwater va sotto copertura per trovare delle prove concrete. Invece le indagini portano Halstead ai ricordi del suo passato mentre era in Iraq.

L'Intelligence cerca di incastrare uno spacciatore con l'aiuto di un ragazzo, che viene subito ucciso. Le cose si intensificano quando Atwater scopre che la sua nuova amica è coinvolta nello spaccio. Nel frattempo, il dolore alla spalla di Dawson continua a peggiorare.

La dipendenza di Dawson dagli antidolorifici mette a rischio l'intera squadra quando viene coinvolto nello spaccio di droga. Voight però lo sorprende e cerca di aiutarlo. Più tardi, sua figlia Eva viene rapita e l'Intelligence fa di tutto per trovarla. L'episodio si conclude con la morte del rapitore per mano di Dawson.

Voight e Ruzek coprono Dawson, che lo mandano in una struttura di riabilitazione, ma Ruzek prova un senso di lealtà nei confronti di Voight e della squadra. L'Intelligence indaga su una serie di furti d'auto, di cui una si è conclusa con l'omicidio di una diciottenne. Voight, la Upton e la Platt cercano una via d'uscita per Ruzek.

L'Intelligence indaga sull'omicidio di un noto avvocato difensore, però Voight sospetta che il sovraintendente candidato sindaco di Chicago Brian Kelton, potrebbe essere coinvolto con un sospettato del crimine. Nel frattempo, Dawson torna dopo un periodo di riabilitazione.

Quando l'Intelligence indaga su un'operazione di eroina, Halstead viene riconosciuto da una sua vecchia conoscenza; infatti Halstead e i suoi colleghi lo arrestarono alcuni anni prima. Però Halstead crede che il criminale abbia fatto sparire una ragazza, più tardi, Ruzek e Burgess vanno sotto copertura; ma il piano va a rotoli e il criminale viene trovato morto da Halstead che diviene sospettato dell'omicidio.

Quando Atwater sta svolgendo un'indagine sotto copertura, per incastrare degli spacciatori di eroina, lui e un suo amico vengono fermati in un posto di blocco dalla polizia e il suo amico viene colpito e ucciso.

Ruzek e Burgess vanno sotto copertura a una finta vendita di armi con un trafficante d'armi nella speranza di risalire a chi produce i mitra irrintracciabili, ma qualcosa va storto e finiscono in una sparatoria in cui ad avere la peggio è il criminale. Più tardi Burgess e Upton vengono rapite. Nel frattempo, Burgess scopre la relazione tra Ruzek e Upton ma non dice niente.

L'intelligence scopre che un pompiere aiuta dei ladri nei furti con scasso fornendogli la chiave passepartout per entrare negli appartamenti. Ma, il pompiere viene trovato ucciso, invece Price tenta di persuadere Voight di entrare nella politica, ma niente da fare.

Dopo aver risolto un altro caso per l'Intelligence, uno degli elementi della configurazione di Voight scompare misteriosamente, ma lui scopre che è stata rapita da un serial killer. Nel frattempo, Price cerca di convincere ancora una volta Voight ad entrare in politica, ma lui rifiuta.

Il caos segue Chicago quando Price viene colpito da un cecchino, l'Intelligence scopre che qualcuno prende di mira i membri delle forze dell'ordine e impiegati statali. Voight scava più a fondo e scopre che il sospettato era la sua vecchia conoscenza.

Voight e Price si uniscono per offrire un'offerta di pace all'insorgere della violenza di gruppo dopo che una madre di due figli viene uccisa. Nel frattempo, la relazione tra Burgess e il consulente di Kelton, Blair Williams continua.

L'Intelligence indaga sull'omicidio di Blair, il consulente politico di Kelton con cui Burgess aveva una relazione, Voight sospetta che Blair sia coinvolto in un giro di droga, ma per Burgess non è così, infatti per lei l'omicidio sembra essere collegato al candidato sindaco Price.

L'Intelligence indaga su una serie di rapine farmaceutiche, in cui la relazione tra Ruzek e Upton interferisce sul caso. Infine, la Platt dà i consigli a Upton, che dice a Ruzek che è meglio chiudere la relazione per evitare il peggio.

L'Intelligence è alle prese di un omicidio collegato ad una vecchia conoscenza di Dawson, che si sente in colpa per aver perso un informatore anni prima. Inoltre, Voight fa tutto il possibile per togliere di mezzo Kelton una volta per tutte, prima che distrugga la squadra.

L'Intelligence cerca di raccogliere le prove per impedire a Kelton di diventare nuovo sindaco di Chicago e di distruggere l'Intelligence. Per farlo, è necessario rintracciare uno dei confidenti dello spaccio di droga di Kelton, che tuttavia verrà assassinato. Nel frattempo, gli Affari Interni credono che Ruzek abbia mentito e coperto Dawson per i suoi crimini. L'episodio si conclude con Ruzek arrestato, Dawson che ha ripreso a drogarsi di antidolorifici, Kelton che viene trovato assassinato e Voight che si allontana dalla scena del crimine.