Halstead, qui est associé avec le nouveau membre de l'équipe Hailey Upton, doit faire face au départ d'Erin Lindsay et à la nouvelle qu'elle ne reviendra pas. Burgess revient de son congé et l'unité du renseignement enquête sur une guerre des gangs qui s'aggrave et qui implique la mort accidentelle d'un jeune enfant. Voight demande l'aide d'Antonio Dawson et lui demande par la suite de retourner à l'unité des renseignements à temps plein.

L'unité des renseignements fait équipe avec le FBI après l'explosion d'une bombe meurtrière lors d'un festival de rue annuel. L'affaire devient personnelle pour Burgess quand Frank Toma, un officier qu'elle a aidé à s'entraîner disparaît après l'explosion et des preuves qui le relient à la bombe et à un groupe terroriste. Désespérée de prouver l'innocence de son ami, Burgess va à l'encontre de Voight et de l'enquête pour s'enfoncer plus profondément et découvrir que son ami menait sa propre opération d'infiltration contre le groupe terroriste.

Une jeune Latina est brutalement assassinée et on soupçonne qu'elle ait travaillé comme une mule de la drogue jusqu'à ce qu'un autre motif pour sa mort soit découvert.

L'unité des renseignements enquête sur une série de meurtres qui ont un lien personnel avec Atwater, car son jeune frère pourrait être impliqué. Pendant ce temps, Upton interroge les actions de Ruzek à la suite d'une altercation avec un suspect. En outre, Voight soupçonne que Dawson pourrait être en train d'avertir les mauvaises personnes alors que ses témoins oculaires des meurtres sont morts.

Lorsque l'unité des renseignements entre dans un laboratoire de méthamphétamine dirigé par le chef de gang Marshall Carter, ils découvrent une arnaque d'adoption dans laquelle les enfants adoptés de pays étrangers sont abandonnés, puis vendus en ligne. Pendant ce temps, Atwater se débat avec la difficile décision de déplacer ses frères et sœurs Jordan et Vinessa vers un environnement plus sûr à l'extérieur de Chicago.

Une famille aux apparences parfaite est abattue dans leur maison et l'équipe va à la recherche d'un trafiquant de drogue avec une connexion probable. Voight demande l'aide du vice-sergent Sean McGrady, qui a un vieux boeuf avec Upton. Lorsque McGrady meurt pendant l'enquête, l'affaire prend un tournant improbable.

À la suite de plusieurs enlèvements d'enfants liés à des gangs, le renseignement doit faire la course contre le temps pour trouver un garçon kidnappé. En raison de leur rapidité et de leur précision militaire, l'équipe passe au peigne fin les dossiers de VA et suit les suspects jusqu'à un ancien Ranger de l'Armée. Avec son expérience précédente en tant que Ranger, Halstead convainc Voight de l'envoyer sous couverture pour essayer d'obtenir des informations de l'intérieur.

L'unité de renseignement enquête sur le meurtre d'une jeune femme et d'un membre du Congrès puissant trouvé inconscient avec lui dans sa chambre d'hôtel. Voight commence à penser qu'il aurait pu être mis en place. Pendant ce temps, Burgess commence à voir un nouveau type, un procureur, cependant, les choses deviennent rapidement difficile et qu'il devient impliqué dans l'affaire.

L'unité de renseignement enquête sur une série de surdoses d'opioïdes, l'une des victimes est la fille d'un juge de Chicago très respecté. Les décès provoquent une épidémie quand elle se propage dans les quartiers familiaux. Pendant ce temps, Ruzek continue à faire l'objet d'un chantage de la part de Lieutenant Woods pour trouver de la saleté sur Voight afin de l'abattre.

La relation entre Halstead et sa nouvelle petite amie Camila prend une tournure dramatique quand il se retrouve involontairement au milieu d'une opération de drogue et d'un meurtre d'un agent infiltré de la DEA. Il découvre plus tard que Camila est une personne d'intérêt et Camila pensant que c'est une autre personne, il craint de révéler sa véritable identité. Pendant ce temps, Voight découvre que Ruzek est une taupe mais à la surprise de Ruzek, travaille avec lui pour abattre Woods.

Voight ordonne à Halstead d'être au bureau et de suivre un psychologue. L'informateur confidentiel de Burgess révèle un meurtre possible que Burgess ne croit pas mais qu'Upton y croit et poursuit, révélant un cadavre qui mène à un réseau de prostitution. Upton et Burgess se penchent sur la façon de traiter les informateurs confidentiels. Burgess déboussolée, couche une nouvelle fois avec Ruzek.

Atwater est kidnappé alors qu'il rend visite à un ex-criminel et est forcé de prendre une décision impossible lorsqu'il est accusé d'avoir volé de la drogue. Pendant ce temps, l'unité des renseignements commence à localiser Atwater.

L'équipe travaille avec un détective de passage pour mettre un terme à la tactique des gangs. Cependant, Burgess et Antonio découvrent que le détective visiteur cache un secret. Pendant ce temps, un corps est trouvé et le lieutenant Woods est convaincu que Voight est celui qui l'a enterré.

Voight et Woods mettent leurs différences de côté lorsqu'un adolescent afro-américain est assassiné lors d'un rassemblement anti-policier après s'être agenouillé en signe de protestation. Les choses se compliquent quand la propre fille de Woods, Brianna, est impliquée avec son petit ami.

Après que le corps d'une victime de viol se présente, l'unité de renseignement découvre les auteurs du crime morts et castrés. L'enquête force l'équipe à travailler avec les gangs de rue afin de résoudre les meurtres.

Crossover: Chicago PD 5x16, Chicago Fire 6x13

Un attentat à la bombe dans un studio de télévision où le sergent Platt est interviewé est retransmis en direct. L'unité de renseignement enquête et découvre que ce bombardier cible les membres des médias. Voight va à la caserne 51 pour les aider dans l'enquête. Pendant ce temps, Dawson découvre que sa fille a deux comptes de médias sociaux et a menti à ce sujet.

L’équipe arrive sur la scène du meurtre de James Burton, un conseiller municipale de la ville. Woods arrive également sur les lieux mais pas seul: deux agents viennent chercher Olinsky pour l’interroger. On apprend alors que l’ADN d’ Olinsky a été retrouvé sur le corps de Kevin Bingham, le meurtrier du fils de Voight...

Antonio s'infiltre dans un deal de stupéfiant. L'unité découvre lors d'une transaction que le vendeur n'est autre qu'un ancien fabriquant tout juste sorti de prison que le Lieutenant Hailey avait infiltré quelques années auparavant. Voulant régler une vieille histoire, elle fait tout pour s'infiltrer à nouveau....

Une série de cambriolages de maisons cachées ramènent à un individu improbable; Voight confronte un témoin clé dans l'enquête de Bingham.

Halstead et Atwater partent sous couverture pour empêcher les armes de qualité militaire de frapper la rue. Pendant ce temps, Voight réclame une faveur afin d'effacer le nom d'Olinsky du meurtre de Bingham.

Les services de renseignement demandent justice à Olinsky après qu'il a été poignardé en prison. La loyauté d'Antonio est mise à l'épreuve et Woods cherche à neutraliser Voight une fois pour toutes.