クロウリー署長からサイロへ呼び出されたリンジー。あの晩、ボイトがジャスティン殺害犯であるビンガムをサイロへ連れてきて殺し、穴に埋めたことを感づいていた。サイロへ来ていたことは認めるも、シラを切り通すリンジーだが…。一方、駐車場で焼けた車の中から焼死体が見つかった。被害者はエバン。胸に警察の無線機がついていたことで、彼の姉アリーの代わりに麻薬課のおとり捜査に協力していたことが判明。

パトロール中のバージェスとテイの元に、黒人が多く住むウエストサイドで車上荒らしの一報が。、駆け付けた二人は犯人の少年たちを取り逃がすが、民家の裏で大ケガをしている白人青年ネイサン・ウォードを発見。そして少年たちが逃げる際に落とした免許証は、車の持ち主でありネイサンの婚約者のサラ・マーフィーの物だったが、彼女の姿はどこにも見えなかった。

父ロバートの自宅で夕食を共にするプラット。父の若い恋人ナタリーは財産目当てだと警告するが、ロバートは財産などないと気に留めない様子。そして父の家を出た直後、プラットは何者かに襲われて重傷を負い、病院に搬送される。捜査に取り掛かった特捜班は、現場の住民から“V8エンジンの車の音が聞こえた”と証言を得る。特捜班は、プラットに恨みを持つ人物の犯行と読む。

市内のライブ会場前で、車の中から客たちに向けて発砲する無差別乱射事件が発生。瀕死の状態で発見されたラッパーの少年TKアイス。即座に捜査が始まり、車の識別番号から所有者はグレッグ・ペンリーと判明。だが彼にはアリバイがあった。そして、防犯情報センターが、ネットにTKの殺害予告が投稿されていたのを見つける。投稿元はギャング団で、TKは敵対するギャング側のラッパーだった。

町じゅうから若い麻薬患者が次々にシカゴ医療センターに運び込まれる。過剰摂取が原因のようだが、ジェイの兄ウィルによれば、ヘロインにフェンタニルをませたものが原因らしい。フェンタニルは元々は鎮痛薬だが、効き目はモルヒネの100倍とも言われていて、売人たちがヘロインに混ぜて売っているようだ。値段が安いことから若者が安易に手を出し、その強い作用で、あっという間に死んでいく…。

隣人から通報を受け、プロ野球選手マッコイの屋敷へ向かったバージェスと新パートナーのソレンセンは、そこで頭部から血を流した少女マヤの遺体を発見する。マッコイは、オリンスキーの10年来の知人だった。翌日、マッコイの雑用係フレディに会いに行くオリンスキーたちだが、彼は既にマッコイに解雇されており、マヤを知らない様子。半年前に起こした事故がきっかけで、マッコイはそれまでの生き方を改めたと言うが…。

通報を受けてマンションに向かった新人警官アンソニーが現場で射殺される。特捜班は８階のベランダで薬きょうを発見。上から狙い撃ちする様は、まるで処刑のようだった。早速捜査を始める特捜班。その時、検事事務所に移るのかというリンジーの問いに、アントニオは来週の月曜からだと答え、ジェイは突然の話に動揺する。警官が狙われたことから、特捜班は警察を脅迫していた者の中に犯人がいると推測。

「シカゴ・ファイア（シーズン5）」第9話とのクロスオーバーエピソード。移植手術の中止に腹を立てたセブライドは昼間からバーで深酒。そしてその帰り道、彼の車が人身事故を起こす。だが現場にセブライドの姿はなく、ボイトがアパートを訪ね、眠っていた彼を起こして連行。ところがセブライドに事故の記憶はまったくなかった。セブライドが運転していなかったとすれば、一体、誰が運転していたのか。

ある晩、何者かの通報により、若い黒人女性グレース・ジョンソンの遺体が発見される。現場の状況から、別の場所で殺害後に運ばれたらしい。そこには特捜班の新しいメンバー、リクストンが。潜入捜査に入ったルゼックの代わりだと聞かされ、動揺するバージェス。その時見物人の中に、警察の捜査に対して不満を叫ぶ女性の姿が。ディアナ・ルイス、彼女の姪も半年前に殺されていた。

性器を切り取られた男の遺体がゴミ箱の横で見つかった。男はサンフォード・グレッグ。登録性犯罪者で麻薬は飲酒など10回の逮捕歴がある。911に通報がなかったか調べると、前夜にプラスキー・パーク近くで性的暴行の通報があったことが分かる。通報者に事情を聞くと、男のうなり声が聞こえ、続いて女が逃げていくのが見えたと言う。逃げるときに女が捨てたものを調べると、グレッグの血がついたナイフだった。

１５歳の少女の遺体が古い建物のエレベーターシャフトで発見された。傷の様子からどこか別の場所で殺害され、運ばれてきたようだ。外のゴミ箱に捨ててあったＩＤから、１２歳～１７歳までの少女たちが暮らす更正施設の入所者サム・ウェルズだと判明。だが更生施設からサムの捜索願いは出ていない。真相を探るためジェイが職員として潜入することに。

１５歳の少女の遺体が古い建物のエレベーターシャフトで発見された。傷の様子からどこか別の場所で殺害され、運ばれてきたようだ。外のゴミ箱に捨ててあったＩＤから、１２歳～１７歳までの少女たちが暮らす更正施設の入所者サム・ウェルズだと判明。だが更生施設からサムの捜索願いは出ていない。真相を探るためジェイが職員として潜入することに。

市内の住宅でガス爆発による火災が発生。そこで男性の遺体が発見され、まだ息のある被害者も見つかる。彼は隣接するＬＧＢＴの施設の入居者ではないかと見られ、病院へ運ばれる。火災現場となった住宅の借主はダン・ルウェリンで、身長は遺体と同じ１９０センチだった。彼は契約期間を残して引っ越すため、残りの賃料支払いを免れるための犯行かと疑うが…。

リンジーの幼なじみから、殺し屋を探している男の情報が入る。オリンスキーが殺し屋のふりをして男に接触したところ、男はクラークという大学教授で、愛娘レベッカを殺した犯人が釈放されたために、自ら復讐すべく殺し屋を依頼したと判明。クラークは、娘を殺した犯人がオマー・フライというギャングだと信じているが、殺人課によれば、オマーを犯人とする証拠は出なかったそうだ。そこで特捜班は真犯人探しを始めるのだが…。

医療センターに運ばれたレクシーは、体の表面の６０％にやけどを負い、危険な状態にあった。総力上げて捜査を開始した、シカゴ警察 特捜班。出火当時、倉庫の扉には外からストッパーがはめてあり、中からは開かないようになっていた。この一件が何者かの意図的な犯行であることは明らかだった。

裸足で血を流している若い女性を見たというハイカーの情報から、特捜班はある小屋の隣のコンテナから、鎖につながれたジュリアナを発見する。ところがジュリアナは、またコンテナに戻らないといけないと言う。戻らないと妹が捕まってしまうと言うのだった。ジュリアナによれば犯人の名前はオースティンで、掲示板の求人広告に応募して会いに行ったところを監禁されたそうだ。

ボビー・トレントの遺体が車で発見された。自宅は荒らされていたが、隠されていた記憶装置から、女性と男性が口論する映像が見つかる。ボビーは犯罪現場を撮影し、その映像をメディアに売って稼いでいたのだった。やがて女性の身元が、大富豪ハントリー家の娘サラと判明。両親は薬物依存のサラとは縁を切り、連絡を取っていないと言う。断薬会でボビーと出会ったというサラは、彼が残した映像を見せられて驚く。

バージェスの姉ニコールが、友人の誕生日会に行った帰り、レイプされる事件が起きる。彼女には犯人の記憶がなかったが、アナルセックスによって腸に穴が開き、また大量のケタミンを飲まされていたことが検査で分かった。誕生日会の主役だった友人は、ニコールが怪しい男に見張られていたと供述する。

頭部を撃たれた少年の死体が見つかった。被害者は１７歳のリチャード・ダウド、通称リッチー。現場で凶器の銃や弾も見つかるが、その発射痕から、この銃が１７年前ボイトの友人ラファロが殺された事件の凶器であると判明。ボイトは真相を確かめるべく、一人で再捜査を始める。

町なかの信用組合が強盗団に襲撃された。リンジーとジェイが現場に向かうと、警備員が死亡、窓口係が負傷。強盗団はバイクで逃走したあとだった。ここ数週間で同様の事件が５件起きている。いずれも狙われたのは、大手銀行より現金が多い割に警備の甘い信用組合だ。エリア・セントラル署の強盗殺人課の刑事が現場に来て、この事件は自分の担当だと主張するが、ルーゴ部長の命令で捜査は特捜班が行うことに。

ある朝リンジーが家を出ると、バニーが待ち伏せていた。母から譲り受けた真珠のブレスレットを持っててくれと渡しに来たのだ。突然のことに戸惑うリンジー。そしてその後、男性が生きたまま焼かれる様子がネット上でライブ配信される事件が発生。現場の壁には血で書かれた「小児性愛者」の文字が。被害者の持っていた車の鍵から、焼かれたのは２５歳の黒人男性イライジャと判明したのだが…。

リンジーは取調中の違反行為で審査委員会にかけられ、決定が下されるまでバッジを取り上げられる。取調に同席していたアプトンも審査委員会に呼ばれるが、形ばかりのものでリンジーの処罰はすでに決まっていた。ボイトはルーゴ部長から、リンジーをとるか特捜班を解散するかという選択を迫られる。そんな中、リンジーの母バニーの部屋で男が撃たれ死亡するという事件が起きる…。