ビルの屋上に今にも飛び降りそうな女性が。彼女はアントニオの情報屋ビアンカで、恋人ベンジーに裏切られ絶望していたが、アントニオの説得で自殺を思いとどまる。ビアンカの情報でベンジーの居場所がわかり、秘密裏に彼を拉致する特捜班。彼の兄デレクは長年警察が追っているヤクの大物の売人で、ベンジーを見逃すのと引き換えに、彼の協力を得てデレクを逮捕する算段だった。

黒人居住区の一角で、発砲した男を追跡して逮捕したバージェスとローマン。そこでバージェスは血痕に気付く。そばにあった古い冷蔵庫を開けると、幼い少年の遺体が置かれていた。被害者のジェレミーは、サイクリングに行ったはずだった。泣き崩れる母ロシェル。父リチャードは妻を気丈に支えていた。近隣住民は結束が固く、皆一様にこの地域に問題はないと繰り返すばかりで何も証言しない。

バニーが警察本部に駆け込み、１５年前のベケット事件でボイトがウソの証言をしたと告発。それをボイトと一緒に、署長から聞いたリンジーは急いでバニーの元へ行くが、バニーはすでにベケットの弁護士に会い、証言をすませたという。そのためベケットは、刑務所から即時釈放されることになった。そんなさなか、２１分署で立てこもり事件が起きる。

家の前に停めてあったボイトの車が爆発。ボイトとジャスティン一家は間一髪で事なきを得るが、家族を殺そうとしたベケットにボイトは激怒。特捜班がベケット逮捕に動き出すが、元警官ローガンが車の爆発で死亡したと一報が。彼も１５年前にべケットを逮捕した警官の一人だった。ベケットの復讐を危惧したボイトたちは、当時の仲間シュルツに会い、警戒を促す。リンジーとジェイはベケットの弁護士クランプの元へと向かう。

深夜、ルゼックは情報屋のコンウェイと共に、とあるバーでフランク・ハンコックと飲んでいた。実は、ハンコックが強盗を計画し、運転手を探しているとコンウェイから聞いて、運転手役としてハンコックに接近していたのだ。トイレからアントニオに連絡すると「そこを動くな」と言われたが、ルゼックはなりゆきとは言え、ハンコックに自分の車を運転させ、バーを離れてしまう。強盗計画の詳細はまだ何もつかめていない。

おとり捜査で大きな失態を犯し、ルゼックは、新任のクロウリー本部長代理の監視下に置かれることになる。怪しい通報を受けたバージェスと彼女の臨時パートナーのプライスは、SUV車の中に死体があるのを発見し、それが殺人事件の捜査へと発展する。マウスの調査で、被害者の身元がセキュリティ会社のオーナーだと判明し、被害者の素性には、さらに何かありそうだと睨む。その頃、ハルステッドとリンジーの関係が前進することに。

特捜班は、不気味な絵の描かれたノートを発見する。そして、その持ち主で、富裕層向けの学校に通い、他の生徒たちへの復讐を口にして姿をくらましている十代少年の居所を探す。一方その頃、アトウォーターは、シカゴで一目置かれている黒人刑事の歓心を買おうをとする。オリンスキーとミシェルは、厄介な状況に陥り、ルゼックとバージェスに助けを求める。

アントニオとハルステッドが信頼を置く情報屋から、麻薬密売の情報を入手した特捜班。捜査を始めるも、麻薬の代わりに、手首を切断された死体を発見し、衝撃を受ける。さらに捜査を進めると、死体は政府関係の仕事をしていた者だと判明する。オリンスキー、ルゼック、リンジー、ハルステッドは、被害者の男性の知り合いに聴き込みをし、彼が機密機器の仕事に携わっていたことを知る。

切断された女性の死体がミシガン湖から見つかり、ボイトが所属する社交クラブが関係していることがわかり、リンジーは、ボイトが、客観的に事件を捜査出来なくなるのではないかと危惧する。ローマンは、最近起きた悲しい事件と向き合い、つらい時期を過ごしていた。そんなこともあり、任務で判断を誤り、致命的なミスを犯してしまう。一方、オリンスキーが、相談なくミシェルの未来に関わるかもしれないことをして困惑する。

ボイトのかつての知り合いが、第三者の命を奪う事件の容疑で捕まり、捜査は、個人的な様相を呈することになる。ボイトを個人的に知る医師は、自身の4人の患者が、薬の過剰投与でMEDに運ばれたことで捜査対象になる。医師は、リンジーとハルステッドが、診療記録にアクセスすることを拒む。しかし、捜査令状を得て、患者の聴きこみを始めた特捜班は、患者が不必要な抗がん剤を投与されていたことを掴む。

豪華な家に強盗が入り、特捜班は、その事件の最中に一家が目を覚まさなかったことと、さらに娘が性的暴行を受けたことに驚く。ボイトは、第51分署のジミーの意見を仰ぎ、一家が強力なガスで眠らされたことに確信を抱く。リンジー、ハルステッド、アトウォーター、ルゼックは、加害者たちを探すため、潜入捜査をする。一方、ボイトは、かつての仲間が社会復帰出来る手助けをしようとする。

ボイトは、シカゴで最大のコカイン供給源となっている中心人物を逮捕するため、かつての刑務所仲間から情報提供を受けようとする。一方バージェスは、ルゼックとの関係について、ある重大な決断を下す。そしてローマンは、バージェスとシカゴ消防局51分署の消防士マウチとの結婚式に資金を提供する計画を立てる。

リンジーは、カジノで勝った女性を襲う汚職警官を探すため、おとり捜査をする。マーティン・ワッツ刑事は、カジノ関連の事件を担当しているが、そのことが、ボイトを幻滅させることになる。最近自身に起こったことが原因で、バージェスは、転属願いを申し出るが、プラットは、その申請を保留する。そして、マウスは女友達を紹介して、失恋したルゼックを元気づけようとする。

飲酒運転の取り締まりをしている時、バージェスは、人望ある大学教授が運転する車のトランクから、ヘロインの詰まったバッグを発見する。教授は、ヘロインが、なぜ自分の車にあるのか皆目見当がつかないと主張する。ボイトは、容疑者の断定を保留し、オリンスキーとアントニオが陣頭を執って、密輸事件の背後に黒幕がいないか捜査を開始。署内では、ローマンが、実地指導教官になりたい旨をプラットに申し出る。

幼い少年が処刑スタイルで殺害され、特捜班は、彼の両親に事情聴取し、父親には犯罪履歴があり、地元のギャング・グループに属していたことを知る。ギャングの縄張りで、別の銃撃事件が起きた後、リンジーとハルステッドは、二つの事件に関連性がないかを少年の母親に尋ねる。そして、マウスは、二つの事件に関連があることを掴む。犠牲になった少年の死を悼むために、アントニオたちシカゴ警察の面々と地域の人々が、集会を催す。

非番の時に、警備の仕事をしていたハルステッドと仲間は、銀行へ現金を輸送中に強盗団に襲われ、激しい銃撃戦となる。ボイトとリンジーは、会社のオーナーの聴取をし、彼女が仕事の上で、地元のギャング・グループから自分たちの売上の邪魔をしていると脅迫されていたことを知る。一方、その頃、ローマン、バージェス、アントニオ、ハルステッド、ルゼック、アトウォーターは、捜査を進め、容疑者の特定を急ぐ。

発砲事件の連絡を受けたボイト、アントニオ、ハルステッドと特捜班のメンバーは、女性用の秘密の避難施設の存在を知り、オーナーが重傷を負い、住人の一人が拉致されたことを知る。銃撃犯が逃走中で、また、女性たちの身元も明かされず、特捜班の捜査は難航。一方、バージェスとローマンは、デート・アプリを使っての強盗事件のおとり捜査をする。リンジーは、ハルステッドに自分の過去について打ち明ける。

女性が男を刺して逃走したとの通報を受けて、バージェスとリンジーが捜査を開始し、手に凶器のナイフを持った若い女性を発見する。容疑者は、実は事件の被害者であることが判明し、彼女は何ヶ月も監禁されていたことをオリンスキーに話す。拉致した男は、彼女を虐待し、自身が何者であるかを忘れさせ、心理的に支配しようとしていたことがわかる。特捜班は、別の女性に危害を加える前に、拉致した男を探し出そうとする。

シカゴの湖畔で、怪しげなバッグが置かれているとの通報を受け、ボイトは、バッグの中に、冷たく動かなくなっている新生児を発見し、慄然とする。新生児を捨てた犯人を捜し出すため、特捜班は、シカゴ医療センター情報を得て、ルゼックは、容疑者探しに照準を合わせる。一方、ボイトは、息子がシカゴに戻っていることを聞き驚く。バージェスとローマンの仲は、より親密になり…。

フードをかぶった男がパトロール中のパトカーに向けて発砲し、ローマンが重傷を負い、バージェスは銃撃犯を追いかける。束の間、犯人を見失ったバージェスだったが、銀色に光るものを手にした人物が現れ、彼に向けて発砲する。しかし、現場で凶器の銃は見つからない。銃撃犯は17歳の優等生であることがわかり、しかも、バージェスに撃たれたことで生涯歩けない体になってしまう。

ある一家の住宅で、発砲があったとの通報を受け、駆けつけたリンジーとハルステッドは、末っ子の少女が生存しているのを発見する。しかし、彼女は、心に深い傷を負っていた。リンジーとチャールズ医師は、少女が犯人を特定出来る状態かを診断する。アントニオとオリンスキーは、“自助精神”を掲げるグループのネズミ講式手口を調査し、容疑者としての可能性を探る。

車のトランクから、シングル・マザーの死体が発見される。特捜班は、被害者がボイトの更生した息子、ジャスティンと頻繁に連絡を取っていたことを知り愕然とする。リンジーとボイトは、ジャスティンも同じ手口で襲撃され、瀕死の状態であるのを発見し、アントニオと特捜のメンバーは、ボイトが復讐に走ることを確信する。一方、ローマンは、自分の将来に関して苦渋の決断をし、クロウリー署長は、特捜の再編を考え…。