特捜班のメンバーだったジンが遺体で見つかり、ボイトに疑いをかける内務調査部。その頃ジェイの元に、ジンが生前送ったとみられるＵＳＢが届く。中にはジンがスティルウェルに脅迫されていた事実や、ボイトを盗聴していた記録などが保存されていた。ジェイはボイトにＵＳＢを渡すが、スティルウェル逮捕に動かないボイトに疑念を抱く。一方、特捜班はアントニオの情報屋ジェリービーンから現金輸送車を襲う計画があると聞く。

地元の犯罪組織に属するファーガンが何者かにショットガンで射殺される。特捜班が捜査を始めようとした矢先、ボイトの幼なじみであるニック・マルセロも同じ手口で殺される。そして、ニックの妻トリシアからの情報で、ボイトはニックの組織と縄張り争いをしていたノレリを取り調べる。更に、ボイトは幼なじみのドン・エンリエットを訪ねて解決の糸口を探るが、ドンは中身のない話ばかりでらちが明かない。

ハルステッドを狙った弾が首に当たり、バーテンダーのマディーが瀕死の重傷を負う。ハルステッドは動揺しながらも絶対自分が犯人を捕まえてやると心に誓うが、ボイトの命令で保護拘置下に置かれてしまう。アントニオとリンジーは、銃創の治療に病院へやって来た男の情報を手がかりに、逃走車の運転手ノバクを発見。そしてノバクの自供から、ついに発砲した男を突き止めるが…。

市会議員ベックスの娘アリソンとそ友達ヘイデが前夜から帰らないとして、議員夫妻から 捜査を依頼された特捜班。二人が利用した配車サービスのドライバーが重傷を負った状態で発見される。事件を知って自分責めるヘイデンの母、建設業を営むヘイデンの父ゴードンもうろたえていた。車のＧＰＳから二人が大学の寮に住むジョーダンの元を訪れていたことが判明。犯人ではないかと捜査を進めていく…。

朝、ボイトが、訪ねてきたオリーブのために金庫から金を出そうとしていると２人組の強盗が裏口からやってきてボイトを襲い、金庫とオリーブもろともどこかに拉致してしまう。リンジーとジェイは出勤してこないボイトの様子を見に、家に行くが、そこで異変に気づき、仲間に連絡。拉致事件を確信した特捜班は、ほかの部署には知らせずに自分たちだけでボイトを探すことに。

10歳の少女の殺人容疑者を突き止めるため、特捜班は刑務所内に潜入捜査することにする。ルゼックとアトウォーターは、囚人仲間のふりをして、刑務所内部から事件を捜査する。刑務所の外では、ボイトとオリンスキーは、銃撃に関する手がかりを掴む。その一方、バージェスとローマンは、3人の少年たちに署内探検プログラムの一環として署内を案内して回るが、思わぬことが起こる。

小児性愛者のグループによる事件を解決するために、特捜班がニューヨークの性犯罪特捜部と一緒に捜査をする。ルゼックとアマーロ刑事のコンビ、ハルステッドとアントニオのコンビが、里親と児童相談所のつながりを突き止めようとする。一方、バージェスとローマンは、病院の監視カメラから割り出した銃撃犯を探し出そうとする。プラットは、殉職した部下をいたみ、警察の日々の危険な任務に敬意を表する。

非番の時に、アッシャーとその妻レイラのボーディガードの仕事を続けているアントニオは、アッシャーが殺される事件に巻き込まれる。ボイトとオリンスキーは、アントニオを何としても救うことにする。捜査の中、ハルステッドとリンジーは、セックス・クラブに潜入し、おとり捜査を進める。そして、コットは、タスク・フォースに加入するかどうかの返答をリンジーに迫る。

ナディアの友人がドラッグで死にそうになったことを発端に、特捜班はヘロインを売買しているクラブの存在を知り、ブツを強奪。しかし、そのことが原因で、容疑者たちはオリンスキーの妻を彼の家で監禁する。ボイトたちは、容疑者を見つけたと思ったが、実際には別の容疑者がいた。一方、バージェスとローマンは、警察犬部隊のジェン・キャシディとの任務を与えられる。実は、ジェンはローマンの元相棒であり、彼女でもあった。

バージェスが銃撃されて重傷を負い入院し、特捜班は何としても犯人を見つけ出す決意を固める。リンジーは、タスクフォースに入るのを延期し、事件の捜査に協力することにする。そして、容疑者の家を捜査し、手掛かりを掴む。その頃、特捜班は交代でバージェスを見守る。そしてボイトは、彼女が喜ぶ提案をする。

リンジーは、特捜班となってから最初の事件を担当。その中で、ボイト達と連携して捜査する必要があると判断、協力を仰ぐ。一方復帰したバーガスだったが、デスクワークを命じられてしまう。そして彼の代わりに、元々内勤だったプラットがローマンとコンビを組んで捜査にあたることとなる。

ある家で殺人事件が起き、特捜班が現場へ。犠牲者は母のルーシーと娘のシェルビー、二人とも射殺されていた。父ウェスと８歳の息子ジョーダンは行方不明。だが家の奥には小さな血の手形が残っており、ジョーダンは負傷しながらも逃げた可能性があった。今回現場の初動対応に当たったのはルゼックの父ボブ。ふとしたことで、ボイトとボブの間に険悪な空気が流れる。２人には昔からの因縁があるのだった。

今回の容疑者ギッシュは、連続放火犯として目をつけられていたものの、犯行を確定する決定打が得られなかった。消防署に勤務するガブリエラ・ドーソンが、警察の力を頼って兄のアントニオに連絡してのだった。彼は早速ギッシュに接触し、署へと連行。ボイトとともに尋問するが、もちろんギッシュは白状しない…。

特捜への誘いを断り、しばらくパトロールを続けることにしたバージェス。朝、ダイナーで話しかけてきたビジネスマンの一言から、いかに自分の生活がワンパターンであるかに気づかされ、落ち込んでいた。だが、パトロールの途中で立ち寄ったコンビニで、ふと、向かいの倉庫に銃を持って歩く２人の男の姿を見つけると、ローマンを呼んで追跡を開始。倉庫のドアを叩くと、中から背中を撃たれた中国系の男が現れる…。

シカゴ警察の麻薬捜査官が行方不明になり、アントニオは、危険な強盗団に潜入しておとり捜査を開始する。フィッシャー署長は、麻薬捜査で強盗団に潜入した捜査官の詳細情報をボイトに伝える。アントニオは、以前に潜入捜査をした際の顔見知りのメンバーと接触し、捜査官を探し出す手助けをして欲しいと頼む。その頃、ローマンとバージェスは、他人の家を不法占拠をする人物の案件に対応し、シカゴ消防局のマウチに、助けを求める。

シカゴの国際貿易会議開催に伴い、特捜班のメンバーが、危険を及ぼしそうな抗議グループに潜入する。ルゼックは、ブラック・グリッドというグループに潜入し、シエラという女性と仲良くなる。彼女が死亡する事件が発生し、特捜班は、アルゼンチンの高官、ファビアン・ソーサを怪しむ。ボイトとオリンスキーは、シエラの死亡事件に関して、ソーサを尋問する。

特捜班は、ドラッグ強奪事件を捜査し、かつてボイトが、更生させる目的で初めて名刺を渡した人物が、二人の殺人に関与している可能性が浮上する。ボイトは、彼の母親を守ろうとする。また、ハルステッドの兄ウィルが、シカゴに戻って来た本当の理由も判明する。その頃、プラット巡査は、署で、小さな女の子の世話をする。

死体で発見された少女たちの父親の一人が、娘をアメリカに呼び寄せるために、デニス・リーに大金を支払ったことが判明し、オリンスキーは、胸を突かれる。リーは、シカゴ警察が追うお尋ね者の一人で、以前、オリンスキーの手から逃れた人物だった。特捜班は、今度こそリーを逃すまいと、リーの居場所解明につながるオリンスキーの過去の資料に当たる。

10年前のニューヨークのレイプ殺人事件に酷似した事件が発生し、ベンソンがシカゴにやって来て、ボイト率いる特捜班に協力する。彼女は、仲間のフィンとアマーロに応援を要請する。容疑者のイェーツは、厳しい尋問を受けるが、釈放される。その後、彼は、リンジーとの面会を希望し、特捜班の捜査から思いもよらぬ事態が発生することになると警告する。

ナディアを失ったことで深い悲しみに沈むリンジー。そんな彼女を、ボイト始め特捜班のみんなが心配するが、リンジーは心を閉ざしたままだ。プラットは、分署の建物の壁にナディアの慰霊プレートを飾ろうとするが、ナディアが警官でなかったことから、エリア・セントラル署から待ったがかかる。怒りに燃えるプラットは、エリア・セントラル署に怒鳴り込むが、承認を得ることはできなかった。

朝、バニーの家で目覚めたリンジー。バニーにつれない態度を見せるも、リンジー自身ナディアの死で参っており、内心ではバニーを拠り所にし始めていた。スポーツジムで発砲事件が起き、現場へ急行する特捜班。犯人を一人拘束するが、３人を取り逃がす。目撃者であるニックから話を聞くバージェス達は、ショックを受ける彼に同情。

ボイトは、元上司のペリーから、甥のカーターのことで相談を受ける。カーターはジャクソンパーク警察の麻薬捜査課の新人刑事だが、ボスのローランドとその部下たちが悪徳警官で、麻薬の売人から麻薬や現金を強奪していると訴える。彼らはボイトの管轄にも入り込み、やはり売人から金を巻き上げているらしい。カーターは、表向きはローランドに従っているが、彼らの悪事が公になれば、カーターもキャリアを失ってしまう。