L'équipe est fragilisée depuis la mort de Julie qui n'a pas survécu à ses blessures. Dans ce contexte tendu, Antonio apprend que son fils a été enlevé. Tout porte à croire qu'il est aux mains des membres du gang de Pulpo qui est toujours derrière les barreaux. Ce dernier propose à Hank de procéder à un échange. Parallèlement, Halstead obtient de nouvelles informations sur Lindsay et sur son passé.

Hank et ses officiers investissent une maison fréquentée par de nombreux gangs. A peine arrivés sur place, ils assistent à une fusillade sanglante. En fouillant les lieux, ils découvrent un arsenal impressionnant dont plusieurs modèles sont reliés à des homicides récents. Erin apprend que Justin va bientôt sortir de prison. De son côté, Adam Ruzek est sommé par ses collègues de consulter un psychologue.

L'unité d'élite mène des investigations liées à une vaste opération de contrefaçon de tissu. De son côté, Alvin Olinski a des problèmes avec sa fille Lexi qui a été surprise en possession de drogue. Quant à Voight, il surveille de loin son fils qui vient tout juste de sortir de prison. Burgess et Atwater ont des problèmes avec leur hiérarchie qui leur reproche leur manque de fermeté.

Sur les traces d'une jeune fille déséquilibrée, Atwater et Burgess découvrent une vaste opération de contrebande de drogue mettant la vie de femmes en péril. Pendant ce temps, Voight se montre très protecteur envers Lindsay. En retour, celle-ci lui évite des ennuis avec Justin en s'assurant qu'il reste dans le droit chemin. Quant à Olinsky, ses relations avec Ruzek sont de plus en plus tendues.

Pour mettre la main sur l'auteur de plusieurs viols doublés de meurtres, Voight et Antonio sollicitent l'aide des agents de l'unité spéciale de New York, Fin et Rollins. En effet, les modes opératoires sont en tout point similaires à des affaires récentes survenues à New York. Au cours de cette enquête, Burgess tente de prouver sa légitimité au sein de la brigade tandis qu'Adam tombe sous le charme d'Amanda.

Le sergent Hank et son équipe enquêtent sur l'affaire Fitori, un meurtre dans lequel son fils, Justin, pourrait être impliqué. La victime était à la tête d'une bande organisée et avait pour rival Alicio Colo, membre du même club que Hank. Celui-ci se retrouve dans une position délicate, notamment vis-à-vis d'Antonio qui souhaite enquêter sur certaines de ses relations depuis qu'Erica Gradishar lui a fait des confidences.

Une salle de jeux clandestine appartenant à la Triade a été cambriolée et plusieurs de ses membres assassinés. L'équipe prend en charge cette enquête tandis que Hank subit la pression d'un nouvel enquêteur des affaires internes, Edwin Stillwell, qui doute de son intégrité et lui demande des résultats dans les meilleurs délais. De son côté, Ruzek prend des initiatives qui le mettent dans une position difficile.

Une fusillade impliquant un gang latino éclate. Kevin et Kim découvrent que Lexi, la fille d'Alvin Olinsky, est le seul témoin de la scène. Mis au courant, Voight, qui a réussi à échapper à Edwin Stillwell, décide de s'occuper de l'affaire afin de protéger la jeune femme. Inquiet pour sa fille, Alvin tente néanmoins d'aider l'équipe dans ses recherches. Mais ses méthodes discutables ne plaisent pas à tout le monde.

Un homme blessé lors d'un accident s’enfuit lorsque les pompiers lui portent secours. Dans le coffre de sa voiture, les policiers retrouvent le tronc humain de Richard Elliot, un consultant en ADN porté disparu depuis la veille. En parallèle, Lonnie Rodiger, un présumé pédophile, est retrouvé étranglé à La Follette Park. Immédiatement suspecté d’être l’assassin de ce dernier, Halstead est suspendu par Voight en attendant que l’enquête soit terminée.

Voight enquête sur le cambriolage d'une banque. Des hommes masqués ont dérobé huit millions de dollars, tuant au passage quatre employés. Lukas Perko, responsable de l’entrepôt, apprend à l'équipe de Voight que l’un des assassins fait partie du redoutable gang des Two Three. Il s’agit de Dennis Novak, un trafiquant de drogue connu des services de police.

CROSSOVER: "Journée Noire" (Chicago Fire S02E20) / "L'Attaque de Chicago" (Chicago P.D. S01E12)

Voight enquête sur une attaque à la bombe qui a eu lieu en plein Chicago. Parmi les victimes, se trouve la nièce de l’officier Burgess. La police et les pompiers doivent désormais collaborer avec William Graff, un agent du FBI venu pour coordonner les équipes. Les policiers retrouvent les empreintes d’un certain Paul Watts sur la charge explosive. Ils s’empressent d’aller le questionner...

En voulant récupérer de la drogue, Gustav Muñoz a éliminé plusieurs personnes. Pulpo, son ancien patron qui est sous les verrous, est le seul à pouvoir le retrouver. Les policiers décident de le faire sortir de prison. Suivant les conseils de Pulpo, Antonio Dawson infiltre un réseau de trafiquants de drogue pour approcher Muñoz. Parallèlement, Lindsay reçoit la visite d’une vieille connaissance.

Pulpo s’est enfui du commissariat, laissant Dawson pour mort. Voight prévient ses collègues qu’il préfère supprimer le fugitif plutôt que de le voir retourner en prison. Mais l’équipe hésite à suivre aveuglément Voight. Elle décide de mettre la pression sur l'avocat de Pulpo afin d'obtenir quelques informations. De son côté, Lindsay informe son amie Annie que Charlie est de retour.

Pour son premier jour dans la brigade, Atwater enquête sur un vol d’explosifs sur un chantier de construction. Un indic lui explique qu’un homme, récemment arrivé en ville, cherche du matériel pour réaliser des explosions. Halstead et Ruzek infiltrent un réseau de trafiquants de charges explosives pour approcher l'inconnu. Les choses dégénèrent lorsque les équipiers découvrent que l'individu n’est autre que Charlie, l’ami de Lindsay.