Während die Wissenschaftler des Zentrums für Seuchenbekämpfung (CDC) noch versuchen, die Ereignisse vor 15 Monaten auf der Forschungsstation Arctic BioSystems zu verarbeiten, bricht auf einem Segelschiff eine neue Seuche aus. Ihre Untersuchungen führen die Wissenschaftler zu einer mysteriösen Insel, die von einer Sekte mit utopischen Gemeinschaftsvorstellungen bewohnt wird – angeführt von dem charismatischen Michael. Unterstützt wird das CDC-Team bei diesem Fall von der Ökotoxikologin Kyle Sommer.

Während die Wissenschaftler des CDC den Geheimnissen der mysteriösen Insel nachgehen, treffen sie auf ein krankes Kind. Nach einer wundersamen Heilung des Kindes, vermutet Jordan, dass es auf der Insel nicht rechtschaffen zugeht. In der Zwischenzeit findet ein Sprung in die Zukunft statt: Walker und Caleb kümmern sich um ein Grab für Alan und machen eine Entdeckung, die die Insel noch mysteriöser und geheimnisvoller macht.

Während sich der Virus auf der Insel immer schneller verbreitet, versucht Alan die Sache selbst in die Hand zu nehmen. Jordan und Peter beschließen, das Anwesen zu verlassen und werden angegriffen. Kyle Sommer untersucht in der Zwischenzeit die scheinbar unschuldigen Kinder, doch diese drehe den Spieß um und sagen ihm den Kampf an.

Michael hat Probleme, die Kontrolle über das Anwesen zu bewahren als das CDC Team der Quelle des Erregers näher kommt. Zur gleichen Zeit bekämpft Alan kämpft gegen den Drang an, sich seinen früheren Kollegen anzuschließen und versucht mit der Realität in Bezug auf Peters Loyalität klar zu kommen. Walker wagt einen Versuch ihrem Vater zu entkommen.

Peter verrät das Geheimnis hinter der wahren Identität seines Bruders Alan, wodurch die beiden in große Gefahr geraten. Kyle hat derweil alle Hände voll zu tun, eine Quarantäne aufzubauen und das Virus weiter zu untersuchen.

Das Unternehmen „Ilaria“ beschließt, den Narvik-Virus nicht länger zurückzuhalten und auf die Menschen loszulassen.

Um einen weiteren Ausbruch auf das Anwesen zu verhindern, müssen die Wissenschaftler des Zentrums für Seuchenbekämpfung (CDC) eng zusammenzuarbeiten.

Während das CDC-Team versucht, das Unheil nach Michaels Massenselbstmord zu verarbeiten, kommt die Küstenwache an und überliefert die Nachricht von einem neuen Ausbruch.

Amy übernimmt indes die Kontrolle der Abbey und wirft Michael in die Grube. Jordan ist überzeugt davon, dass ihr Kind noch lebt und enthüllt die Wahrheit über die Unsterblichen gegenüber Kyle, damit der ihr hilft.

In der Zukunft muss Walker tiefer in die Geheimnisse der Abbey eintauchen, um das verschwundene Schwert von Hatake wiederfinden zu können.

Dr. Julia Walker und Major Balleseros erreichen das Kloster, während Dr. Alan Farragut, Kyle Sommer und Lt. Commander Winger im Wald nach dem Baum mit dem roten Saft suchen, der ein wirksames Mittel gegen den Erreger sein könnte.

Während die Wissenschaftler des Zentrums für Seuchenbekämpfung (CDC) noch versuchen, die Ereignisse auf der Forschungsstation Arctic BioSystems zu verarbeiten, bricht auf einem Segelschiff eine neue Seuche aus. Ihre Untersuchungen führen die Wissenschaftler zu einer mysteriösen Insel, die von einer Sekte mit utopischen Vorstellungen einer Gemeinschaft bewohnt wird.

Dr. Julia Walker (Kyra Zagorsky) bereitet sich darauf vor, Schwester Amy (Alison Louder) Dr. Sarah Jordans (Jordan Hayes) Baby zu implantieren. Währenddessen ist die Navy drauf und dran, Plan B auszuführen. Dessen Maßnahmen sollen ein für alle Mal sicherstellen, dass weder das Virus, noch die infizierten Menschen jemals die Insel verlassen werden.

Während Kyle Sommer (Matt Long) und Dr. Sarah Jordan (Jordan Hayes) versuchen, von der Insel zu fliehen, werden sie von ihren Verfolgern gejagt. Dr. Sarah Walker (Kyra Zagorsky) und Dr. Alan Farragut (Bill Campbell) suchen derweil weiterhin nach dem „Mutterbaum“, um den tödlichen Plan von ILARIA zu vereiteln.

Alans Beziehung zu Walker erreicht ihren blutigen Höhepunkt während seine geschwisterliche Fehde mit Peter in Flammen aufgeht.

Kyle tut indessen sein Bestes um die potentielle Heilung für die Pilzinfektion zu schützen.