Peter Farragut, Sarah Jordan og dr. Kyle Sommer reiser til en mystisk øy for å undersøke et ukjent patogen som drepte alle, bortsett fra Leila, ombord på Mist of Avalon.

Jordan oppdager at Alan er medlem av broder Michaels kult. Men til tross for Alans advarsler, nekter Jordan og Peter å forlate klosteret og fortsetter sine undersøkelse av hvordan Soren ble smittet.

Michael prøver å beholde kontrollen over søstrene og klosteret, samtidig blir Alan stadig mer skeptisk til Peters sanne intensjoner.

Peter avslører brorens hemmelighet og får dem begge i trøbbel. Samtidig har Kyle hendene fulle med å sperre av frukthagen og den smittede bikuben.

Ilarias styre bestemmer seg for å slippe løs NARVIK-C på menneskeheten. Samtidig skjer et nytt utbrudd i klosteret og CDC-teamet blir tvunget til å samarbeide.

Walker hører om Michael og bestemmer seg for å dra til St. Germain. Samtidig utvikler situasjonen på øya seg fra vondt til verre.

Kystvakten kommer til øya for å ta med CDC-teamet til en annen øy hvor de må håndtere et nytt utbrudd. Samtidig må søster Amy kjempe mot broder Michael og hans planer.

Walker og Balleseros ankommer klosteret. Samtidig er Allan, Kyle og Winger ute i skogen og leter etter treet med rød sevje, som kan være kuren mot patogenet.

Det blir en kamp mot klokka for å finne det blødende treet i skogen, nå som Kyle er smittet.

Walker forbereder seg på å implantere Jordans baby i Amy. I mellomtiden forbereder Sjøforsvaret seg på plan B, en endelig løsning for å sikre at viruset og de som er smittet aldri kan forlate øya.

Kyle og Jordan flykter fra øya, men blir jaget av følgerne. Walker og Alan leter etter modertreet, slik at Walker kan sette en stopper for Ilarias dødelig plan.

Etter at Alan blir skutt, prøver han å brenne ned klosteret, men Peter klarer å stoppe ham. Jordan ber Walker om hjelp med å få babyen sin bort fra øya