El equipo médico de un Centro de Control de Enfermedades detecta un brote de una rara enfermedad en un laboratorio de investigación de alta tecnología en la Antártida. Una enfermedad que podría poner en peligro el futuro de la humanidad.

Mientras el Dr. Alan Farragut acelera la búsqueda de su hermano Peter, la cuarentena de los tres científicos amenaza con crear pánico en el laboratorio. Doreen empieza a sospechar que el Dr. Hatake está mintiendo acerca de su investigación.

Mientras Alan establece una unidad de aislamiento para mantener en cuarentena a los trabajadores infectados del laboratorio, Walker y Jordania se enfrentan a la posibilidad de poder haber contraído también el virus mortal.

La planta de cuarentena ha sido acordonada y ante la falta de alimentos Julia trata de calmar a aquellos que piensan que sólo han estado encerrados para morir. Mientras, Alan quiere aplicar a su hermano la vacuna universal que el laboratorio ha desarrollado. Por su parte, Sarah trabaja con uno de los científicos que cree que está infectado.

En el quinto día, Alan intenta averiguar qué pasó con Doreen después de encontrar su cuerpo. Julia encuentra un amigo que trabaja en el nivel R. Sarah continúa ocultando un paciente infectado en su habitación y Balleseros intenta encontrar el misterioso Dr. Hvit.

Después de que Daniel dejara morir a Ballesteros, el misterio que rodea su conexión con Hatake se desvela. Mientras, Alan sigue su particular investigación a la vez que lucha con sus sentimientos por Walker y Jordania.

Mientras Ilaria Constance Sutton llega a la base de la Antártida para saber más sobre el virus y su cura, Alan encuentra a Walker aparentemente libre de síntomas.

Alan arriesga su vida para salvar a su hermano Peter de Ilaria Constanza Sutton. Por su parte, Julia Walker aborda el misterio de su supuesta cura, mientras que su hermano Daniel se enfrenta a su padre, el Dr. Hatake, por haber sido secuestrado cuando tan sólo era un niño.

Los Vectores parecen haber desaparecido y Alan se entera de que hay otro nivel por debajo del Nivel I, que es el Nivel X. Julia y él se ponen en camino para destruir las muestras del virus pero para ello, tendrán que inmovilizar los Vectores bajando la temperatura en la instalación para que coincida con la temperatura exterior. En el nivel X, encuentran algo del pasado de Julia.

Alan y Julia viajan a una estación satélite abandonada en un último intento para buscar ayuda. Una vez allí, se encuentran con la verdad sobre el plan Hatake y el estado de Julia.

Los científicos del CDC crean una cura para el virus trabajando juntos. El asesino Ilaria, La Guadaña, mata a los supervivientes restantes y se reveló entonces a ser un adolescente.

La guadaña se revela como el inmortal Spencer Chiswick, que tiene la apariencia exterior de un adolescente, y es hijo de Constanza Sutton. Alan y Hatake atraer a Spencer y uno de sus agentes externos donde planean poner la trampa.

Día 13: Balleseros se compromete a entregar el virus si Hatake vuelca la lista de niños inuit desplazados. Peter reveló estar trabajando para Ilaria y libera a la guadaña, que explota la base.

El paisaje ha cambiado completamente. Ahora, el doctor Peter Farragut y Sarah Jordan se unen a Kyle Sommer para luchar contra un nuevo virus mortal en una misteriosa isla boscosa, habitada por una secta con ideas utópicas. En la isla descubrirán hasta dónde ha sido capaz de llegar la corporación de Ilaria y cómo un nuevo y mortal virus presenta una amenaza para la humanidad.

El equipo del CDC (Centro de Control de enfermedades) sigue investigando en la isla; al mismo tiempo, descubren que el hermano de Peter, Alan, es un miembro destacado del culto de “El hermano Michael”, y sus advertencias para que abandonen la abadía caen en oídos sordos.

Los contagios en la abadía resultan cada vez más peligrosos, lo que conduce a Alan a tomar decisiones drásticas; mientras, Jordan y Peter comprueban que se encuentran en peligro después de abandonar las puertas. En otro lugar, cambian las tornas cuando Kyle encuentra a un grupo de niños aparentemente inocentes; y, en el futuro, Walker se cruza con un Hatake poco cuerdo.

Michael lucha para mantener la abadía bajo control mientras que el resto del equipo del CDC avanza rastreando el origen del patógeno; al mismo tiempo, Alan trata de reunirse con sus antiguos compañeros, pero debe llegar a un acuerdo con Peter. En el futuro, Walker toma el riesgo de intentar escapar de su delirante padre.

Michael encierra a Peter y a Alan en un hoyo. Alan se escapa y descubre que Kyle guarda un secreto de los suyos. Agnes revela una sorprendente verdad a Michael, que cambia de manera drástica la forma que tiene de pensar sobre él. En el futuro, Caleb descubrirá el engaño de Walker y tomará cartas en el asunto.

Mientras la muerte acecha a Agnes, Amy crea un brote de la enfermedad y Michael atormenta a Peter en el hoyo. Alan, Jordan y Kyle descubren la verdad sobre cadena alimenticia contaminada en la abadía, pero Alan está drogado y ataca a Jordan. Un levantamiento en la abadía amenaza la seguridad de los no infectados. Mientras tanto, en el París actual, Walker convoca a Balleseros.

Las cosas van de mal en peor en la isla. Por otra parte, Walker decide ir a St. Germain tras conocer la existencia del hermano Michael.

A medida que el equipo de los CDC asumen la devastación del suicidio en masa de Michael, la Guardia Costera llega con la noticia de un nuevo brote. Mientras tanto, indignada por su encarcelamiento, Amy toma el control de la abadía, cerrando a Michael en el hoyo. Jordan, convencida de que su bebé todavía vive, revela la verdad de los inmortales a Kyle a cambio de su ayuda. En el futuro, la búsqueda de Walker de la espada perdida de Hatake, profundiza en los secretos de la abadía.

Alan, Kyle y Winger exploran el bosque en busca del misterioso árbol que produce savia roja, una sustancia que podría convertirse en una cura para el patógeno.

En la Abadía, la Hermana Amy hace un trato para conseguir la inmortalidad, mientras que en el bosque comienza una carra para encontrar el Árbol Sangrante que tiene la cura para el patógeno, ahora que Kyle está infectado.

Walker se prepara para implantar el bebé de Jordan dentro de Amy. Al mismo tiempo, la Marina se prepara para implementar el Plan B, una solución final creada para contener al virus y que los infectados por él nunca abandonen la isla.

Kyle y Jordan tratan de escapar de la isla donde están siendo cazados por los seguidores de la secta. Por otro lado, Walker y Alan continúan su búsqueda del Árbol Madre, ya que si lo encuentran podrán detener el plan mortal de ILARIA.

En el último episodio de la temporada, Alan trata de destruir el Árbol Madre, pero cuando Peter le descubre trata de destruirle a él en su lugar al provocar un incendio en la Abadía.