はるか未来、地球と呼ばれていたかもしれないある惑星。そこでは全身を機械化したサムライ達が長い間戦をし、大地が焦土と化してようやく大戦は終わった。人々は再び田を耕し、生きていくには困らない程度の米を生産できるようになった、そんな時代。深い山々に囲まれ湿潤な気候に恵まれたカンナ村も大戦時の痛手から立ち直り、米の収穫に恵まれている。だが、村人たちは、米の出来に喜んでばかりはいられない。毎年やってくる黒い脅威「野伏(のぶ)せり」--かつて戦場を彩っていた機械化されたサムライ達のなれの果てが襲ってくるのだ。戦争の終わった今では彼らは生きる目的を失い、徒党を組み村々を蹂躙し米や女たちを奪っていった。抵抗には死--米をつくることしか知らない農民たちは収穫期の野伏せりたちの襲撃を仕方なく受け入れる以外、生きる術をもたなかった。収穫期を前に稲穂の実りを視察にきた野伏せりに対して、カンナ村の長であるギサクは徹底抗戦を唱える。村人からあがる反対意見。しかしギサクには野伏せりを撃退する妙案があった。野伏せりに対抗できるのはサムライしかいない。戦が終わり、戦う場所を失ったサムライたちは皆、力をもてあまし、腹をすかせている。腹いっぱいの米を報酬にすれば、必ずサムライを雇い入れることが出来るはずだ。かくして血気盛んな若者リキチと、水分(みく)まりの巫女のキララとコマチ姉妹が村の代表として、砂漠の向こうにある街・虹雅渓(こうがきょう)に向かう事となる…。

野伏せりから村を救って欲しい。キララはカンベエに嘆願するが、カンベエは村へ帰れと突き放す。見かねたカツシロウが侍探しに協力するも、知行や恩賞に縁の無い戦に興味を持つ侍など簡単には見つかる訳はなかった。落胆の日々が続く中、虹雅渓の豪商アヤマロのドラ息子ウキョウがキララを見初めて拉致してしまう。キララを救出すべく、カツシロウと、コマチのお気に入りメカ侍キクチヨがハーレムを急襲！その時、カンベエは！？

キララを助け出した カンベエがリキチ達の元に帰ってくる。程なく満身創痍のカツシロウとキクチヨも合流し、カンベエは皆の前で村を救う誓いを立てる。村を襲ってくる野伏せりは四十機ばかり。カンベエは村を守るサムライは最低でも七人は必要だという。再開されるサムライ探し。そんな中、出会った一風変わったサムライ・ゴロベエ。大戦後、刀の道を捨て、命を売る大道芸に身をやつしているという 彼の腕を、カンベエが試す！

村を救う第二のサムライとしてゴロベエが迎えられるが、カツシロウとキクチヨは相変わらずカンベエに未熟者扱いのまま。ウキョウの指示でキララを執拗に狙う用心棒サイボーグ達も、大戦を生き残ったサムライ・カンベエとゴロベエの前では敵で無く、悉く斬り伏せられてしまう。その強さに魅せられて行くカツシロウ。一方、カンベエ達の噂を聞いた、ウキョウの養父アヤマロ直下の剣客キュウゾウがカンベエを襲う！

キュウゾウは圧倒的な剣技でカンベエを追い詰めるが、思わぬ邪魔に水を差され、再度の果し合いを言い残し立ち去る。続く侍探しは、薪割で生計を立てているサムライ崩れ・ヘイハチとの出会い。口を開けば米の話ばかりで戦力としては心許無いものの、いざという時に気が休まる不思議な性格の男。第三のサムライは、このヘイハチだ。戻ってきたキュウゾウを嘲笑う剣客ヒョーゴは、カンベエに興味を持つ。

都からの勅使を暗殺され、虹雅渓の差配として責任を糾弾されるアヤマロ。殺害現場に凶器の刀剣があった事から、犯人を侍であると断定し自身の警邏隊を動員して街をあげての侍狩りを始める。続々と捕縛されていく侍たち。サムライ探しを一旦中断し、虹雅渓最下層部に落ち延びようとするカンベエ一行にも警邏隊の追撃が迫る。放置されていた貨物列車を起動し脱出を図るも、線路を破壊され敵もろともキクチヨが爆炎の中に消える・・・!

伝手を頼り遊興娯楽の宿場街「癒しの里」に落ち延びたカンベエ一行。そこにはサムライ・シチロージがいた。カンベエの副官として数々の戦場を渡り歩いたこの男も、大戦後はサムライを辞め、料亭「蛍屋」の女将ユキノと情を交わしながら、お座敷で太鼓持ちの生活に甘んじていた。そこに現れるカンベエ。シチロージとユキノ、ふたりは何気ない日々の幸せに終わりが来たことを察する。静かなるふたりの蜜月、それは夏の夜の蛍の如く。

槍の使い手・シチロージを加え、アヤマロの手の届かない禁足地へと侵入する一行。そこは、入ったものは生きては帰れないという式杜人の洞穴。緊張した面持ちで水路を進むと、墜落した戦艦の残骸が未だその炉心を輝かせ、その周りに全身を仮面で覆った式杜人と、彼らの労働力として連れてこられた農民たちの集落があった。そこで出会ったホノカという農民の娘。村を焼かれ家族を野伏せりに殺されたという彼女の瞳は翳りに満ち…。

砂漠での戦闘は敵の威力偵察だった。カンベエたちの目的・人数・戦力は野伏せりに知られる事に。その為、カンナ村までは敵の偵察に見つからないよう三組に分かれての隠密行を行う。キララはシチロージと共に、先の戦闘で仲間に加わったキュウゾウと荒野のルートを進む。カンベエとの果し合いの為に仲間に加わったキュウゾウに対して、キララは猜疑心が解けない。息苦しい雰囲気の中、敵の斥候が三人に襲い掛かる・・・!

野伏せりの監視の目を潜り抜け、ついにカンナ村に辿り着いたサムライ達を迎えたのは、農民達の怯えきった目だった。本当に、野伏せりを倒せるのかー不安感が疑惑となり、しまいには野伏せりに内通しサムライを売ろうとする者まで現れる始末。農民とサムライ、緊張が解けないまま村の要塞化と戦闘訓練が開始される。カツシロウは夜警途中に、村の内通者と野伏せりの斥候の密談現場に出くわす。血気に逸りととび出したカツシロウだが・・・！

初めての人斬り―。覚悟していた事とはいえ、横たわる死体を前に返り血を浴びたまま呆然と立ち尽くすカツシロウ。駆け付けて来たカンベエは震えるカツシロウを殴り付け、人を殺めてこそのサムライであると叱咤激励する。お飾りで無い職業としてのサムライの道、カンベエのその厳しい考えに触れ、キララは汚れを知らない純粋な少年をここまで追い込んでしまった己の罪を恥じ、血にまみれたカツシロウの心と共に堕ちようと決意する・・・。

村の水源・鎮守の森に墜落していた大戦期の機械の残骸。工兵であったヘイハチの設計を元に、巨大ボウガンが農民達の手で造られていく。カンナ村は空からの攻撃に無防備な地理を持ち、野伏せりも先ずそこを突いてくるだろう。カンベエは不利な条件を逆手に取る策を練る。翌朝、六十機以上の機体を率い、威圧しながら村を蹂躙しようと進撃して来る野伏せりの収穫要塞。鎮守の森に隠された巨大ボウガンが、その野伏せりの慢心を貫く!!

巨大ボウガンによって戦力の半数を失った野伏せりたち。カンナ村襲撃部隊の指揮を とる頭目シュウサイは作戦を変更し、深い霧に紛れて村に侵攻する。不意を突かれ降 伏する農民たち。米や女たちが収穫要塞に持ち去られる。しかし、これもカンベエの 作戦の内であった。米俵に隠れていたサムライたちが内部から切り込んでいく。機械 室に向かうヘイハチ、血を求めて切り込んでいくカツシロウ。カンベエは囚われのリ キチの妻を捜すが・・・!

収穫要塞を二基とも失ったシュウサイは焼け爛れた機体を引きずって陣を後方へ引いていく。一方、カンベエたちも村に戻り決戦前のつかの間の休息を取る。サムライと農民が一致団結して野伏せりを撃退したという事実は、何時にしか身分を越えた連帯感を生んでいた。決戦を前に農民たちの主食である水粥をサムライたちの水杯として振舞うカンベエ。―雨音。はためく軍旗。カンベエの檄が飛ぶ。勝負はこの一撃で決まる、と・・・!!!

激しく降りしきる雨―。残る戦力を率い三方から侵攻して来るシュウサイ。サムライたちの戦力を分散させ、銃火器中心の攻撃を繰り出してくる。食糧収奪の任務を放棄、村の壊滅に戦術をかえた野伏せりの蹂躙は凄まじく、一瞬にして村は炎につつまれる。ヘイハチが、ゴロベエが―、鉄砲の前にサムライたちが一人、また一人と倒れていく。雨と血と油でまみれた大地に降り立つシュウサイ。カンベエに大将同士の一騎打ちを挑む!!

カンナ村を襲撃してきた野伏せりを撃退したものの、リキチの妻サナエをはじめ捕らわれた女たちは「都」に連れて行かれた後だった。カンベエは焼け落ちた村の再建をシチロージに託し、ひとり都を求め旅立っていく。カンベエに取り残され苛立ちを隠せないカツシロウ。一方、カンナ村での野伏せり壊滅の情報は、虹雅渓の新たな差配となったウキョウの下にも届いていた。都へ就任挨拶に向かうウキョウの眼は企みを秘め、鋭く光る・・・。

所在の知れぬ都の情報を得るカンベエ。なんと大戦期にサムライ達の旗艦であった浮動戦艦を改装した移動宮殿。都の長・天主(あまぬし)は野伏せりを使い各地から女や食糧の収奪していた。虹雅渓の勅使暗殺事件の犯人と偽り、天主の元へ侵入を果たすカンベエ。近衛兵の隙をぬって天主に刃を突きつけ、捕らわれた女たちの解放を要求する。そこに現れるリキチの妻サナエ。艶やかな衣装を羽織った彼女の口から予想だにしない一言が告げられる・・・!

都に登城したウキョウを待っていたのは、思いも寄らぬ己の出生の秘密であった。野伏せりに誘拐させた女たちを苗床とし、天主の複製を諸国に蒔き、その中から自力で這い上がった者に次代天主として教育を施す―。驚きを隠せない養夫アヤマロに対し、ウキョウ本人は至って状況を楽しんでいるかの様子。かつてはリキチの妻であり、現在は天主の子を宿しているサナエは、ウキョウの笑みに只ならぬ不安感をかき立たされる・・・。

ウキョウは新天主の就任披露のため都の進路を虹雅渓にとる。その頃、情報を集めるべく虹雅渓に戻って来ていたカツシロウたちは、街に突如現れた都とカンベエ処刑の布告に驚く。罪状は勅使暗殺と天主への刃傷。キララはこれもカンベエの策の内であると諭すが、血気にはやるカツシロウは都に乗り込んでいく。共に潜入したキクチヨは、広大な米蔵に備蓄された途方も無い量の米俵を見て、怒りのあまり刀を抜き、都内部で大暴れを起こす!!

首切り役人を斬り倒し迫るカンベエに対しウキョウはとっさに彼の恩赦とサナエたちの解放を宣言しカンベエの動きを牽制する。人心を操るウキョウの機転の良さに恐ろしさを感じるカンベエ。そこに駆けつけたカツシロウは、カンベエ処刑の思いがけぬ幕切れを前に苛立ちが噴出する。仲間を置き捨て一人旅立った結果がこの体たらくであり、何故自分たちを認めてくれないのかと。血ののぼったカツシロウにカンベエの鋭い一閃がとぶ!!

激昂しカンベエの元から飛び出していくカツシロウ。心配し追いかけるキララの気持ちを無視し、自分の想いを一方的に押し当てる。ぎこちないラブシーン。翌朝、傷の癒えたリキチを伴ってカンナ村からヘイハチとシチロージがカンベエの元に参じる。リキチはそこで妻・サナエと再会するが、亡き天主を想うサナエは拒絶を示す 。重い沈黙。未だ心が解き放たれないサナエを見て、カンベエは刀で斬れぬものに対する己の力不足に苦しむ。

野伏せりにはさらなる年貢の徴収を命令しながら、各地の村に浪人を送り込み農民と協力させ野伏せりを撃退させる。野伏せりを生贄とし、己の復讐と人心をつかみ天下人としてひた進むウキョウ。農民たちにとっては戦後の救世主の様。ウキョウの企みに逆上した野伏せり頭目も都の主砲の前に敗れ去る。ウキョウは自らの意思が介在しない最後の地、カンナ村を滅することで覇業を完遂しようとするが、村にはカツシロウが待ち構えていた!!

カンナ村を襲撃してきたウキョウの先鋒隊の死骸を燃やす農民たち。カンベエたちとの戦いを経た彼らは自らの手で村を守るまでに成長していた。その姿を見て力強く思うカツシロウ。先鋒隊を斬られたウキョウは無数の野伏せり部隊をカンナ村に降下させ、村に設営された対空砲火を悉く潰させる。とどめの主砲がカンナ村に向けられた時、カツシロウが刀を手に立ちはだかる。その愚かしい行為にウキョウはほくそ笑むが・・・!

斬艦刀に乗り都を追撃するカンベエたち。迎撃に来た野伏せりとの交戦が始まる。空中でも異常な剣戯を見せるキュウゾウ。野伏せりを踏み台に八艘飛びして都に一番乗りを果たす。ヤカンに乗り込んだヘイハチは都の主機関を切断に向かいカンベエ、シチロージ、キクチヨはウキョウの首級を狙い天守閣を駆け上る。そこで一人戦っていたカツシロウに再会しカンベエはいたわりの言葉をかける。ここにサムライたちの最後の戦いが始まる!!

主機関を失い墜落したままカンナ村に突っ込んでいく都。脱出を図るウキョウを追い詰めるカンベエ。ウキョウの言説に惑わされず、一閃のもと斬り伏せる。キクチヨは半壊した体を叩き起こし都を受け止める。多くの血を流して戦いが終結する。翌春。傷も癒え旅立つカツシロウにカンベエは一振りの刀を授ける。リキチと共に田植えをするサナエの姿に仕事の終焉を感じ、静かに姿を消すカンベエ。キララはその後姿をただ見送るのみ・・・。