L'astronauta Molly Woods torna a casa dopo una missione in solitaria di tredici mesi nello spazio e ritrova il marito e suo figlio Ethan. Purtroppo l'esame medico Molly scopre incredibilmente di essere incinta.

Molly sviene dopo aver avuto una visione del suo incontro co n il Seraphim e Sam la sottopone a un ecografia per saperne di più sulla gravidanza. Molly rintraccia Kryger e scopre dei dettagli inquietanti sulla sua missione con la ISEA (International Space Exploration Agency).

Molly deve decidere se parlare della gravidanza con John dopo che lui le fa notare il suo strano comportamento. John e Molly devono parlare con alcuni genitori sospettosi di Ethan dopo il suo primo giorno di scuola.

Dopo che Sparks cerca di mettere in quarantena Molly, lei e la sua famiglia cercano rifugio da suo padre, Quinn. Ma l'agenzia li trova e Ethan viene esposto a un grave pericolo.

John comincia a dubitare dello stato mentale di Molly, Ethan intanto sta avendo dei seri problemi e John e Julie sono in disaccordo su come curarlo.

Molly scopre la vera ragione per cui l'ISEA l'ha scelta per la missione di tredici mesi. Ethan fa il suo primo sogno, un avanzamento per il quale non era stato programmato.

John trova nuovi e sconvolgenti avanzamenti nella programmazione di Ethan. Kern prende Kryger in ostaggio per recuperare il video incriminato che ha rubato all'ISEA.

Molly scopre che il bambino è vivo e organizza un piano con Kern e Kryeger per ritrovarlo prima che Sparks e Yasumoto possano rilocarlo. John ha difficoltà a stare dietro agli avanzamenti di Ethan.

Spark finisce sotto l'influenza della visione di sua figlia e scappa con il bambino di Molly in una località remota.

Molly è vicina al ritrovamento del bambino ma John scopre che Yasumoto potrebbe non essere proprio dalla loro parte. Spark è pronto a qualsiasi cosa pur di mantenere in vita la visione di sua figlia.

Il potere del bambino cresce, Sparks comincia ad avere dei dubbi sulla missione e Anya prende in mano la situazione. Odin cerca di accedere in segreto ai circuiti di Ethan.

Molly viene faccia a faccia con la creatura e si rende conto di essere l'unica a poter fermare il pericolo imminente. Julie scopre un segreto su Odin.

In questo finale della prima stagione, Molly parte per la sua missione: ritornare nello spazio nel tentativo di dirigere il Seraphim lontano dalla Terra e proteggere la popolazione dalle sue spore mortali. John scopre che il piano di Odin ha messo Ethan in grave pericolo.

Molly fugge dall’ospedale psichiatrico in cui è stata internata dopo che ha saputo di una serie di morti bizzarre molto simili a quelle che lei hai visto nello spazio, ben presto si incontra con JD Richter, un poliziotto molto determinato a cui è stato affidato il caso.

Molly e JD scoprono di un'altra donna incinta che soffre di sintomi fatali ed inspiegabili. Nel frattempo, Molly comincia a mettere in discussione la sua stabilità mentale; Julie è alle prese con la ribellione di Ethan.

Molly finalmente scopre la spaventosa verità spaventosa su quanto è accaduto a suo figlio. Inoltre, la decisione di Julie di cancellare la memoria di Ethan ha delle conseguenze inattese.

Molly cerca di creare un virus per distruggere gli ibridi alieni ma scopre che gli alieni stanno cercando di comunicare con gli esseri umani attraverso un messaggio nascosto nel loro DNA. Altrove, Lucy aiuta Ethan a scappare da Charlie per recuperare i ricordi di Molly.

Molly scopre che il figlio Ethan è vivo e cerca di ritrovarlo. JD sta indagando sulla morte di John e gli indizi lo portano a sospettare di un possibile coinvolgimento di Julie.

Molly inizia a cambiare fisicamente, ma non è sicura che il processo si possa invertire, nel frattempo si convince che gli alieni siano sulla terra per ragioni pacifiche. Lei e JD raggiungono Tobias per i negoziati di pace con gli alieni. Inoltre, l'ex moglie di JD riappare per parlare della loro figlia.

Molly e JD sperano che la pace possa arrivare e incoraggiano Tobias a mediare un accordo tra gli esseri umani e gli ibridi, mentre Lucy cerca di manipolare i sentimenti di Charlie e di metterlo in una posizione compromettente. JD diventa scettico sugli alieni dopo che uno di questi gli provoca un flashback sul periodo in cui era un soldato al fronte.

Dopo un raid della Global Security Commission (GSC) contro gli ibridi, Molly cerca disperatamente di salvare suo figlio, mentre JD cerca di salvare sua figlia, che viene tenuta prigioniera da Tobias. Nel frattempo, Lucy diventa una minaccia crescente per gli esseri umani.

Molly comincia a riacquistare la memoria una volta infettata dal virus; Julie è di fronte a scelte difficili e gli ibridi cercano vendetta.

Dopo aver sfiorato la morte, Molly ha una visione straziante che non riesce a dimenticare. Inoltre, la fedeltà di Tobias alla GSC è messa in discussione.

Molly con JD ed Ethan riesce a rintracciare l'ex collega di John nella speranza di fermare la minaccia Humanich. Julie manda Charlie in missione per scoprire da chi provengono gli ordini di Lucy.

Molly fa nuove inquietanti rivelazioni sula morte di Tobias, nel frattempo le azioni di Lucy possono avere ripercussioni devastanti per gli umani e gli ibridi.

Molly e JD con l’aiuto degli Ibridi prova a fermare un complotto degli Humanich per distruggere la razza umana. Lucy ha delle notizie scioccanti sulla GSC che mettono in discussione la sua fedeltà e la vita di Ethan a rischio.