Molly sviene dopo aver avuto una visione del suo incontro co n il Seraphim e Sam la sottopone a un ecografia per saperne di più sulla gravidanza. Molly rintraccia Kryger e scopre dei dettagli inquietanti sulla sua missione con la ISEA (International Space Exploration Agency).

Molly deve decidere se parlare della gravidanza con John dopo che lui le fa notare il suo strano comportamento. John e Molly devono parlare con alcuni genitori sospettosi di Ethan dopo il suo primo giorno di scuola.

Dopo che Sparks cerca di mettere in quarantena Molly, lei e la sua famiglia cercano rifugio da suo padre, Quinn. Ma l'agenzia li trova e Ethan viene esposto a un grave pericolo.

John comincia a dubitare dello stato mentale di Molly, Ethan intanto sta avendo dei seri problemi e John e Julie sono in disaccordo su come curarlo.

Molly scopre la vera ragione per cui l'ISEA l'ha scelta per la missione di tredici mesi. Ethan fa il suo primo sogno, un avanzamento per il quale non era stato programmato.

John trova nuovi e sconvolgenti avanzamenti nella programmazione di Ethan. Kern prende Kryger in ostaggio per recuperare il video incriminato che ha rubato all'ISEA.

Molly scopre che il bambino è vivo e organizza un piano con Kern e Kryeger per ritrovarlo prima che Sparks e Yasumoto possano rilocarlo. John ha difficoltà a stare dietro agli avanzamenti di Ethan.

Spark finisce sotto l'influenza della visione di sua figlia e scappa con il bambino di Molly in una località remota.

Molly è vicina al ritrovamento del bambino ma John scopre che Yasumoto potrebbe non essere proprio dalla loro parte. Spark è pronto a qualsiasi cosa pur di mantenere in vita la visione di sua figlia.

Il potere del bambino cresce, Sparks comincia ad avere dei dubbi sulla missione e Anya prende in mano la situazione. Odin cerca di accedere in segreto ai circuiti di Ethan.

Molly viene faccia a faccia con la creatura e si rende conto di essere l'unica a poter fermare il pericolo imminente. Julie scopre un segreto su Odin.

In questo finale della prima stagione, Molly parte per la sua missione: ritornare nello spazio nel tentativo di dirigere il Seraphim lontano dalla Terra e proteggere la popolazione dalle sue spore mortali. John scopre che il piano di Odin ha messo Ethan in grave pericolo.