Molly Woods a perdu son fils humanix Ethan, enlevé par la Sécurité Intérieure, son mari John, décédé dans un accident, et son fils hybride, mort d'une crise de convulsion chez un couple qui l'avait recueilli. Internée dans un établissement psychiatrique, l'astronaute s'enfuit après avoir reconnu le mode opératoire des hybrides dans la mort de plusieurs femmes enceintes. Chez la dernière victime, elle rencontre JD Richter, un policier indépendant qui enquête sur cette affaire…

Ethan a été confié à Julie, qui développe un nouvel humanix sous l'autorité pressante d'Anna Schaefer pour l'utiliser à des fins militaires. De son côté, le général Shepherd dirige une équipe du SWAT qui échoue à éliminer l'entité extra-terrestre. Molly ignore encore que son fils hybride est vivant…

Julie efface les souvenirs qu'Ethan avait de ses parents et accepte de transiger sur les valeurs éthiques du nouvel humanix, Lucy. Molly est la seule à pouvoir entrer en contact avec Adhu, son fils hybride qui a déjà atteint la trentaine et serait à l'origine du décès de nombreuses femmes aux grossesses accélérées… Elle accepte de collaborer avec la Sécurité Intérieure

Molly participe à la cartographie de l'ADN hybride dans le but de fabriquer un virus qui détruira l'espèce extra-terrestre. Ethan se souvient de Molly malgré sa mémoire effacée et décide de la retrouver, encouragé par Lucy qui le pousse à transgresser les règles…

Lucy est maintenant opérationnelle et attend la localisation de ses cibles, les hybrides. Molly se bat pour récupérer la garde d'Ethan, qui sera arbitrée par Fiona Stanton, chef de la Sécurité Intérieure. JD enquête sur les circonstances étranges de la mort de John Woods…

D'après son ADN en triple hélice, Molly comprend qu'elle porte en elle, depuis sa grossesse, une partie du génome extra-terrestre. Satisfaite des performances de Lucy contre les hybrides, Anna Schaefer demande à Julie de créer de nouveaux humanix sur le même modèle…

Convaincue par Adhu des intentions pacifistes des hybrides, Molly tente de convaincre Tobias qu'une coexistence est possible avec les humains. En découvrant que les femmes ayant porté des grossesses hybrides voient leur ADN évoluer

Réfugiés dans le camp des hybrides, Molly et JD font face à une attaque des humanix, qui libèrent le virus mortel. Gravement endommagée, Lucy doit être réparée mais Julie et Charlie estiment qu'il faut entièrement la reprogrammer pour limiter son libre arbitre. Adhu, lui, est profondément atteint par le virus, et Molly commence à en ressentir les effets…

Gravement infectée par le virus, Molly se rend au siège de la Sécurité Intérieure où elle est maintenue en quarantaine. Mourante, elle replonge alors dans les souvenirs d'une soirée passée avec son père. Julie et Charlie se dressent contre leur direction et décident d'annuler le projet humanix…

Le GSC est en état d'alerte et doit être évacué de toute urgence. Les humanichs passent à l'action avec ordre de tuer les hybrides. Terra et Ares ont l'intention de faire sauter l'immeuble. Ethan, de son côté, tente de retourner auprès de sa mère. Une véritable course contre la montre s'engage pour éviter un bain de sang.

Molly et JD doivent absolument retrouver Calderon, le seul à pouvoir mettre hors d'état de nuire les humanichs. Mais Molly craint toujours pour la vie de JD. Terra, quant à elle, est introuvable. Fiona nomme Lucy chef de la sécurité et souhaite que les humanichs travaillent au laboratoire pour accélérer le processus de production.

Les humanichs sont déployés dans la ville pour assurer la sécurité des habitants et détruire les hybrides. Dorothy tombe sur Terra, blessée, et lui porte secours. Charlie, dévasté, raconte à Molly, JD et Ethan les dernières exactions de Lucy. Ensemble, ils réfléchissent à un plan d'attaque. Mais la mission s'annonce des plus délicates.