John zieht mit seinem Team in das neu eingerichtete Labor, das Yasumoto gesponsert hat. Alle sind von der technischen Ausstattung und den damit verbundenen Möglichkeiten begeistert. Inzwischen vertraut sich Molly ihrer Freundin an. Sie erzählt von ihrem Blackout im Weltall und, dass sie eine Begegnung mit ihrem Kollegen Harmon Kryger hatte, der laut ISEA angeblich tot sei. Kryger habe sie gewarnt, absolut niemandem zu vertrauen, schon gar nicht der Firma.

Ethan hat seinen ersten Schultag. Alles scheint gut zu laufen, bis die Eltern seiner Mitschüler misstrauisch werden. Sie haben Angst, dass Ethan ihren Kindern etwas antun könnte und wollen ihn der Schule verweisen lassen. John und Molly versuchen die Eltern umzustimmen. Auch Julie hat Bedenken wegen Ethans Schuleintritt. Außerdem versucht Molly, von Kryger weitere Informationen zu bekommen. Sie fährt zu seinem Wohnwagen, trifft dort aber niemanden an. Ein seltames Symbol an der Wand des Wohnwagens macht Molly stutzig.

Durch Sams Warnung ist es den Woods gelungen zu flüchten. Gegen Mollys Bedenken hat John auch Ethan mitgenommen. Bei Mollys Vater wollen sie untertauchen und Mollys altes Büro nutzen, um ein paar Tests durchzuführen. Mollys Verhältnis zu ihrem Vater ist belastet, da er früher Alkoholiker war. Die Woods ahnen jedoch nicht, dass die Agency ihnen auf die Fersen ist. Inzwischen wird Sam gegen ihren Willen festgehalten und von Alvin erpresst.

Die neuen Testergebnisse zeigen Mollys Schwangerschaft nicht an. John ist verwirrt, er weiß nicht, ob er den Aussagen seiner Frau noch trauen kann. Molly und John sind so mit ihren Problemen beschäftigt, dass sie kaum noch Zeit für Ethan haben. Bis dieser plötzlich an einer mysteriösen Krankheit leidet. John weiß zunächst nicht, wie er Ethan helfen soll.

Zu Johns und Mollys Überraschung hat Ethan erstmals einen Alptraum gehabt. John ist überrascht, denn eigentlich ist Ethan darauf nicht programmiert worden. Zur weiteren Überprüfung nimmt er Ethan mit ins Labor. Inzwischen will Molly herausfinden, warum Sam sie so belogen hat. Molly entschuldigt sich bei Sam und versteckt einen Sender bei ihr, mit dem sie alle Gespräche abhören kann. Und Kryger ist es gelungen, Gordons Fingerabdrücke zu stehlen. So gelangt er unbemerkt in den Serverraum der ISEA, um brisante Daten zu stehlen.

Nach seiner Krankheit darf Ethan endlich wieder in die Schule. John ist verblüfft, als er Ethan mit zwei Mädchen japanisch reden hört. Als Yasumoto davon erfährt, will er sich persönlich davon überzeugen und lädt die Woods zu einem Abendessen ein. Inzwischen versucht Gordon Kern von Kryger zu erfahren, wo das belastende Video geblieben ist. Und Molly will sich mit Derek Pearce treffen, um mehr über die Weltraummission zu erfahren. Doch sie kommt zu spät.

Ethan macht übermenschliche Fortschritte in seiner Entwicklung. John ist beunruhigt, und will ihm einen neuen Chip einsetzen. Doch er hat keinen Zugang mehr zu Ethans neuronalem Netz. Inzwischen wird Molly mit ihren Informationen für Yasumoto und Sparks immer mehr zur Gefahr. Deshalb wollen sie den „Nachkommen“ zu einem Alternativstandort verlegen. Kern, Kryger und Molly wollen dies nützen, um den „Nachkommen“ zu entführen. So weit kommt es aber nicht, da im Sicherheitstrakt alles aus den Rudern läuft.

Dem „Nachkommen“ ist es gelungen aus dem Brutkasten zu fliehen. Mit seinen Fähigkeiten macht er sich Sparks zu nutze. Dieser will seine anscheinend zum Leben erweckte Tochter Katie nicht verlieren. Er fährt mit Katie und dem „Nachkommen“ zu einem abgelegenen Campingplatz im Wald. Währenddessen macht sich John Sorgen um Molly. Er bittet Yasumoto um Hilfe. Dieser schlägt vor, dass Ethan vorerst bei ihm wohnen soll, bis sich die Dinge wieder geklärt haben.

Yasumoto ist wie Molly daran interessiert, den „Nachkommen“ zu finden. Deshalb soll Dr. Mason sie bei ihrer Suche unterstützen. Inzwischen hat Alan Sparks seine Frau Anya zum Campingplatz gerufen und präsentiert ihr die junge, wieder auferweckte Katie. Auch Kern und Kryger sind Sparks auf der Spur, durch Anyas Auto kommen sie Sparks Versteck immer näher. Und John wird gegenüber Yasumoto misstrauisch. Er sucht nach einem Weg, um Ethan hinaus zu schmuggeln.

Kryger hat den Angriff nicht überlebt. Sparks ist mit seiner Familie und dem „Nachkommen“ geflohen. Doch Molly und Kern sind Sparks weiter auf der Spur und finden ihn in einem Motel. Er ist allerdings alleine. Der „Nachkomme“ ist mit Anya und Katie verschwunden. Währenddessen erfährt John, dass Yasumoto ohne seine spezielle Medizin bald sterben muss. Und Odin, der sich Ethans Vertrauen erschlichen hat, will unbemerkt an seine Schaltkreise gelangen.

23 Monate nach ihrem angeblichen Tod auf der Weltraumstation Seraphim, gibt Katie ein Lebenszeichen von sich! Auf der Erde versucht inzwischen Molly von Sparks die Wahrheit zu erfahren. Obwohl sie ihm Bilder seiner toten Ehefrau Anya zeigt, schweigt Sparks. Er ist davon überzeugt, der „Nachkomme“ werde Anya zurückbringen. Und Odin vergrößert seinen Einfluss auf Ethan. Er suggeriert ihm, dass seine Eltern Ethan in Wirklichkeit gar nicht wollen. Ethan ist verwirrt, wem er von nun an glauben soll.

Um die Welt vor einer weiteren Infizierung zu retten, ist Molly zur Seraphim ins Weltall gereist. Dort trifft sie auf Katie, die sich sehr verändert hat. Währenddessen will John nachsehen, was Odin Ethans Schaltkreisen angetan hat. Doch dazu müsste er Ethan abschalten. Inzwischen hat es der „Nachkomme“ geschafft, in die ISEA einzudringen. Alle Menschen die mit ihm in Berührungen gekommen sind, wurden von ihm infiziert, damit er ihr Bewusstsein steuern kann.