Прошло три месяца после того как Гал Дукат убил Джадзию Дакс. Ромулане пытаются основать на «Дальнем космосе 9» свою военную базу, а Сиско тем временем отдыхает на Земле.

Эзри Дакс вживается в коллектив станции. Постепенно все принимают её как вернувшуюся Джадзию, только Ворф, видя рядом новый вариант своей возлюбленной, страдает еще больше.

Команда станции играет в бейсбол с экипажем вулканского корабля. Дело осложняется тем, что ни одни из них толком не умеет играть.

Доктор Башир начинает испытывать определенные симпатии к своей пациентке, немой от рождения Сирине, которую он пытается вылечить.

Один из клонов Ворта Виюна встречается с Одо и предлагает тому ценную информацию, способную помочь Федерации выиграть войну, в обмен на предоставление перебежчику убежища на станции.

Кор, стареющий клингонский боевой герой, прилетает на станцию чтобы продолжать воевать ради славы и чести, но генерал Марток так не считает.

Война идет не только в космосе. На планете AR-558 уже несколько месяцев десант Звездного Флота и войска Джем'Хадар сражаются друг с другом.

Кира попадает на станцию «Эмпок Нор», где её старый «приятель» Гал Дукат теперь лидер религиозного культа, набирающего силу среди баджорцев. Гал Дукат предлагает Кире забыть прошлое и присоединиться к его движению.

52235.7 Ног, потерявший ногу, возвращается на станцию. Его встречают как героя, однако ференги впадает в уныние от воспоминаний о боевых действиях. Он ищет забвения в обществе Вика Фонтейна.

В поисках пропавшего О’Брайена Эзри Дакс встречается со своей властной матерью, владелицей крупной промышленной компании, и своими братьями, также с головой ушедшими в бизнес. Выясняется, что в деле замешан Орионский синдикат.

Великий Нагус похищается злобным Альянсом из альтернативной вселенной. Они хотят использовать его как заложника для добычи секрета клингонского устройства невидимости. Кварк и Ром, вместе с двойником Эзри Дакс, летят выручать своего предводителя.

Эзри Дакс с помощью генетической памяти пытается найти убийцу, который орудует на станции.

Одо встречает метаморфа, которого как и его в младенчестве оставили один на один с галактикой. Однако его новый знакомый Лааз не желает продолжать жизнь среди «неизменных».

Сверкающая звезда эстрады — Вик, певец из Лас-Вегаса середины XX века, нуждается в помощи. И неважно, что Вик это голограмма. На «Дальнем космосе 9» его уже давно воспринимают как живого и обязательно придут на помощь Вику в его борьбе против посягательств гангстера Фрэнки.

Накануне поездки доктора Башира на медицинскую конференцию в Ромуланской Империи «Отдел 31» пытается завербовать его, якобы для получения информации о старых противниках, которые пока являются союзниками. Джулиан пытается вести честную игру, но выясняется, что именно это и входит в планы секретной службы.

52576.2 Пока Сиско планирует свою будущую тихую семейную жизнь, исчезает коммандер Ворф. На его поиски отправляется Эзри Дакс. Память и чувства Джадзии не дают ей спокойно сидеть на месте.

Сиско игнорирует предупреждения Пророков и собирается вступить в брак со своей давней любовью — Кэссиди Йейтс. Тем временем Ворф и Эзри оказываются в плену у бринов, таинственной расы воинов.

Доминион готовится заключить новый военный союз с бринами. Этот союз разрушит Федерацию и позволит Доминиону наконец выиграть войну. Кардассианцы недовольны этим союзом, так как в этом случае Кардассия многое теряет и ничего не приобретает.

Брины атакуют Землю. Внезапная стремительная атака застает Звездный Флот врасплох. Флот Доминиона начинает атаку на стратегически важную систему Чин'тока. Задействовав новое оружие бринов, выводящее энергосистемы кораблей из строя, Доминион одерживает победу, уничтожив 311 кораблей клингонов, людей и ромуланцев, в том числе «Дефайнт».

Кира вступает в контакт с лидерами кардассианского сопротивления. Выясняется, что клингонские корабли легко могут быть модифицированы для защиты от оружия бринов. двадцатикратно уступающий по численности Клингонский флот - единственное, что стоит на пути у Доминиона. Решив присвоить себе славу спасителя Альфа-квадранта, канцлер Гаурон смещает генерала Мартока и начинает серию самоубийственных операций, руководствуясь по большей части популизмом и демагогией о чести и славе.

Доктор Башир пытается найти лекарство против странной болезни, которую он обнаружил у Одо. Кира, тем временем, проводит партизанский налет на Доминион, захватив рассеиватель энергии бринов. Ворф заявляет неповиновение Гаурону и побеждает того на дуэли, став новым канцлером Клингонской империи. Однако его первым и последним указом становится передача власти Мартоку.

52645.7 Поиски лекарства выводят Башира на «Отдел-31». Одо при смерти, и только Слоан, глава «Отдела-31» может дать ему противоядие от вируса, который и был изготовлен в лабораториях «Отдела-31».

52861.3 Кардассия на грани гражданской войны. Гражданское население поднимается против Доминиона. Тем временем, на станцию «Дальний космос 9» прибывает Великий Нагус, который собирается назвать своего преемника.

Сиско на новом «Дефайнте» присоединяется к решающей битве с Доминионом. На Кардассии Кира и Дамар поднимают восстание против власти Доминиона, а Одо убеждает Основательницу прекратить войну.

На Баджоре Кай Винн тем временем пытается вступить в союз с Призраками Па, однако не она, а Гал Дукат является их избранником. Между эмиссаром Пророков Сиско и эмиссаром Призраков Па Дукатом грядёт финальная битва.