Captain Sisko reist zu seinem Vater auf die Erde. Dort hat er eine rätselhafte Vision. Sisko glaubt, dass ihn die Vision zu einem der bajoranischen Drehkörper führt. Gemeinsam mit seinem Vater, Jake und Ezri Dax macht er sich auf den Weg.

Captain Sisko ist auf der Suche nach dem Drehkörper des Abgesandten. Gemeinsam mit seinem Vater, Jake und Ezri Dax fliegt er deshalb zum Planeten Tyree. Kira gerät unterdessen in eine Auseinandersetzung mit den Romulanern.

Ezri Dax hat Schwierigkeiten, ihre acht Leben in Einklang zu bringen. Sisko rät ihr, sich abzulenken und beauftragt sie deshalb, sich um Garak zu kümmern. Der leidet plötzlich an unerklärlichen Klaustrophobie-Anfällen. Ezri versucht, der Sache auf den Grund zu gehen.

Captain Sisko trifft den Vulkanier Solok, seinen Rivalen aus Studienzeiten. Sisko hatte damals in einem Ringkampf gegen Solok verloren. Er nimmt dessen Angebot an, erneut einen Wettkampf zu bestreiten. Diesmal soll ein Baseball-Spiel stattfinden.

Dr. Bashir erhält Besuch von seinen genetisch veränderten Freunden Jack, Patrick und Lauren. Sie bitten ihn, der jungen Sarina zu helfen, die sich völlig vor der Außenwelt verschließt. Gemeinsam gelingt es ihnen, Sarina zum Sprechen zu bringen.

Odo fliegt zu einem Treffen mit seinem Informanten Gul Russol. Als er beim Treffpunkt ankommt, findet er den Vorta Weyoun 6 vor. Dieser behauptet, ein Überläufer zu sein. Er offenbart Odo ein schreckliches Geheimnis.

Der alte klingonische Dahar-Meister Kor ist auf Deep Space Nine. Er stattet Worf einen Besuch ab und bittet ihn um einen Job. Er wäre mit allem zufrieden, wenn er nur wieder kämpfen könnte. Über General Martoks Kopf hinweg stellt Worf ihn als Dritten Offizier ein.

Auf dem Planeten AR-558 trifft Captain Sisko auf Truppen der Sternenflotte. Sie halten ein Kommunikationszentrum des Dominion besetzt. Die Belagerten sind den feindlichen Jem’Hadar-Truppen weit unterlegen. Sisko beschließt, ihnen zu helfen.

Vedek Fala, Kiras ehemaliger Lehrer, stattet ihr einen Besuch ab. Er gibt ihr einen Kristall, der sie nach Empok Nor befördert. Dort erwartet sie ihr alter Feind Dukat, der inzwischen Anführer einer Sekte ist. Dukat verlangt von Kira, dass sie sich ihm anschließt.

Nogs Bein musste amputiert werden. Die Crew gibt ihr Bestes, um ihn aufzuheitern. Doch der junge Soldat kommt mit der Behinderung nur schwer zurecht. Er zieht sich in die Holosuite zurück und will der Wirklichkeit für immer den Rücken kehren.

Chief O’Brien sucht auf New Sydney nach einer spurlos verschwundenen Bekannten. Nachdem Captain Sisko davon erfahren hat, beauftragt er Ezri, O’Brien bei der Suche zu helfen. Doch die beiden müssen schließlich eine schreckliche Entdeckung machen.

Der Große Nagus wird im Spiegel-Universum als Geisel festgehalten. Quark und Rom sollen im Austausch für die Geisel dem Regenten eine Tarnvorrichtung liefern.

Auf Deep Space Nine geschehen mehrere unerklärliche Morde. Ezri erhält von Sisko den Auftrag, den Täter zu finden. Dazu ruft sie den Mörder Joran, einen ihrer früheren Wirte, zu Hilfe.

Odo begegnet einem anderen Formwandler, der wie er selbst nicht dem Dominion angehört. Dieser will Odo überreden, mit ihm gemeinsam das Universum zu erforschen und eine neue Verbindung zu gründen. Doch dazu müsste Odo seine geliebte Kira verlassen.

Der Gangster Frankie Eyes kauft das Hotel von Vic Fontaine und setzt diesen auf die Straße. Die Crew von Deep Space Nine muss entsetzt feststellen, dass dies im Holodeckprogramm so vorgesehen ist. Sie versuchen den Gangster aus dem Verkehr zu ziehen.

Dr. Bashir erhält Besuch von Sloane, dem Direktor der Sektion 31. Bashir soll auf einer wissenschaftlichen Konferenz auf Romulus Informationen für die Sektion 31 sammeln. Bashir weiht Sisko ein. Dieser bittet ihn, zum Schein auf Sloanes Vorschlag einzugehen.

Worf wird nach einer Schlacht mit dem Dominion vermisst. Sisko muss die Suche nach ihm abbrechen. Aber Ezri lässt sich nicht davon abbringen ihn zu suchen. Die Gründer suchen währenddessen verzweifelt nach einem Heilmittel für ihre Krankheit.

Kasidy hat eingewilligt, Sisko zu heiraten. Aber die Propheten sind gegen die Hochzeit. Kai Winn hat eine Vision, dass die Propheten den neuen Führer Bajors zu ihr bringen werden: Es ist Gul Dukat. Worf und Ezri werden noch immer von den Breen gefangengehalten.

Ezri und Worf lehnen es unter Lebensgefahr ab, mit Weyoun zusammenzuarbeiten. Als von Deep Space Nine aus ein Angriff auf Septimus Drei erfolgt, bezieht Damar Position und stellt sich gegen das Dominion.

Damar ist mit Kira, Odo und Garak in Verbindung getreten. Gemeinsam wollen sie den Kampf gegen die Breen aufnehmen. Dr. Bashir sucht währenddessen fieberhaft nach einem Heilverfahren, das Odo retten soll.

Noch immer versuchen die neuen Verbündeten Kira und Damar, in den Besitz der Geheimwaffe der Breen zu kommen. Worf gebietet währenddessen dem wahnsinnigen Treiben Gowrons Einhalt. Odos Zustand lässt das Schlimmste befürchten.

Dr. Bashir sucht verzweifelt nach dem Heilmittel, das Odos letzte Hoffnung ist. Dabei greift er zu extremen Maßnahmen: er verbindet sein Gehirn mit dem Gehirn von Sloan, dem Leiter der Extremisten-Organisation, die Odo infizierte.

Captain Sisko hat das Kommando über eine neue „Defiant“ übernommen. Quark soll der neue Ferengi-Anführer werden. Kira erkennt unterdessen, dass Damar durch seinen angeblichen Tod über Nacht zum Helden seines Volkes wurde. Sie drängt ihn, zum Widerstand aufzurufen.

Kira, Damar und Garak gelingt es freizukommen. Die Cardassianer schlagen sich schließlich auf die Seite der Föderation. Unterdessen will Kai Winn die Pah-Geister aus den Feuerhöhlen befreien.

Odo verbindet sich mit der Gründerin und bringt sie so dazu, den Krieg gegen die Föderation zu beenden. Unterdessen befreien Dukat und Kai Win die Pah-Geister. Captain Sisko muss seine Aufgabe als Abgesandter erfüllen und die Pah-Geister vernichten.