Dopo tre mesi il vuoto lasciato dalla morte di Jadzia e l'esilio volontario sulla Terra del Capitano Sisko si fanno sentire sulla stazione, nonostante Kira, promossa colonnello, la stia dirigendo con estrema competenza. L'Ammiraglio Ross giunge su Deep Space Nine con notizie che preoccupano molto Kira: i Romulani hanno chiesto di poter insediare un loro ufficio sulla stazione stellare. Worf, nonostante l'aiuto discreto dei suoi amici, non riesce a riprendersi dalla perdita dell'amata moglie e Sisko, ospite a casa di suo padre, tenta disperatamente di ristabilire un contatto con i Profeti. Mentre suona il pianoforte, il capitano ha una visione in cui scava in un deserto fino a disseppellire il volto di una donna bellissima. Decide di dovere a ogni costo rintracciare quella donna, ma non dovrà andare molto lontano per trovarla…

Sisko incontra Ezri, il nuovo ospite del simbionte Dax, prima di partire per la Terra il pianeta Tyree con il padre, Joseph, e il figlio Jake. Ezri desidera accompagnarli nella loro ricerca del mitico Orb dell'Emissario di Bajor, che Sisko è persuaso che a credere che esista. Sulla stazione, Kira prepara un blocco per impedire ai Romulani di rendere operative le armi che hanno piazzato sulla luna bajoriana di Derna. Intanto sulla nave Klingon del generale Martok, Worf, O'Brien, Bashir e Quark intraprendono la missione di distruggere un cantiere navale del Dominio, per assicurare un posto allo spirito della morta moglie di Worf, Jadzia, un posto nell'aldilà klingon lo Sto-Vo-Kor...

Oltre a far fronte ai ricordi delle vite passate del simbionte Dax, Ezri deve affrontare le reazioni che la sua presenza genera su Deep Space Nine. La sua presenza non è molto apprezzata, dal momento che molte persone non sono sicure su cosa provino per la nuova arrivata. Worf ha la peggior reazione, arrivando persino a minacciare amici e ufficiali. Anche Garak non sta anche prendendo bene l'arrivo di Ezri, ma è preso dai suoi problemi dovuti alla claustrofobia di cui soffre e che lo colpisce in modo molto acuto…

Una nave stellare della Federazione attracca a Deep Space Nine. Sisko conosce il suo capitano, Solok, un suo ex compagno dell'Accademia e suo rivale. Solok crede che il suo equipaggio formato da soli Vulcan sia superiore sotto ogni aspetto, e sfida Sisko a una partita di baseball in sala ologrammi. Sisko accetta la sfida, ma ha solo due settimane per formare ed allenare una squadra di cui suo figlio Jake è l'unico membro potenziale che abbia mai giocato a baseball prima di allora.

Sulla stazione torna il quartetto di individui potenziati geneticamente visto nell'episodio della sesta stagione "Probabilità statistiche", impersonando un Ammiraglio ed il suo staff. I quattro aiutano Julian Bashir perfezionare uno strumento medico così che quest'ultimo possa operare Sarina Douglas.

Odo riceve un messaggio in codice da Gul Russol e decolla dalla stazione per incontrarlo, anche ha preso in considerazione la possibilità che possa essere una trappola. Infatti è un strataggemma di Weyon per incontrare Odo...

Il Dahar Master Kor, sempre più vecchio e che ha perso la sua influenza nell'Impero Klingon si reca sulla Stazione per incontrare Worf. Lo scopo della visita è chiedere aiuto a Worf per ottenere il comando di un nave ed avere la possibilità di morire da guerriero, ma quando Worf rappresenta la richiesta al Generale Martok, che nel mentre sta pianificando un attacco all'interno dello spazio cardassiano, quest'ultimo la rifiuta con rabbia. Martok ha un profondo rancore nei confronti di Kor, che in passato gli ha negato la nomina ad ufficiale per via della sua discendenza. Come compromesso Worf, non essendo a conoscenza dei problemi di salute mentale di Kor, fa in modo di venga nominato terzo ufficiale del Ch'tang, la nave di Martok.

Il pianeta AR-558 è degno di nota solo per essere il sito per uno dei maggiori relè di comunicazione. Il pianeta è già stato occupato dai soldati della Federazione, che pagato un con il sangue la conquista; dei 150 inviati sul pianeta, 43 soltanto sono sopravvissuti. Questi soldati sono in servizio da più di cinque mesi continuati; una violazione del regolamento della Flotta Stellare che impone un turno di riposo ogni 90 giorni. La USS Defiant arriva sul pianeta trasportando rifornimenti e razioni per i replicatori. La nave è al comando del Capitano Benjamin Sisko, con Worf come Ufficiale Esecutivo, Ezri Dax ed il Dottor Julian Bashir come supporto tecnico e medico, il Guardiamarina Nog come membro dell'equipaggio, e Quark, inviato dal Grande Nagus in "missione conoscitiva".

Odo vorrebbe condividere la fede di Kira nei Profeti Così da poter passare il suo tempo con lei anche durate le funzioni religiose. Il sermone del giorno è stato tenuto da Vedek Fala, che dopo la funzione è andato a far visita a Kira nei suoi alloggi per darle un dono, che presto si rivela essere un trasponder che la trasporta lontano dalla stazione. Kira si ritrova su Empok Nor, attualmente occupata da 50 bajoriani che adorano i Pah wraiths come i veri Profeti di Bajor. Il leader del gruppo altri non è che Dukat. la fede dei residenti bajoriani in Dukat è talmente grande che quando Kira minaccia di ucciderlo con un phaser, molti di loro si piazzano sulla linea di tiro. Kira viene colpita e resa incosciente da uno degli altri membri del culto, quando rinviene si trova nell'alloggio di Dukat.

Dopo che è stata rimpiazzata la gamba amputata in seguito alla ferita subita nella battaglia su AR-558, ed aver seguito per mesi la riabilitazione sulla Base Stellare 235, Nog ritorna su Deep Space 9. E' afflitto dai flashbacks sulla ferita e sente dolore nel suo nuovo arto, anche sei i medici non hanno rilevato alcuno stimolo fisico per questo dolore. L'equipaggio della stazione accoglie calorosamente Nog con l'intenzione di organizzare una festa per lui, ma lui invece si rinchiude nel suo alloggio, dormendo gran parte del giorno e ascoltando una registrazione della canzone "I'll Be Seeing You" cantata da Vic Fontaine. Quando Jake si stanca della costante ripetitività della canzone, Nog cerca Vic nella sala ologrammi di Quark. Dopo aver sentito Vic cantare la canzone in ogni arrangiamento che questi conosce, Nog lo convince a permettergli di rimanere per la notte nel suo appartamento all'albergo…

Julian Bashir rivela a Benjamin Sisko una confidenza fattagli da O'Brien: che lui sarebbe andato a New Sydney, il settimo pianeta nel sistema di Sappora, alla ricerca di Morica, vedova di un membro del Sindacato di Orione di nome Liam Bilby, del quale era diventato amico nel corso di un'operazione sotto copertura. O'Brien si sente in parte responsabile della morte di Bilby avvenuta nel corso della stessa operazione. Dato che la famiglia dell'ospite di Dax, Ezri, vive vicino a New Sydney e è proprietaria di un'impresa mineraria, Sisko le chiede di aiutarlo nella ricerca di O'Brien…

Dopo una notte di bevute, Ezri Dax accompagna Ilario, un membro dell'equipaggio DS9, al suo alloggio. La mattina seguente Ilario viene trovato morto nel suo alloggio. Julian Bashir determina che Ilario è stato ucciso con un proiettile di tritanio sparato da breve distanza. Viene stabilito che l'arma è un TR-116, un prototipo progettato dalla Flotta Stellare per essere impiegato in ambienti dove i phaser sarebbero stati inefficaci. Odo però è perplesso in quanto solitamente quel tipo di arma lascia residui di polvere sulla vittima quando viene colpita da breve distanza.

Mentre stanno rientrando a Deep Space Nine, Odo e il Capo O'Brien incontrano un altro cambiante. Questo Cambiante, come Odo, è uno tra quelle centinaia che sono stati inviati ad esplorare il Quadrante Alfa. Il cambiante, che si fa chiamare Laas, non a nessuna conoscenza del Dominio o dei Fondatori. Quando ha avvertito la presenza di Odo si messo all'inseguimento del run about in quanto è desideroso di saperne di più sulla sua specie.

Julian Bashir e Miles O'Brien si godono una tranquilla serata da Vic Fontaine, quando il programma si trasforma improvvisamente in un rumoroso cabaret. Frankie Eyes, rivale da lungo tempo di Vic, si presenta per buttare fuori Vic. Bashir e O'Brien tentano di eliminare Frankie dal programma, ma non funziona. Quindi tentano di congelare il programma, ma anche questo senza successo…

Quando Julian Bashir si prepara per recarsi a una conferenza su Romulus, Luther Sloan appare nel suo alloggio assegnandogli un incarico per la Sezione 31. Quando Bashir sale a bordo della USS Bellerofonte, Sloan gli spiega in dettaglio l'incarico, che è quello di confermare le voci secondo cui Koval, capo della temuta Tal Shiar, oppositore della Federazione e candidato a un posto di un potente comitato del Senato romulano, soffra della sindrome di Tuvan, una condizione che affligge principalmente Vulcaniani e Romulani. Bashir espone il problema all'Ammiraglio William Ross. Ross pensa che sarebbe meglio se la Senatrice Cretak, amica della Federazione, ottenesse quel posto libero nel comitato permanente in quanto si è espressa pubblicamente a favore dell'alleanza contro il Dominio…

Sulla stazione, Sisko confida a Kasidy Yates di aver acquistato un terreno su Bajor e i suoi piani per costruirvi una casa. Al bar, Ezri Dax apprende che la USS Defiant ha rinunciato a cercare Worf, disperso nelle Badlands mentre era al comando di una nave Klingon nel corso di un attacco dei Jem'Hadar. Ezri decide di prendere un runabout e andare lei stassa nelle Badlands. Benjamin Sisko le ordina di tornare sulla stazione, ma lei finge, in modo poco convincente, che vi siano troppe interferenze per comprendere il messaggio. Quindi Sisko le permette di procedere con la ricerca di Worf, inviandole inoltre i diari di ricerca della Defiant. Il computer del runabout di Dax estrapola il punto probabile di ingresso della capsula di salvataggio di Worf nelle Badlands, quindi le porta il runabout in posizione e spegne i motori, con la speranza che e correnti la portino sulla posizione di Worf.

Kai Winn si reca in vista su DS9 per informare l'Emissario che sarà lei ad officiare il suo matrimonio con Kasidy Yates, e non il Vedek che Sisko ha scelto. dopo aver lasciato l'ufficio di Sisko, Winn ha quella che pensa essere la sua prima visione di sempre dei Profeti. Loro le dicono che "il Sisko ha vacillato", e che lei è stata scelta per "un compito importante", e che le avrebbero inviato una guida in possesso de "la saggezza della terra." Dax e Worf continuano a discutere dopo che sono stati interrogati dai Breen separatamente. La gelosia di Worf per Julian Bashir viene confermata quando un semiaddormentata Ezri dichiara il suo amore per lui.

Thot Gor, Alto Comandante della Confederazione Breen, presenta Dax e Worf alla Femmina Cambiante come dono. I Breen sono accettati nel Dominio indipendentemente dalla disapprovazione del trattato da parte di Damar e dalle sue conseguenze per Cardassia. Septimus III viene attaccato dai Klingon e sebbene Weyoun si fosse impegnato "ad evitarlo", i 500,000 soldati dell'Undicesimo Ordine sono spazzati via. L'umore di Damar peggiora quando a Thot Gor viene acconsentito l'accesso alle informazioni cardassiane classificate.

Worf e Ezri tornano alla stazione intanto i Breen attaccano la Terra. Il quartier Generale della Flotta Stellare e i Golden Gate vengono danneggiati dall'attacco. Un riluttante Solbor porta Winn al libro del Kosst Amojan, ma le pagine del libro con sua grande sorpresa sono vuote. Quando Solbor scopre il piano di Winn per liberare i Pah-Wraith, lei lo uccide il suo sangue di Solbor cadendo sul libro rende visibile il testo.

Durante una riunione strategica, Capo O'Brien rivela che la sola nave sopravvissuta alla Seconda Battaglia di Chin'Toka: uno sparviero klingon che stava effettuando un adattamento casuale del suo nucleo di curvatura che ha neutralizzato l'azione dei disgregatori ad alta potenza Breen. Questa modifica non può essere applicata alle navi Federali e a quelle Romulane, mettendo gli alleati in forte svantaggio. Il Dominio deve rimandare l'offensiva finale per contrastare la rivolta di Damar e dell'esercito cardassiano. Per aiutare Damar a guidare la rivolta contro Cardassia, Benjamin Sisko ordina a Kira Nerys di andare con Garak su Cardassia per insegnare ai ribelli le tecniche di guerriglia. L'ammiraglio Ross conferisce sul campo il grado di comandante della Flotta Stellare a Kira Nerys.

Il Cancelliere Gowron invia il Generale Martok in un'inutile offensiva contro il Dominio a causa del loro inferiore numero. Gowron incolpa Martok per l'insuccesso, ma Sisko daltro canto accusa Gowron per aver ordinato in primo luogo una missione di fatto suicida. Worf rivela a Sisko il suo sospetto che la nuova strategia militare di Gowron fosse intesa ad umiliare Martok, senza pensare alle conseguenze per l'Impero Klingon. Worf suggerisce a Martok di sfidare Gowron, ma questi rifiuta persino di parlarne.

Sloan si presenta negli alloggi di Julian Bashir, abboccando al falso annuncio di una cura per la peste dei Cambianti. Quando Sloan non vede nessuna via di uscita dall'interrogatorio di Bashir, si suicida. Bashir, con Miles O'Brien, impiega un interprete engrammatico multitronico per entrare nella mente di infiltrate Sloan. Bashir mette in guardia O'Brien del poco tempo a disposizione per trovare le informazioni sulla malattia, in quanto i due morirebbero se sono ancora connessi al cervello di Sloan cesserà la sua attività residua. Entrando nella mente di Sloan trovano ad accoglierli il suo subconscio che è ben disposto ad aiutarli ma che non riesce a parlare…

La ribellione Cardassiana guidata dell'ex Legato Damar, subisce un duro colpo quando lo stesso Damar rimane bloccato su Cardassia Primo con Garak e Kira e le basi ribelli vengono distrutte. Il Dominio annuncia con orgoglio di aver schiacciato la ribellione e nomina un nuovo Legato, Broca, alla guida dell'Unione Cardassiana. Damar, Garak e Kira trovano rifugio nella casa di Mila, ex governante di Tain. Incoraggiati da Kira, i tre bombardano una caserma di Jem'Hadar, e Damar rivela alla popolazione che non è morto come sosteneva la propaganda del Dominio, invitando la popolazione ad insorgere. Sebbene la resistenza militare organizzata sia finita una massiccia guerra civile ha inizio …

Su Deep Space Nine gli Alleati si preparano ad imbarcarsi per quella che potenzialmente è l'offensiva decisiva nella guerra con il Dominio, Bashir si sveglia nel suo allogio con al fianco Ezri, O'Brien parla con la sua famiglia in merito ad accettare un incarico sulla terra e Sisko conforta Kasidy incinta ed in preda alla nausea. Mentre sui dirige alla battaglia sulla Defiant, Sisko ha una visione della madre Sarah, uno dei Profeti di Bajor, che gli dice che la fine del viaggio "non è davanti a te, ma dietro di te". La battaglia tra la flotta del Dominio (Jem'Hadar, Breen e Cardassiana) e quella degli Alleati (Federazione, Klingon e Romulani) ha inizio. Kira, Garak e Damar, nascosti su Cardassia Primo, incitano alla rivolta e sabotano la rete elettrica del pianeta, tagliando le comunicazioni tra la flotta e il comando del dominio. Weyoun e una morente femmina Cambiante ordinano ai Jem'Hadar di spazzar via una città Cardassiana…

Stardate: Unknown. Sisko leads, what he hopes will be, a final all-out assault on Cardassia Prime. Kira and Garak mount a suicidal assault on the Cardassian headquarters occupied by the Dominion, who in turn kill innocent women and children village by village in retaliation for the Resistance's attacks.