Plusieurs mois après que le vaisseau Deep Space Nine ait été livré au Dominion, la situation de la Fédération semble désespérée et la guerre perdue. Sisko et l'équipage du Défiant sont affectés à une nouvelle mission : ils doivent détruire un stock de Ketracel, drogue utilisée par les Jem'Hadar, en se servant d'un de leurs vaisseaux détenu par la Fédération...

Très sérieusement endommagé, le vaisseau commandé par Sisko s'écrase sur une planète isolée. Gravement blessée, Dax est désormais aux bons soins du docteur Bashir. C'est alors qu'un groupe de Jem'Hadar, également survivants d'un crash, les enlève afin de soigner leur dirigeant souffrant. Les deux membres d'équipage voient leur espérance de vie dangereusement diminuer...

À sa grande stupéfaction, Worf retrouve son fils Alexandre à bord d'un croiseur principal klingon. Passé le premier moment de légitime surprise, il tente de l'approcher. Alexandre se laisse faire. Bientôt, père et fils partagent d'agréables moments de complicité. Worf souhaite lui inculquer les bases nécessaires à tous les guerriers de sa race...

Alors que Dax est placée aux commandes du Defiant, sur le vaisseau Deep Space Nine, Kira est chargée d'un mission extrêmement périlleuse : empêcher la destruction d'un champ de mines stratégique. Sa seule alternative est de faire diversion par tous les moyens possibles : il lui sera très simple de monter les Jem'Hadar contre les Cardassians. Le résultat ne se fait pas attendre et les deux peuples s'affrontent...

Afin de gagner la guerre et de remonter le moral de la Fédération, Sisko tente de convaincre le haut commandement que Deep Space Nine est la première possession à reprendre. De son côté, Damar espère réussir à désactiver le champ de mines qui empêchait le Dominion de recevoir des renforts...

En voulant rejoindre Deep Space Nine, Sisko doit affronter toute une flotte dominion. De leurs côtés, Kira, Jake et Leeta sont suspectés de trahison et emprisonnés. Ils étaient chargés de saboter la désactivation d'un champ de mines. Quark se retrouve en charge de cette mission et parvient à les libérer au moment même où la flotte ennemie approche. Il est hélas trop tard : le champ protecteur est déjà hors service...

Comme prévu avant la guerre avec le Dominion, Worf et Dax envisagent de se marier. Préparant la cérémonie, ils ne voient pas venir les nuages qui s'amoncellent à l'horizon. Lorsque la femme du général Martok provoque Dax et l'interroge sur sa loyauté envers Worf, c'est tout l'édifice sentimental de cette belle union qui semble compromis...

Des humains génétiquement «améliorés» sont invités à travailler en collaboration avec le docteur Bashir sur les conséquences de la guerre avec le Dominion. Les statistiques sont effroyables : la défaite de la Fédération coûterait la vie à plus de neuf cents milliards d'individus. Au contraire, un accord de soumission en sauverait sept cents milliards. Le docteur décide d'en parler au commandant Sisko...

Lorsque sa mère est capturée par le Dominion, Quark demande à la Fédération de procéder à un échange de prisonniers. Celle-ci accepte et charge Quark de faire l'échange sur la station Empok Kor. Un équipage ferengi est constitué : parmi eux, deux anciens ennemis de Quark. De son côté, le vorta Yelgrun s'est entouré de nombreux Jem'Hadar...

Sisko se rend au procès de Gul Dukat organisé par la Fédération. Il est dans la même navette que l'inculpé. Soudain, le convoi est attaqué par le Dominion et s'écrase sur une planète isolée. Là, Dukat souffre d'hallucinations au cours desquelles il se voit tuer Sisko. Il s'en faut de peu pour que ces visions ne deviennent réalité...

Un accident de navette a coûté la vie à Morn. Quark est fort surpris lorsqu'il découvre qu'il est l'héritier du défunt. Mais, outre ses biens, il se retrouve également, bien malgré lui, avec tous les problèmes de Morn sur le dos, et il y en a beaucoup...

Le commandant Sisko souffre d'étranges visions : il vit dans les années 50, et écrit pour un journal de science-fiction. Dans son rêve, il s'imagine ayant de nouvelles idées pour un roman. Celui-ci se passerait sur une station spatiale et mettrait en scène un homme noir, commandant de la base...

Dax, O'Brien et Bashir empruntent la navette Rubicon pour explorer une nébuleuse. Mais, au fur et à mesure qu'ils s'en approchent, la taille de la navette diminue. C'est alors que les Jem'Hadar en profitent pour attaquer le Défiant, qui se montre dès lors incapable de redonner une taille normale au vaisseau devenu modèle réduit. A toute chose malheur est bon : le mini-équipage parvient sans difficulté à pénétrer dans le Défiant pour essayer de sauver la mise...

Miles O'Brien reçoit l'ordre d'infiltrer le syndicat d'Orion afin de déterminer si celui-ci est en relation avec le Dominion. Pour cela, il doit gagner la confiance d'un des membres du syndicat, un certain Bilby. O'Brien commence sa mission mais ne sait pas encore qu'il met les pieds dans un véritable panier de crabes. Pour devenir l'ami de Bilby, il doit marcher sur des œufs...

Envoyé en territoire ennemi pour venir en aide à un déserteur cardassian, Worf est confronté à un cruel dilemme : sauver la vie de sa femme ou réussir la mission. Une donnée renforce son désarroi : des millions de vies peuvent être sauvées si le Cardassian accepte effectivement de collaborer. Worf hésite toujours et ne sait que faire...

Lorsque Kira apprend par Gul Dukat que sa mère a été sa maîtresse, elle décide de demander la permission de consulter l'Orbe temporelle afin de voyager dans le passé et de connaître la vérité. Elle espère ainsi tout connaître de celle qui lui a donné le jour. Pour l'instant, elle rejette les propos tenus par Dukat...

Dépêché sur Starfleet, un officier est chargé d'enquêter sur les fuites provenant de Deep Space Nine. Le docteur Bashir est bientôt soupçonné de trahison. Les premiers éléments recueillis semblent montrer que le médecin aurait eu des contacts suspects avec des personnages peu recommandables...

Le capitaine Benjamin Sisko et Elim Garak doivent à tout prix convaincre les Romuliens d'être leurs alliés dans la guerre contre le Dominion. Sans eux, les chances qu'ont la Fédération et les Klingons de gagner la bataille sont infimes. Les Romuliens ont toutefois signé un pacte de non-agression avec le Dominion. Garak prend alors contact avec d'anciens amis qui possèdent des preuves de l'implication du Dominion dans de funestes projets. Mystérieusement, ces témoins bienvenus sont assassinés les uns après les autres...

Epris de Kira, Odo met tout en oeuvre pour la séduire. Il utilise ainsi le programme holographique du docteur Bashir qui les transpose dans les années 60. Vic Fontaine, qui fait partie de la programmation, apporte aide et conseil à Odo. L'entraînement se déroule sous les yeux bienveillants de Dax et ceux, moqueurs, de Quark...

Le commandant Sisko a ramené une ancienne tablette, retrouvée dans des ruines de la planète Bajor, afin de l'étudier. Il a soudain la vision d'un prophète lui annonçant que la station va être le lieu d'un affrontement entre le Bien et le Mal, ce dernier étant réincarné dans les personnes de Kira et de son fils Jake...

Nog et Jake, de retour vers Ferenginar, sont attaqués par le Dominion. Un vaisseau de la Fédération, le Valiant, porte secours aux naufragés. A son bord se trouvent les meilleurs cadets de la Starfleet, appelés le Red Squad. En dépit de la présence de Nog et Jake, l'équipage souhaite poursuivre sa mission, attaquer et détruire le plus puissant des vaisseaux ennemis...

Ishka, la mère de Quark, persuade le Grand Nagus Zek d'abolir l'interdiction pour les femmes de la planète Ferenginar de faire du commerce. Peu favorables à voir les droits des femmes égaler ceux des hommes, les traditionalistes de la FCA prennent aussitôt le pouvoir. Zek et Ishka demandent alors à Quark de les aider à convaincre un représentant politique influent de Ferenginar que les femmes peuvent être de très bonnes commerçantes...

Miles O'Brien emmène sa famille pique-niquer sur une autre planète pour fêter leurs retrouvailles. Tout se déroule pour le mieux, jusqu'à ce que la petite Molly tombe dans une faille temporelle. La fillette se retrouve projetée 300 ans en arrière...

Le vaisseau du capitaine Lisa Cusak s'écrase sur une planète à forte émanation de gaz toxiques. Elle envoie un appel de détresse au Défiant. Les secours s'activent mais en attendant de la rejoindre, l'équipage se relaie pour parler avec elle à la radio, afin de la soutenir. Ses réserves en oxygène vont en effet bientôt s'épuiser...

La Fédération s'allie aux Klingons et aux Romuliens, dans le but d'éliminer le Dominion. Benjamin Sisko est choisi pour mener à bien la mission. En son absence, Dax prend les commandes de la station. Pendant ce temps, sur Cardassia, Gul Skrain Dukat obtient un «Pah-wraith» lui permettant de détruire le «Trou de Vers» et les Prophètes...