Sono trascorsi ormai tre mesi da quando la stazione spaziale Deep Space Nine è stata occupata dal Dominio e dai Cardassiani. La guerra non volge a favore della Federazione e, mentre la Defiant viene riparata dai danni subiti in battaglia, il Capitano Sisko e i suoi ufficiali si trovano ad affrontare una missione molto delicata. A bordo di un vascello Jem'Hadar devono riuscire a raggiungere un importante deposito di ketracel bianco nel Quadrante Gamma e distruggerlo.

Sisko, intrappolato su un pianeta assieme a un Vorta morente e ad alcuni Jem'Hadar, deve venire a patti con i Jem'Hadar disperati per lo scarseggiare del ketracel e con il Vorta che lotta per restare in vita a qualunque costo.

Worf deve affrontare il suo dovere di padre quando Alexander si offre volontario per servire a bordo della Rotarran. Nel frattempo Ziyal torna su Deep Space Nine per riunirsi con suo padre Dukat.

Mentre Sisko, promosso, è costretto ad inviare la Defiant in missione senza di lui, la lealtà di Odo è messa in discussione dall'arrivo di un Fondatore.

Mentre Dukat si prepara a detonare il campo minato che protegge il territorio federale, Sisko mette in atto un piano che sembra impossibile: riprendere il controllo di Deep Space Nine.

Con il campo minato che protegge la Federazione sul punto di cedere, Sisko guida un'apparente missione suicida per riprendere Deep Space Nine.

Il giorno del matrimonio tra Worf e Dax è finalmente arrivato, tuttavia ci sono alcuni aspetti del rituale klingon che non si confanno alla trill.

Quando uno sconosciuto si materializza a bordo di Deep Space Nine e prende Kira in ostaggio, la bajoriana scopre che questa persona assomiglia in maniera impressionante a Vedek Bareil. Lo sconosciuto si rivela essere Bareil stesso proveniente dall'Universo dello Specchio in fuga da un'Alleanza che sta tentando di catturarlo.

Ora che il passato di Bashir è stato rivelato, gli viene richiesto di lavorare con un gruppo di persone che, come lui, hanno subito interventi genetici. Bashir si trova quindi con alcune persone che, differentemente da lui, sono rimaste nell'istituto dove ha subito l'intervento, ognuna delle quali presenta una caratteristica predominante: Jack (aggressivo), Lauren (sensuale), Patrick (frivolo), e Sarina (timida). Si spera che Bashir possa aiutare queste persone ad inserirsi normalmente nella società.

Quark comanda una missione di Ferengi per salvare la madre catturata dal Dominio.

Sisko e Dukat si trovano intrappolati su un pianeta a causa del naufragio della Honshu, distrutta da un attacco dei Cardassiani mentre li trasportava alla base stellare 621.

Quark eredita una grossa somma e un mucchio di guai dalla presunta morte di Morn.

Sisko ha una visione di se stesso come scrittore di fantascienza che deve combattere contro l'America razzista nel 1953.

Nascosti in un runabout miniaturizzato, Dax, O'Brien e Bashir costituiscono l'ultima speranza per Sisko quando i Jem'Hadar attaccano la Defiant.

Un'operazione di infiltrazione nell'Orion Syndicate su Farius Prime si trasforma in una questione personale per O'Brien, infiltrato nell'organizzazione con il nome di Connelly.

Durante una missione per permettere la fuga di un importante disertore da una base del Dominio, Worf abbandona la missione e mette a repentaglio la sua stessa carriera per salvare la vita di Jadzia, intrappolata su un pianeta.

Nel giorno dell'anniversario della nascita della madre, Kira riceve un messaggio da Dukat che le rivela che sua madre è stata la sua compagna. Kira, attraverso l'Emissario, decide di utilizzare il Cristallo del Tempo per verificare le affermazioni di Dukat.

Secondo i risultati di un'investigazione interna, Bashir risulta essere una spia del Dominio e un agente della Sezione 31 della Flotta Stellare è disposto ad utilizzare qualsiasi metodo per dimostrare questa ipotesi.

Stufo di leggere lunghi elenchi di compagni dispersi o deceduti, Sisko, con l'aiuto di Garak, mette in atto un piano per convincere i Romulani a dichiarare guerra al Dominio, ma ben presto la cosa va al di là dei suoi propositi iniziali.

Per tentare di aprire una breccia nel cuore di Kira, Odo si affida a Vic Fontaine, il nuovo ologramma di Bashir.

Sisko viene convocato quale Emissario a B'Hala sul luogo del ritrovamento di un importante manufatto bajoriano molto antico sul quale ci sono dei geroglifici che iniziano con «Benvenuto emissario». Dopo un'improvvisa visione dei Profeti sul luogo del ritrovamento, Sisko decide di portare il manufatto su Deep Space Nine per poter approfondire la traduzione dei geroglifici, ma Kai Winn è decisa a riportare il manufatto su Bajor, ad ogni costo.

Jake e Nog vengono salvati da un gruppo di cadetti della Squadra Rossa impegnati in una missione segreta.

Il Grande Nagus Zek e Ishka arrivano su Deep Space Nine annunciando che il Grande Nagus ha emendato la legge ferengi per concedere pari opportunità alle donne. Tuttavia, questa decisione ha gettato la società nel caos, Zek è stato deposto e la sua carica è occupata in via temporanea dal liquidatore Brunt, che assumerà la carica di Grande Nagus in via definitiva entro pochi giorni.

O'Brien, riunitosi con la sua famiglia, decide di festeggiare con un picnic su Golana, ma, durante il picnic, Molly cade all'interno di un portale temporale che la scaglia 300 anni nel passato, quando quel pianeta era disabitato. Con l'aiuto del personale della stazione spaziale, si riesce a recuperare Molly, ma, a causa di un errore di calcolo, sulla piattaforma del teletrasporto si materializza una ragazza diciottenne.

Ignorando gli avvertimenti dei Profeti, Sisko guida un'invasione nel territorio del Dominio.