Před třemi měsíci se Siskova posádka evakuovala z DS9, který teď ovládli Cardassiané pod vedením gula Dukata. Válka je v plném proudu a major Kira se na stanici snaží vyjednat pro Bajorany rovná práva. Siskovi je odebráno vedení Defiantu, protože se na palubě ukořistěné lodi Jem'Hadarů má dostat na území Dominionu a zničit hlavní sklad ketracelu.

Siskova loď úspěšně splnila svůj úkol, ale uvízla na území Dominionu více než sedmnáct let od nejbližší základny Flotily. Právě prchají před jem'hadarskou hlídkou a Sisko se chce ukrýt v nedaleké mlhovině. Ztroskotají ale na planetě, na které už před časem havarovala jiná loď a na které teď žije její posádka - Jem'Hadarové, kterým pomalu ale jistě dochází ketracel.

Martok přijme na Rotarran nové rekruty, protože potřebuje doplnit posádku. Worf však ke svému velkému překvapení na lodi spatří i svého syna Alexandera, který by měl být na Zemi u svých prarodičů. Alexander však nemá v plánu svému otci cokoliv vysvětlovat - vlastně se k jeho rodu nechce vůbec znát.

Kira, Odo, Rom a Jake na stanici zakládají odbojovou skupinu. Kira je však nespokojená, když pozoruje, že se Odo stále více přiklání na stranu Dominionu, obzvláště pak Zakladatelky. Na zakládně 375 je mezitím Sisko převelen do štábu a Jadzia získává velení Defiantu. Jejím prvním úkolem je zničit špionážní senzorovou stanici Dominionu.

Ve válce vede strana dominionsko - cardassijské aliance a vše nasvědčuje tomu, že zvítězí. Kiřin odboj selhal a minové pole okolo červí díry se trhá. Je nejvyšší čas, aby Flotila podnikla rozhodující útok a pokusila se znovu obsadit DS9...

Bitva o DS9 začala. Federace a Klingonská říše se probíjí liniemi Dominionu a na stanici probíhají přípravy ke zničení minového pole. Sisko se s Defiantem skrz nepřátelské linie snaží dostat ke stanici, ale jedna malá loď má proti velké flotile pramálo šancí.

Válka stále zuří, ale Flotila vybojovala zpět DS9 a tak se může vesele oslavovat. Kapitán Sisko znovu zaujal své staré místo a chystají se hned dva obřady - oslavy osvobození a svatba Worfa a Dax. Jenže ti dva se nedokážou dohodnout, kdy, kde a jak se vlastně vezmou.

Na stanici se dostane nečekaný host - Vedek Bareil, bývalý milenec majora Kiry, který je už několik let po smrti. Tenhle Bareil ale pochází ze zrcadlového vesmíru, ve kterém je zlodějem a psancem. Je sice úplně jiný, než původní Bareil, ale majora Kiru okouzlí úplně stejně.

Doktor Bashir začal na žádost Flotily pracovat se skupinou mimořádně nadaných, ale také mimořádně zvláštních geneticky upravených lidí, kteří nejsou schopni normálního života. Bashir se pro ně snaží najít uplatnění a nový smysl existence, geniální mozky ale bývají nevyzpytatelné.

Quarkova matka Ishka byla na jedné své obchodní cestě unesena Dominionem a její milenec, nagus Zek, žádá Quarka, aby se jí vydal zachránit. Ve hře je pořádně kulatá sumička padesáti (dvaceti) prutů zlatem raženého latinia. Quark musí mezi Ferengy najít komando, které nejen že se postaví Jem'Hadarům, ale také zůstane naživu. Je však něco takového vůbec možné?

Sisko doprovází nervově zhrouceného Dukata na základnu 621, kde se má bývalý Gul zodpovídat z válečných zločinů. Jejich loď ale zničí Cardassiané a oba zarytí nepřátelé skončí v jeskyni na nehostinné planetě. Sisko se ocitne v péči pološíleného Cardassiana, kterému se nedalo důvěřovat ani v době, kdy byl zcela při smyslech. Holt to s ním bude muset přežit.

Morn nečekaně zemře a jeho skon všechny pořádně zasáhne, nejvíc ale Quarka. Ten zjistí, že mu jeho nejvěrnější štamgast odkázal veškerý svůj majetek - zásilku nahnilé livanijské řepy, bahnu na bahenní koupele, exmanželku a partičku velice netrpělivých věřitelů.

Je rok 1953 a černošský autor sci-fi Benny Russel si vysní fantastický příběh Bena Siska, velitele vzdálené vesmírné stanice. Povídka si získá u jeho kolegů senzační úspěch, Benny však nemůže počítat s jejím vydáním. Kapitán Sisko má totiž jednu zásadní chybu - je to černoch.

Defiant zkoumá zvláštní subprostorovou anomálii, která smršťuje vše, co do ní vstoupí. Když do ní vletí O'Brien, Bashir a Dax, aby zmenšovací efekt vyzkoušeli na sobě, jsou překvapeni Jem'Hadary. Ti jsou v přesile a proto, když se zmocní lodi, jedinou nadějí na vítězství je šest a půl centimetru dlouhý runabout.

O'Brien na žádost tajné služby Flotily pronikl do jedné z buňek Orionského syndikátu. Díky svým schopnostem a povaze si brzy záská přátelství samotného Liama Bilbyho, šéfa místní buňky, kterí se za něj zaručí a naverbuje ho. Miles zjišťuje, že gangster Bilby je vlastně velmi příjemný a zásadový muž a proto ho začíná velmi mrzet, že ho bude muset zradit.

Cardassijskému dvojitému agentovi Lasaranovi hrozí prozrazení, žádá proto okamžitou evakuaci a výměnou nabízí informace o Podvržencích rozmístěných v Alfa kvadrantu. Worf a Jadzia musí projít džunglí na planetě Soukara, vyzvednout ho a pak džungli projít ještě jednou. A při tom všem se musí mít na pozoru, aby je nespatřili Jem'Hadarové - obzvlášť, když řeší vlastní neshody.

Kira Nerys si připomíná nedožité šedesáté narozeniny své matky, když jí zavolá Gul Dukat. Tvrdí jí, že za časů okupace měl s její matkou vztah. Kira využije Orb času, aby si ověřila pravdu přímo na místě. A naskytne se jí lákavá možnost změnit historii.

Na DS9 přichází důstojník Sloan z oddělení vnitřních záležitostí. Má zdá pátrat po dominionských kolaborantech. Tvrdí, že někdo z důstojníků je zrádce a podává informace nepříteli. Pátrání se rozbíhá a všechny důkazy začnou pomalu ukazovat na doktora Bashira.

Válka s Dominionem si každý den žádá další a další oběti. Síly jsou vyrovnané a kapitán Sisko si uvědomuje, že je jen jediný způsob, jak zajistit Federaci vítězství - zapojit do války Romulanské impérium... Jak daleko bude muset zajít, aby se jeho plán naplnil?

Odo se trápí svým vztahem k majoru Kiře - miluje jí, ale nedokáže se vyjádřit a tak jen tiše stojí stranou. Pomůže mu až Vic Fontaine - barový zpěvák, ale také skvělý psycholog, učitel etikety a neobyčejně schopný dohazovač. Na tom by nebylo nic divného, ale Vic Fontaine je jenom hologram ze série programů doktora Bashira.

V ruinách B'Haly je nalezena třicet tisíc let stará kamenná deska na které se nachází série nápisů ve staré bajorštině. Deska je adresovaná samotnému Vyslanci. Ze značně hrubého překladu vyjde najevo, že se chystá Zúčtování - událost spojená s Proroky, která rozhodne o osudu Bajoru na dalších tisíc let.

Nog a Jake cestují na Ferenginar ale připletou se do cesty Jem'Hadarů. Před jistou smrtí je zachrání Valiant, sesterská loď Defiantu. Ukáže se však, že si jen tak neodpočinou - důstojníci z lodi jsou mrtví a řízení se ujali bojově naladění kadeti.

Nagus Zek podporoval práva žen na oblečení a tak není divu, že byl ze své funkce sesazen. Teď se ale snaží získat členy Obchodní komory na svou stranu a s pomocí Ishky jim dokázat, že tato myšlenka skýtá pro Ferenginar spoustu výhod. Ishka však Quarkovou vinou dostane infarkt a tak jí ten nebohý barman bude muset nahradit a vydávat se za ženu.

DS9 zachytí nouzový signál od kapitána Lisy Cusackové ze zničené lodi USS Olympia. Defiant se okamžitě vydává na záchrannou výpravu a když se cestou podaří O'Brienovi navázat se ženou obousměrné spojení, začíná závod s časem... a o život.

Na stanici se slaví každoroční bajorský Festival vděčnosti. A společně s oslavami se chystá i ofenziva proti Dominionu. Obsazení cardassijské soustavy Chin'Toka má být jen pouhým začátkem. Sisko přijímá velení útočné flotily - a to i přesto, že ho Prorokové varují, aby neopouštěl Bajor.