Tras meses de batallas con el Dominio, la Federación ve como tiene la guerra perdida, lo que desmoraliza a todos los tripulantes de las naves, incluidos los de la estación espacial Espacio profundo 9, que llevan tiempo luchando a bordo del USS Defiant tras haber dejado atrás la estación. El almirante Ross informa a la Defiant de su nueva misión: destruir el mayor depósito de Ketracel blanco del Cuadrante Alfa.

Viajando a bordo de la nave Jem’Hadar capturada tiempo atrás por Benjamin Sisko, la tripulación de EP9 entra en una nebulosa sin cartografiar, en la que sufren un accidente estrellándose en un planeta. Jadzia Dax resulta gravemente herida, y su vida corre un serio riesgo pese a que el doctor Bashir logra estabilizarla.

El general klingon Martok llega con su nave para obtener refuerzos y las reparaciones necesarias para continuar su lucha contra el Dominio. Worf descubre como entre la tripulación del general está su hijo Alexander, que él envió a la Tierra para que sus padres adoptivos le criaran después de que le dijera que no quería ser un guerrero.

El almirante Ross, a bordo de la Estación Espacial 375, informa al capitán Sisko del principal motivo del aplastante avance del Dominio en el Cuadrante Gamma: poseen un radar capaz de analizar todo lo que sucede a lo largo y ancho de cinco sectores. Sisko planea inmediatamente una forma de destruir esta estratégica instalación del enemigo.

Ante la necesidad de una importante victoria que recupere la moral de las tropas de la Federación en la larga guerra contra la alianza Cardasia-Dominio, el capitán Sisko planea realizar un ataque a gran escala para recuperar el control de la estación Espacio profundo 9 y, con ella, el paso a través del agujero de gusano.

Liderando desde el USS Defiant la flota de la Federación que se dirige al asalto de EP9, el capitán Sisko ordena que se abra fuego tan solo sobre naves cardasiana, para intentar abrir una vía de paso entre las tropas estacionadas en su camino. Mientras, Damar tiene conocimiento de que colaboradores de Sisko planean sabotear la estación desde dentro para facilitar la llegada de las tropas de la Federación.

Tras haber recuperado el control de la importante estación Espacio profundo 9, y pese a que la guerra contra los cardasianos y el Dominio continúa, Worf y Dax recuperan sus forzosamente abandonados planes de boda.

El doble de Vedek Bareil procedente del universo alternativo llega a Espacio profundo 9 tomando a la mayor Kira Nerys como rehén y asegurando que trata de huir de su universo. Sisko decide permitir a Bareil que permanezca en la estación, pese a la influencia que genera en Kira.

Después de que hubiera sido hecho público que el doctor Bashir fuera modificado mediante ingeniería genética, se le solicita que participe en un proyecto junto con otras personas en su misma situación, pero con personalidades completamente contrapuestas entre ellos. Pese a los problemas de comunicación y convivencia entre ellos, sus investigaciones avanzaran a un ritmo asombroso.

El Gran Nagus Zek comunica a Quark la terrible noticia de que su madre Ishka ha sido capturada por el Dominio, y que está preparando una misión de rescate, ofreciendo a Quark una importante recompensa si logra recuperar a su madre. El ferengi logra formar una tripulación junto con su hermano Rom, su sobrino Nog, Leck, Gaila y Brunt.

La tripulación entera de Espacio profundo 9 se entristece de conocer la muerte de Morn, por causa de una tormenta iónica. Durante una fiesta en su memoria organizada por Quark para aprovechar la ocasión y ganar algún dinero, Sisko le comunica al ferengi que es el único beneficiario de la herencia de Morn.

Al conocer la destrucción de una nave en la que tenía muchos amigos, Sisko considera la posibilidad de abandonar la Flota Estelar. En ese momento, inexplicablemente, sufre visiones que lo sitúan en la Tierra del año 1953, en el papel de Benny Russell, escritor de una revista de ciencia ficción. En la misma redacción descubre a O'Brien, Kira, Bashir, Dax, Quark y Odo, todos con apariencia de humanos.

Durante la investigación de un extraño fenómeno subespacial, Dax, O'Brien y Bashir, a bordo de la lanzadera USS Rubicon ven como su tamaño es reducido a apenas 10 centímetros. Continúan la investigación seguros de que al salir de la zona de influencia por el mismo camino recuperaran su tamaño normal, pero el USS Defiant es atacado por una nave Jem’Hadar, lo que les obliga a salir por otro lugar, sin recuperar su tamaño normal.

La sección de espionaje e inteligencia de la Flota Estelar asigna a Miles O'Brien una misión secreta, por la cual debe infiltrarse en el peligroso Sindicato de Orión, para poder reunirse con un confidente que la Flota tiene infiltrado en la organización criminal.

Dax y Worf parten de EP9 con la misión de reunirse con un doble agente infiltrado en Cardasia, llamado Lasaran, que debe darles una importante información. Una vez localizado, el agente les pide ayuda para desertar y abandonar el territorio cardasiano.

Pese a estar segura de que la información que Gul Dukat le ha hecho llegar, referente a que su madre no está muerta como ella creía y que en realidad les abandono para ser su amante, es falsa, la mayor Kira pide autorización para utilizar el Orbe del Tiempo bajorano y ver en el pasado lo que sucedió realmente.

El agente Sloan, de asuntos internos de la Flota, llega a Espacio profundo 9 con las sospechas de que podría haber una brecha de seguridad en la estación. Para encontrar al espía que estaría filtrando información confidencial al enemigo recluye a los oficiales en sus habitaciones e inicia una ronda de interrogatorios.

Mientras revisaba la interminable lista de bajas sufridas en las últimas batallas contra la alianza Cardasia-Dominio, Sisko comprende que solo hay una posibilidad de ganar la guerra: deben convencer a los hasta entonces neutrales romulanos para que se unan al frente creado por la Federación y el Imperio Klingon. Para ello utilizará los recursos de Garak para que los romulanos crean que son un objetivo del Dominio.

El doctor Bashir muestra orgullosamente a sus amigos su última creación, un programa de la holocubierta que simula una sala de fiestas de Las Vegas de los años 1960, con un cantante llamado Vic Fontaine que, pese a ser un simple holograma pronto mostrará un especial sentido para comprender las emociones humanas.

Sisko es urgentemente llamado desde Bajor cuando descubren una tableta destinado al Emisario. Al observarla el capitán, entra en una visión en la que los profetas se comunican con él. Sisko decide llevarse la tabla a EP9 para analizarla en profundidad, pero recibe las reticencias de Kai Winn, que pretende que la retorne a Bajor.

De camino a Ferenginar, Nog y Jake Sisko ven como una nave Jem’Hadar abre fuego sobre su lanzadera. Cuando lo daban todo por perdido son teletransportados a bordo del USS Valiant, una nave de clase Defiant, en la que descubren que está tripulada por un grupo de adolescentes, que se identifican como el Escuadrón Rojo, el grupo de élite de la academia de la Flota Estelar.

El Gran Nagus Zeq y la madre de Quark, Ishka, llegan a Espacio profundo 9, donde comunican que el líder ha decidido, en virtud de su amor por Ishka, establecer una nueva ley por la quelas mujeres ferengis tienen las mismas oportunidades de hacer negocios que los hombres. Sin embargo, esta proposición sumió a todo Ferenginar en el caos, siendo Zeq desposeído de su cargo que actualmente ostenta Brunt.

Miles O'Brien y su esposa Keiko están disfrutando de un día de picnic en un planeta cercano junto con sus dos hijos. Inesperadamente Molly, de 8 años, desaparece en lo que parece ser un vórtice temporal. Al llegar la ayuda de Espacio profundo 9 determinan que Molly ha sido transportada 300 años en el pasado, y reactivan el vórtice, pero un error de cálculo hace que la niña que se perdió escasas horas antes regrese con 18 años de edad.

Navegando a bordo del USS Defiant, Sisko capta una señal de socorro procedente de la capitana Lisa Cusak, que logró sobrevivir a la destrucción de su nave a bordo de una cápsula de escape, e inmediatamente pone rumbo hacia el origen de la señal, a seis días de viaje. Pese a que inicialmente no logran comunicarse con ella, O'Brien logra hacerle saber que están en camino para rescatarla.

Tras interminables meses de guerra la Flota Estelar decide emprender una ofensiva en lugar de seguir manteniéndose solo a la defensiva, y determina que el primer ataque dirigido por Sisko se efectuará en el sistema cardasiano Chin’toka, los informes del cual indican que las defensas de que disponen allí son escasas.