Deep Space Nine befindet sich in der Hand des Dominion. Captain Sisko erhält unterdessen von Admiral Ross einen Geheimauftrag. Er soll einen Asteroiden zerstören, auf dem das für die Jem’Hadar lebenswichtige Tetracel-White gelagert wird.

Sisko und seine Crew stürzen mit dem beschlagnahmten Jem’Hadar-Schiff auf einem fremden Planeten ab. Sie geraten in die Hände des Vorta Keenan und einer Gruppe Jem’Hadar. Dr. Bashir soll den Vorta operieren.

General Martok nimmt Verstärkung für seine Truppen an Bord. Unter den Kriegern entdeckt Worf seinen Sohn Alexander. Zwischen den beiden kommt es bald zum Streit. Worf verlangt von Martok, dass Alexander versetzt wird.

Admiral Ross erteilt Captain Sisko den Auftrag, eine Sensor-Phalanx des Dominion zu zerstören. Sisko entwickelt einen waghalsigen Plan. Kurz vor dem Abflug ernennt der Admiral Sisko zu seinem Adjutanten. Dax erhält den Befehl über die Defiant.

Captain Sisko will Deep Space Nine zurückerobern. Nach langem Zögern stimmt das Sternenflottenkommando zu. Für Sisko ist höchste Eile geboten: Das Dominion hat einen Weg gefunden, das Minenfeld der Föderation zu zerstören.

Sisko ist mit der Föderationsflotte auf dem Weg nach Deep Space Nine. Kira und Quark planen unterdessen die Sabotage des Hauptcomputers, damit Dukat das Minenfeld nicht sprengen kann.

Worfs Hochzeit steht bevor. Martoks Frau Sirella prüft Dax in verschiedenen Ritualen, ob sie es wert ist, in die Familie aufgenommen zu werden. Dax kämpft sich tapfer durch, bis es zu einem Streit zwischen den beiden kommt. Sirella sagt die Hochzeit ab.

Ein Fremder, der dem verstorbenen Bareil bis aufs Haar gleicht, beamt auf die Station und nimmt Kira als Geisel. Es handelt sich um Bareil aus dem Spiegel-Universum. Er ist auf der Flucht vor der Allianz. Kira will ihm helfen.

Dr. Bashir erhält den Auftrag, mit vier Menschen zusammenzuarbeiten, die wie er selbst genetisch verändert wurden. Die vier haben ihr bisheriges Leben in einer Klinik verbracht. Bashir soll sie auf ein normales Leben vorbereiten.

Das Dominion hat Quarks Mutter entführt. Quark stellt ein Rettungsteam zusammen. Captain Sisko willigt ein, den gefangenen Vorta Keevan gegen Quarks Mutter auszutauschen. Bevor es dazu kommt, passiert ein Unglück: Keevan stirbt bei einem Handgemenge.

Morn, Quarks bester Kunde, verunglückt tödlich mit einem Shuttle. In seinem Testament vermacht er Quark 1000 Barren goldgepresstes Latinum aus einem Raubüberfall. Auch Morns ehemalige Komplizen sind hinter dem Latinum her. Quark gerät in Lebensgefahr.

Captain Sisko zweifelt an seinem Auftrag auf DS9. Er spielt mit dem Gedanken, den Dienst zu quittieren. Plötzlich hat Sisko eine Vision: Er befindet sich im New York der 50er-Jahre und schreibt eine Science-Fiction-Geschichte über eine Raumstation.

Die Defiant untersucht ein seltenes Subraum-Phänomen. Mit einem Shuttle fliegen O’Brien, Bashir und Dax in einen Wirbel der Anomalie. Das Shuttle mitsamt der Crew beginnt zu schrumpfen. Unterdessen überfallen Jem’Hadar die Defiant. Sisko muss sich ergeben.

O’Brien ist als verdeckter Ermittler auf Farius. Er muss herausfinden, welches Mitglied der Sternenflotte mit dem Orion-Syndikat zusammenarbeitet. Von dem Syndikatsmitglied Bilby erfährt er, dass das Dominion mit dem Syndikat gemeinsame Sache macht.

Worf und Dax haben den Auftrag, in der Nähe der Badlands die Übertragung eines Agenten abzufangen. Er bittet sie, ihn vom Planeten Soukara zu retten, da er in großer Gefahr sei. Worf und Dax machen sich auf den Weg.

Gul Dukat eröffnet Kira, dass er und ihre Mutter ein Paar gewesen sind. Kira kann das kaum glauben. Mit dem bajoranischen Drehkörper reist sie in die Vergangenheit, um Dukats Behauptung zu überprüfen.

Sloan, ein Offizier für innere Angelegenheiten der Sternenflotte, kommt nach Deep Space Nine. Er vermutet einen Spion unter den Führungsoffizieren. Schon nach kurzer Zeit verdächtigt er Dr. Bashir. Da greift das Dominion ein und entführt Bashir.

Captain Sisko versucht die Romulaner als Verbündete gegen das Dominion zu gewinnen. Doch Romolus schließt mit dem Dominion einen Nichtangriffspakt. Zusammen mit Garak heckt Sisko einen Plan aus, um Romolus doch noch auf die Seite der Föderation zu ziehen.

Bashir hat ein Hologramm entwickelt: eine Las-Vegas-Bar mit dem Sänger Vic Fontaine. Der weiß erstaunlich gut über die Herzensangelegenheiten der Crew Bescheid. Das Hologramm versucht Kira und Odo zu verkuppeln.

Captain Sisko erfährt durch die Propheten, dass die Zeit der Abrechnung gekommen ist. Der Kampf zwischen dem Guten und dem Bösen soll auf Deep Space Nine stattfinden. Sisko ordnet die Evakuierung an, doch Kai Winn widersetzt sich der Botschaft der Propheten.

Nog wird beauftragt, dem Großen Nagus eine Botschaft zu überbringen. Sein Freund Jake soll ihn begleiten. Während des Fluges werden sie angegriffen. Die U.S.S. Valiant, die seit acht Monaten vermisst wird, kommt ihnen zu Hilfe.

Der große Nagus Zek und Moogie treffen auf Deep Space Nine ein. Zek wurde auf Ferenginar abgesetzt und musste fliehen. Nun versucht Zek, alle FCA-Kommissare zu einem Treffen zu überreden. Mit Hilfe von Quark will er Kommissar Nilva auf seine Seite ziehen.

Molly, die kleine Tochter von Chief O’Brien, verläuft sich bei einem Ausflug in einer Höhle. Sie stürzt durch ein Zeitportal. Als sie versuchen, das Kind zurückzuholen, erscheint Molly als 18-Jährige wieder.

Die Defiant empfängt ein Notsignal. Eine Frau ist mit ihrem Schiff auf einem Planeten abgestürzt. Sisko leitet eine Rettungsaktion ein. Als sie auf dem Planeten ankommen, stellt Sisko fest, dass die Frau bereits seit drei Jahren tot ist.

Die Sternenflotte ist überzeugt, dass ein Verteidigungskrieg gegen das Dominion keinen Sinn hat. Sisko bekommt deshalb den Auftrag, mit den Klingonen und Romulanern anzugreifen. Die Propheten fordern Sisko jedoch auf, die Station nicht zu verlassen.