Nastavak zadnje epizode 4. sezone. Nakon što su u prošloj epizodi otkrili da je Klingonac Gowron zapravo metamorf, Sisko, O'Brien i Odo maskiraju se u Klingonce i prate Worfa u tvrđavu duboko u srcu Klingona. Pomaže im gul Dukat čija ptica grabljivica pomaže u tome da zametu trag. U klingonskoj utvrdi traže prijam kod Gowrona u nadi da će uspjeti uključiti pokusnu napravu koja će ga razotkriti kao metamorfa.

Ekipa s DS9 proučava planet u kvadrantu Gama kako bi pronašla potrebnu rudaču. Tada vide kako nedaleko od njih pada brod. Požure u pomoć nastradalima. To je ratni brod Jem'Hadara i nitko od posade nije preživio. Nesreću je očito prouzročio kvar upravljačkog sustava na brodu. Dok oni istražuju, stiže drugi brod Jem'Hadara i uništi njihov patrolni brod. Posada DS9-a nalazi se na uništenu brodu Jem'Hadara, opkoljena smrtnim neprijateljem...

Na postaju iznenada stiže Quarkova bivša žena Klingonka Grilka i uz pomoć Worfa i Dax Quark joj se počne udvarati. Ipak, očito je da je Worf protiv toga i sam se počinje udvarati Grilki na veliku Daxinu žalost. I Miles O'Brien sve se neugodnije osjeća u Kirinoj nazočnosti jer shvaća da je voli sve više te je počinje izbjegavati. No sve je uzalud... Redatelj epizode je Andrew J. Robinson, glumac koji inače portretira Kardasijanca Garaka.

Jake Sisko treba napisati članak o dr. Bashiru, ali kad ga intervjuira, zbunjen je poplavom nerazumljivog medicinskog žargona kojim ga Bashir obasipa. Kad prime poziv u pomoć medicinske ekipe na planetu koji napadaju Klingonci, Jake uspije uvjeriti Juliana da mu pomogne. Odjednom se Jake nađe usred najžešćeg rata. Iako pokušava pomoći, shvaća da to nadilazi njegove snage, osobito slučaj vojnika koji je ustrijelio sama sebe kako bi ga maknuli s prve crta bojišnice...

Keiko O'Brien vraća se s botaničkog puta na Bajoru i kad ostane nasamo s Milesom, povjerava mu da su je obuzele demonske sile te traži od Milesa da promijeni sustave na postaji u tajne svrhe. Ispočetka se Miles smije, ali kad mu demonstrira snagu, pristane na suradnju. Ubrzo Odo i Dax otkrivaju promjene i istraga počinje...

Sisko putuje u prošlost, u bitni trenutak povijesti prvog Enterprisea, kako bi spriječio Klingonca da otruje pošiljku žita koju brod prevozi...

Warf, Dax, Leeta, Rom i Bashir odlaze u posjet na planet Risu. Sve pođe po zlu kad banda pobunjenika napadne regulator vremena te pokuša preplašiti posjetioce i pokazati im da Federacija nije spremna za napad Dominija...

Sisko, Odo, Dax i Garak odlaze u prošlost, u vrijeme kad je DS9 još bio poznat kao Terok Nor. Oni si međusobno izgledaju normalno, ali drugima se pojavljuju u obličju bajorskih robova. Bit će optuženi za podmetanje bombe i osušeni na smrt...

Odo prati Quarka na saslušanje, put od osam dana. Na pola puta Quark čuje zujanje i nakon istrage Odo otkriva bombu na brodu. Iako prežive eksploziju, brod je teško oštećen i prisilno se spuštaju na pust planet. Sve mogućnosti komunikacije uništene su eksplozijom. Mogu skapati ili se smrznuti na planetu ili odvući glomazni aparat na vrh planine gdje je zrak rjeđi toliko da pošalju poziv u pomoć. Ali nisu računali na to da će uspon trajati danima...

Sisko otkriva položaj legendarnog bajorskog grada B'hale. Ali kad ode onamo, ima vizije praćene jakim glavoboljama u kojima vidi opasnost za Federaciju ako Bajor uđe u savez. Hoće li ga uglednici Federacije i Bajora poslušati?

Jedan po jedan član Shakaarove ćelije su ubijeni i svaki put Kira dobiva poruku po kojoj zna da će i ona doći na red. Odo i Sisko istražuju kako bi spasili nju i nerođeno dijete O'Brienovih. No bez obzira na pomoć na kraju će se morati sama obračunati s ubojicom.

Kira je napokon dobila trudove. No, Odo nije zainteresiran jer se brine za vlastito dijete, malog metamorfa kojega je Quark našao u svemiru i prodao Odu. Dr. Mora, kojemu Odo još nije oprostio metode primijenjene na njemu, stiže na DS9 da mu pomogne. Odo u početku odbija njegove metode, no kasnije ih prihvaća jer jedino s njima postiže rezultate...

Sisko već osam mjeseci neuspješno lovi Eddingtona, svog časnika osiguranja koji je prešao na stranu Maquija. Tada sazna da je Federacija odredila drugog časnika da uhvati Eddingtona, i njegova je opsesija jača nego ikada. No Eddington i Sisko morat će zamijeniti uloge prije nego što se Eddington napokon preda.

Nakon kodirane kardasijske poruke iz kvadranta Gamma, Garak i Worf odlaze u pomoć, ali uhvaćeni su i nalaze se u em'Hadara u i pravi Julian Bashir.

Omjer snaga se mijenja, jer se Kardasija, na čelu s gulom Dukatom, priključila Dominiju i priprema se preuzeti kvadrant Alfa. Gul Dukat šalje poruku Sisku da preda DS9. Sisko mora uvjeriti Klingonce da se pridruže Federaciji u borbi protiv Dominija. Iako Federacija pobjeđuje u toj prvoj bitki, gul Dukat šalje poruku da je rat za kvadrant Alfa tek počeo.

Dr. Louis Zimmerman dolazi u posjet DS9-u, jer želi napraviti novu seriju holografskih doktora identičnih dr. Bashiru. Bashiru se ideja svidjela, ali kako Zimmerman sve dublje ulazi u njegovu prošlost, Bashir postaje sve tajanstveniji, a ta šutnja prelazi u paniku kad na postaju stignu njegovi roditelji. Kakvu to mračnu tajnu krije Bashir?

U Quarkovu baru Odo upoznaje tajanstvenu neznanku Arissu i zaljubi se u nju. No, ona ima mnogo lica i mnogo tajnih ciljeva i Odo, otkrivajući ih, upada iz nevolje u nevolju. Na kraju sazna da su joj izbrisali sjećanje koje ona pokušava vratiti. Uspijeva uz Odovu pomoć, ali sa spoznajom svog identiteta Arissa mora ostaviti Oda i slomiti mu srce.

Na DS9 stiže Quarkov ozloglašeni rođak Galen i poziva ga da mu se pridruži u trgovini oružja i tako zaradi golemo bogatstvo. Quark je spreman na sve samo da zaradi i ne smeta mu što ga gosti ostavljaju zgađeni poslovima koje vodi. No kad dođe klijent koji treba oružje za genocid cijeloga planeta, pokazuje se da čak i Quarkova pohlepa ima granica. Ali sad je on u nevolji, jer povuče li se iz posla, klijent će ga pokušati ubiti.

Kardasijski legat koji je jednom iskreno vjerovao da je Kira njegova izgubljena kći izgnan je s nove Kardasije i dolazi na DS9. Smrtno je bolestan i nudi Kiri da mu bude nasljednica u materijalnim bogatstvima, ali i duhovnim. Kira, iz sažaljenja prema bolesnom starcu, ali i svjesna koristi koje će imati Bajor i Federacija ako starac na nju prenese sve svoje strateško znanje s Kardasiji, pristaje. Stiže i gul Dukat i pokušava starca vratiti na Kardasiju, a kad ne uspije, okreće se Kiri...

Nakon niza nesreća Quark padne u depresiju i prihvaća bratov savjet da ode na Ferengiar. Ondje otkriva da mu je majka zaljubljena u velikog Nagusa. Uskoro mu dolazi protivnik Brunt i nudi mu ponovno uspostavljanje radne dozvole ako zagorči ljubav majci i Nagusu. Quark brzopleto pristaje, ali ubrzo shvaća da je samo pijun u Bruntovim velikim planovima...

Worf i Dax prelaze kao časnici na grabljivicu generala Martoka. Worf počinje sumnjati u Martokove sposobnosti i riskira život u borbi s njim, što Martoku pomaže da izgubi strah od Dominija i Jem'Hadara.

Defiant se našao na planetu u kvadrantu Gama. Posada otkriva da je, zahvaljujući neobičnoj nesreći prilikom putovanja kroz vrijeme, već bila nasukana na tom planetu 200 godina ranije i osnovala naselje koje se razvilo u grad s 8000 stanovnika - njihovih potomaka.

Stardate: Unknown. Driven to desperation by the Dominion, the Maquis launch a massive bio-weapons strike towards Cardassia. Sisko must trust the traitor Eddington to try to stop them.

O'Brien, Nog i ekipa inženjera putuju na Empok Nor, napuštenu kardasijsku postaju identičnu DS9-u, kako bi našli dijelove potrebne za popravak svoje postaje, a koje O'Brien nije uspio replicirati. Pridružuje im se Garak kao zaštita protiv kardasijskih zamki. Nitko ne računa na kardasijske čuvare u krio-snu.

Stardate: 50929.4. Jake and Nog go through hell and high water, from participating in an auction to dealing with the Dominion, to receiving a Willie Mays baseball card to cheer up the war-fatigued Captain Sisko.

Da bi spriječila ulazak dominijskih brodova u kvadrant Alfa, Federacija odluči minirati ulaz u crvotočinu. Mine je dizajnirao Rom, one se same repliciraju pa je minska polja teško očistiti. Za osvetu Dominij se sprema napasti DS9. Sisko požuruje Bajor da s Dominijem potpiše pakt o nenapadanju koji bi zaštitio planet. DS9 odolijeva napadu dovoljno dugo da Federaciji i Klingonu omogući napad i prvu pobjedu u ratu protiv Dominija. Nakon toga DS9 je evakuiran. Rom se ženi Leetom, a Jake počinje raditi kao novinar i ostaje na DS9-u kao ratni dopisnik. Dax prihvaća Worfovu prošnju.