Con l'intento di bloccare il continuo arrivo di navi del Dominio, Sisko mina l'ingresso del wormhole, provocando l'attacco immediato a Deep Space Nine da parte delle forze cardassiane e del Dominio al termine del quale Dukat riesce a riprendere possesso della stazione.

Jake e Nog rischiano di provocare un serissimo incidente diplomatico quando cercano di risollevare lo spirito di Sisko tentando di acquistare ad un'asta una vecchia figurina di Willie Mays, un giocatore di baseball.

O'Brien, Garak e Nog vengono inviati su Empok Nor, la gemella di Deep Space Nine, per recuperare alcune apparecchiature necessarie alla base federale, ma i tre e una squadra di salvataggio rimangono imprigionati nella stazione spaziale cardassiana ritenuta abbandonata.

Sisko viene a sapere che alcuni terroristi maquis che non sono stati sconfitti dal Dominio si sono riorganizzati e hanno lanciato una serie di missili dotati di dispositivo di occultamento contro Cardassia che arriveranno entro pochi giorni. Dal momento che Cardassia si trova ora sotto il controllo del Dominio, un attacco simile potrebbe portare ad una guerra totale e alla fine della Federazione. L'unica speranza di Sisko è Michael Eddington, l'ex ufficiale della Flotta che ha abbracciato la causa maquis e che si trova imprigionato.

Nel quadrante Gamma, Dax insiste nel voler esplorare un pianeta circondato da una barriera di energia. Una volta superata la barriera, la squadra di sbarco scopre una colonia sul pianeta, la cui leader, Miranda O'Brien, rivela che due giorni dopo la squadra di sbarco, tentando di lasciare il pianeta, farà naufragio su di esso e verrà sbalzata 200 anni nel passato. Il pianeta, Gaia, si rivela essere popolato dai discendenti di quel naufragio e Sisko spera che la consapevolezza del naufragio permetta di cambiare il corso della storia, ma così facendo la colonia cesserà di esistere.

Worf viene assegnato temporaneamente come primo ufficiale sul Rotarran, il Bird of Prey al comando del Generale Martok, in una missione il cui scopo è prestare soccorso al B'Moth, disperso nella zona di confine con il territorio cardassiano sotto il controllo del Dominio. Il morale a bordo è molto basso, in quanto l'equipaggio non registra vittorie da mesi e si sente disonorato; la tendenza di Martok a non attaccare il nemico rende il clima ancora più teso.

Il Grande Nagus Zek e la madre di Quark sono innamorati, ma Brunt è pronto a restituire a Quark la licenza ferengi per il commercio se questi dovesse riuscire a far separare la coppia.

La morte imminente di Tekeny Ghemor, il padre cardassiano di Kira, le fa ricordare la morte del suo vero padre.

Intravedendo la possibilità di saldare finalmente i propri debiti, Quark accetta di lavorare alle dipendenze di un venditore di armi.

Odo si innamora di una misteriosa donna che si rivela essere la vittima designata di un omicidio da parte del Sindacato di Orione.

Quando Julian Bashir viene scelto come modello di una nuova versione di medico olografico, il processo di creazione della nuova personalità olografica potrebbe rivelare un segreto del suo passato che metterebbe in discussione la sua carriera di medico della Flotta Stellare.

Sotto il comando di Dukat, Cardassia si unisce al Dominio per minacciare il quadrante Alfa. Di fronte a questa decisione, i Klingon decidono di ripristinare gli Accordi di Khitomer e la loro alleanza con la Federazione, mentre per la prima volta anche i Romulani sembrano intenzionati a collaborare con le due potenze per la difesa del quadrante. Ma Dukat e il Dominio hanno un piano per indebolire in un colpo solo le tre flotte.

Mentre Worf e Garak sono intrappolati nel quadrante Gamma, Sisko viene a conoscenza della notizia di un'imminente invasione del Dominio.

Sisko rischia il tutto per tutto per catturare Michael Eddington, un ex membro dell'equipaggio federale di Deep Space Nine che si è unito ai Maquis.

Proprio nel momento in cui Kira dà alla luce il figlio di O'Brien e Keiko, Odo si trova a dover badare ad un piccolo mutaforma.

Un misterioso assassino prende di mira i membri della vecchia cellula di resistenza comandata da Kira.

Sisko è ossessionato da una visione che potrebbe contenere la chiave per il futuro di Bajor.

Intrappolati in un pianeta sconosciuto, Odo e Quark devono trovare il modo di sopravvivere.

Sisko, Odo, e Garak vengono misteriosamente calati nei ruoli di un gruppo di Bajoriani condannati a morte sette anni prima.

In vacanza su Risa, Worf viene influenzato da un gruppo di tradizionalisti il cui scopo è distruggere il sistema di vita paradisiaca del pianeta.

Intrappolato nel passato, Sisko deve salvare il Capitano Kirk da un Klingon che tenta di ucciderlo.

Una forza aliena ostile prende il controllo di Keiko e obbliga O'Brien a eseguire i suoi ordini.

Jake è intrappolato nell'ospedale sotterraneo di Ajilon Prime sotto un attacco Klingon.

Worf aiuta Quark nel rapporto con una donna klingon, malgrado il fatto che lui stesso ne sia innamorato.

Investigando sulla possibilità di estrarre della cormalina su Torga IV, Sisko si imbatte in una nave del Dominio naufragata sul pianeta e inizia un'operazione di recupero della nave, sperando di ottenere preziose informazioni sulla tecnologia utilizzata. Ma un gruppo di Jem'Hadar è deciso a impedire ad ogni costo che Sisko si impadronisca della nave.

Sisko e Dax tornano su Deep Space Nine dopo un meeting al Comando della Flotta sulla Terra che ha avuto come tema l'incremento dell'ostilità dell'Impero Klingon. Il Comando ha deciso di inviare Sisko, O'Brien, Odo e Worf in una missione all'interno dell'Impero Klingon per verificare i sospetti che il cancelliere Gowron sia un mutaforma che sta operando nell'interesse del Dominio.