Командование Звездного флота посылает команду во главе с капитаном Сиско в Клингонскую империю. Возникли сильные подозрения, что канцлер Гаурон, лидер клингонов, находится в сговоре с Доминионом. Это может сильно осложнить положение дел в Альфа-квадранте.

50049.3 При изучении одного из миров Гамма-квадранта обнаруживается полуразрушенный военный корабль Джем’Хадар. Сиско хочет переправить звездолет на «Глубокий космос 9». Появившиеся Джем’Хадар хотят вернуть его себе. Конфликт интересов.

На станцию прибывает Грилка. Кварк рассчитывает на тёплые отношения с ней, однако есть преграда в виде телохранителя клингонки. Тогда Кварку помогают Джадзия и Ворф, в итоге Кварк получает Грилку, а Джадзия… Ворфа.

В жену О’Брайена — Кейко — вселяется некая сущность. Эта сущность требует выполнения О’Брайеном некоторых требований, угрожая убить своего носителя. Первое появление Призраков Па.

4523.7 Террорист проникает в прошлое, на USS Энтерпрайз с намерением убить капитана Кирка. Вместе с ним в прошлое попадает и Сиско с товарищами, который должен помешать клингону. На Энтерпрайз они попадают в тот момент, когда команда корабля вовсю борется с размножающимися триблами. («Проблема с трибблами», оригинальные серии).

Джадзия привозит Ворфа на Райзу, однако клингон совершенно не собирается раскрепощаться. В итоге на Ворфа обращают внимание участники экстремистской организации, борющейся за восстановление «моральных и культурных традиций Федерации».

Сиско, Одо, Джадзия и Гарак попадают на «Глубокий космос 9» во времена кардассианской оккупации. В итоге выясняется, что и в безупречном послужном списке начальника службы безопасности есть неприятные эпизоды.

Одо и Кварк остаются один на один с дикой природой незнакомого мира. Давние соперники смогут выжить только доверившись друг другу.

Накануне вступления Баджора в Федерацию Планет капитан Сиско проникается духом пророчеств. К всеобщему недоумению, капитан рассказывает о своих видениях, из которых следует, что с расширением Федерации следует повременить.

50416.2 Кто-то начинает убивать баджорцев, в своё время входивших в ячейку сопротивления Шакаара. Теперь ради сохранения своей жизни майор Кира должна найти убийцу.

Майор Кира наконец-то рожает сына О’Брайенов. Тем временем Одо приобретает у Кварка младенца-Меняющегося. Шеф службы безопасности холит и лелеет своего молодого соплеменника, и тот уже начинает делать успехи в изменении формы. Но юный метаморф погибает из-за полученной в космосе радиации. Перед смертью он сливается с Одо, в итоге шеф службы безопасности вновь получает способности к смене формы.

50485.2 Попав в лагерь маки, Сиско встречается с Эддингтоном, бывшим своим помощником, который теперь возглавляет повстанцев. Теперь для капитана становится делом чести найти лидера маки. Сиско прибегает к крайним мерам.

Реагируя на сигнал бедствия кардассианского корабля из Гамма-квадранта, Ворф и Гарак оказываются в тюрьме Джем’Хадар накануне атаки Доминиона на Альфа-квадрант.

50564.2 Флот Джем’Хадар вторгается в пространство кардассиан. Гал Дукат переходит на сторону Доминиона, вместе с ним вся Кардассианская империя подчиняется новым хозяевам.

Доктор Башир выбран как модель для новой программы голографического доктора, которая вскоре должна быть установлена на все корабли Звездного Флота. Во время работы над этим проектом всплывает все прошлое Башира, многое из которого он бы не хотел вспоминать.

Одо помогает женщине, которая оказывается агентом Орионского синдиката.

Кузен Кварка предлагает тому довольно выгодную сделку по перепродаже оружия. Это может принести фантастическую прибыль, но что-то в этом предложении настораживает Кварка.

50712.5 Кардассианский диссидент Текени Гхемор, узнает в Кире свою дочь, которая была изменена внешне благодаря хирургической операции. Он умирает и по кардассианским обычаям он должен исповедоваться перед смертью своему самому близкому родственнику. В этом случае Кира может узнать множество секретов кардассианцев.

Кварк хочет использовать любовные отношения между своей матерью и Великим Нагусом в корыстных целях, для поднятия своего положения в Торговом Альянсе Ференги.

Генерал Марток получает приказ от Клингонского Высшего Совета найти потерянный корабль, пропавший у границы с кардассианцами. Он получает корабль и приглашает первым офицером Ворфа, за которым следует Джадзия. Однако проблема в том, что два года плена были слишком тяжёлым испытанием для генерала, да и команда слишком деморализована…

50814.2 Генерал Марток получает приказ от Клингонского Высшего Совета найти потерянный корабль, пропавший у границы с кардассианцами. Он получает корабль и приглашает первым офицером Ворфа, за которым следует Джадзия. Однако проблема в том, что два года плена были слишком тяжёлым испытанием для генерала, да и команда слишком деморализована…

Маки опять пытаются потрепать кардассиан. Однако теперь Кардассия - член Доминиона, и ответный удар скорее всего коснется не только маки. Развернётся полномасштабная война против Федерации.

Шеф О’Брайен и Гарак летят на «Эмпок Нор», заброшенную космическую станцию, идентичную «Глубокому космосу 9», за некоторыми деталями, вышедшими из строя. Оказывается, что кардассианцы перед уходом оставили несколько неприятных сюрпризов.

50929.4 Джейк Сиско решает любой ценой получить редкую бейсбольную карточку, которую Кварк продаёт на аукционе. В дело оказывается вовлечено большое количество членов экипажа.

50975.2 Флот Доминиона и Кардассианской империи решается на прямое нападение на «Глубокий космос 9». Сиско убеждает правительство Баджора подписать договор о ненападении с Доминионом, после чего минирует вход в червоточину. Представители Федерации и клингоны покидают станцию, которую тут же занимают кардассианцы и Джем’Хадар. Джейк Сиско в тайне от отца решает остаться здесь в качестве корреспондента.