Es herscht Krieg zwischen den Klingonen und der Föderation. Odo glaubt, dass Gowron, der klingonische Kanzler, in Wahrheit ein Wechselbalg sei. Die Sternenflotte schickt Sisko, Worf und Odo in das klingonische Hauptquartier. Sie sollen Gowron entlarven.

Sisko, Dax, O’Brian landen auf Torga Vier. Kurz darauf stürzt dort ein Kriegsschiff der Jem’Hadar ab. Sisko will es nach Deep Space Nine bringen. Unerwartet tauchen Kilana, eine Vorta, und Jem’Hadar-Krieger auf. Sie fordern das Schiff zurück und belagern die Crew.

Jake schreibt einen Artikel über Dr. Bashir. Während er ihn interviewt, erreicht Bashir ein Notruf von Ajilon Prime. Gemeinsam fliegen sie zur Kolonie. Im Krankenhaus von Ajilon Prime überrascht sie ein Angriff der Klingonen.

Ein Pah-Geist bringt Keiko in seine Gewalt. Der Geist will die Wurmloch-Wesen vernichten, damit er wieder in den Himmlischen Tempel einziehen kann. Nun zwingt er O’Brien dazu, die technischen Vorkehrungen dafür zu treffen.

Sisko und seine Crew geraten durch einen bajoranischen Drehkörper auf die Enterprise des 23. Jahrhunderts. Dort kommen sie einem Klingonen auf die Spur, der Captain Kirk ermorden will. Sie versuchen den Anschlag zu verhindern.

Dax und Worf machen Urlaub auf Risa. Worf kann den Aufenthalt nicht genießen: Ihm ist die Vergnügungssucht der Menschen zuwider. Umsomehr beeindrucken ihn die Essentialisten, die eine strenge Moral predigen. Da sobotiert die Sekte die Wetterkontrolle des Planeten.

Durch einen Plasmasturm reisen Dax, Garak, Odo und Sisko sieben Jahre in der Zeit zurück. Auf Deep Space Nine herrschten damals noch die Cardassianer. Sie werden beschuldigt ein Attentat auf Gul Dukat verübt zu haben und sollen hingerichtet werden.

Odo und Quark fliegen mit einem Shuttle nach Inferna Prime. Auf einem fremden Planeten müssen die beiden notlanden. Trotz ihrer misslichen Lage können die beiden ihre Feindschaft nicht begraben. Ihre ständigen Streitereien bringen sie schließlich in Lebensgefahr.

Eine Ikone der bajoranischen Stadt B’hala befindet sich vorübergehend auf Deep Space Nine. Sisko ist von der Ikone fasziniert und will ihr Geheimnis erforschen. Plötzlich wird er von rätselhaften Visionen geplagt.

Drei ehemalige Mitglieder der Shakaar-Widerstandszelle, der auch Kira angehörte, werden ermordet. Kira erhält nach jedem Mord eine anonyme Botschaft. Sie will den Mörder auf eigene Faust finden. Mit einer Liste der möglichen Täter verlässt sie die Station.

Quark verkauft Odo ein Wechselbalg-Baby. Er versucht das Kind allein großzuziehen. Odo gelingt es aber nicht, ihm das Formwandeln beizubringen. Captain Sisko benachrichtigt deshalb Odos Ziehvater Dr. Mora. Doch Odo ist davon überhaupt nicht begeistert.

Sisko spürt seinen Ex-Sicherheitschef Eddington auf, der sich dem Maquis angeschlossen hat. Es kommt zum Gefecht: Eddington schießt die Defiant manövrierunfähig. Zurück auf Deep Space Nine nimmt man Sisko den Auftrag ab und überträgt diesen Captain Sanders.

Garak erhält eine rätselhafte Botschaft, die ihn in den Gamma-Quadranten führt. Zusammen mit Worf macht er sich dort auf die Suche nach seinem Mentor Enabran Tain. Sie geraten in die Gewalt des Dominion und landen in einem Internierungslager.

Gul Dukat hat sich mit dem Dominion verbündet. Er stellt Sisko ein Ultimatum und fordert ihn auf, Deep Space Nine zu räumen. Unterdessen hat der fremde Wechselbalg auf der Station ein Shuttle gekapert. Er will im bajoranischen System eine Supernova auslösen.

Dr. Zimmerman soll auf Deep Space Nine ein medizinisch-holografisches Notfallprogramm einrichten. Als Vorlage wählt er Dr. Bashir. Zimmerman muss dazu Bashirs Persönlichkeit erforschen und Interviews mit dessen Eltern führen. Aber Bashir sträubt sich dagegen.

Odo lernt eine Frau namens Arissa kennen und ist vom ersten Augenblick an völlig fasziniert von ihr. Odo spürt, daß sie ihm gegenüber nicht ehrlich ist und etwas vor ihm verbirgt. Er versucht hinter ihr Geheimnis zu kommen.

Quark hat sich verspekuliert und ist pleite. Da er auch geliehenes Geld eingesetzt hat, muss er schnellstens Geld beschaffen. Sein Cousin Gaila schlägt ihm einen Waffendeal vor. Bald plagen Quark Gewissensbisse.

Legat Ghemor besucht Major Kira. Der Cardassianer ist sterbenskrank und hat nur noch wenige Tage zu leben. Gul Dukat erfährt, dass Ghemor auf der Station ist und verlangt seine Auslieferung. Als Ghemor sich weigert, übergibt Gul Dukat dessen Militärakte an Kira.

Quark braucht eine Handelslizenz. Er sucht deshalb seine Mutter auf, die mit dem Großen Nagus liiert ist. Seine Versuche, über ihn eine Lizenz zu bekommen, schlagen fehl. Da taucht Brunt von der Handelsorganisation auf und schlägt ihm ein unsauberes Geschäft vor.

General Martok soll ein vermisstes Schiff suchen und bittet Worf, ihn zu begleiten. Als sie das Schiff entdecken, verweigert Martok die Hilfe. Sie befinden sich im cardassianischen Raum und er will das Dominion nicht provozieren. Es kommt zum Streit.

Die Defiant kehrt von einer Mission im Gamma-Quadranten zurück. Dax empfängt ungewöhnliche Werte von einem Planeten und überredet Sisko zu einem Abstecher. Sie treffen auf eine kleine Kolonie. Die Kolonisten behaupten, die Nachkommen der Defiant-Crew zu sein.

Captain Sisko fängt eine Botschaft für Michael Eddington ab, in der es heißt, der Maquis habe Raketen auf Cardassia abgeschossen. Sisko will die Raketen aufhalten. Er zwingt Eddington, der im Gefängnis sitzt, ihn zur Abschussbasis zu bringen.

O’Brien fliegt mit Garak und einer ausgewählten Crew zu zu der verlassenen Raumstation Empok Nor. Er will dort Ersatzteile beschaffen. Auf der Station passieren schreckliche Dinge: Ein Crewmitglied nach dem anderen wird ermordet.

Bajor verhandelt mit dem Dominion über einen Nichtangriffspakt. Captain Sisko macht sich deshalb Sorgen. Um seinem Vater eine Freude zu machen, will Jake Sisko dem Forscher Dr. Giger eine alte Baseballkarte abkaufen. Kurze Zeit später verschwindet der Mann spurlos.

Immer mehr Schiffe des Dominion kommen durch das Wurmloch. Captain Sisko ist zum Handeln gezwungen. Er lässt die Passage durch ein Minenfeld sichern. Das Dominion greift die Station an.