(Suite de l'épisode 26 de la saison 4) Starfleet missionne Benjamin Sisko pour se rendre dans l'Empire Klingon démasquer Gowron qui a été remplacé par un Korrigan. Ce dernier choisit Miles O'Brien, Odo (tout trois grimés en Klingons) et Worf pour l'accompagner dans cette mission délicate.

L'équipage du Défiant explore une planète du Quadrant Gamma pour voir s'il est possible d'y installer une colonie de forage, quand un vaisseau inconnu pénètre dans l'atmosphère pour s'écraser.

Grilka, qui fut fugacement mariée à Quark, débarque dans la station. Worf en tombe amoureux, mais finit par aider Quark a conquérir le cœur de la klingone. Durant ce temps, le Major Kira Nerys continue de vivre chez les O'Brien, et une intimité gênante se crée entre elle et Miles O'Brien.

Jake écrit un essai sur le Docteur Bashir et le suit dans un de ses périples. Ils captent alors un appel de détresse d'une colonie de la Fédération.

Lorsque son épouse revient de Bajor, O'Brien est choqué quand celle-ci lui révèle qu'elle est en fait une entité qui a pris possession du corps de Keiko.

L'espion Klingon Darvin remonte le temps pour modifier certains événements. L'équipage du Deep Space Nine doit l'en empêcher sans altérer le cours de l'histoire.

Les relations se tendent entre Dax et Worf, et celui-ci envisage une conversation à cœur ouvert pendant leurs vacances sur Risa, la "planète des plaisirs".

Benjamin Sisko, Odo, Dax et Garak sont retrouvés inconscients. Alors que Bashir tente de les réanimer, ils se réveillent pendant l'occupation cardassienne de Bajor.

Après un atterrissage en catastrophe sur une planète désertique, Odo et Quark perdent leur système de communications, leur réplicateur et la plupart de leurs rations.

En regardant un tableau qui représente B'hala, la légendaire cité perdue de Bajor, Benjamin Sisko trouve l'inspiration pour redécouvrir ce fameux site.

Kira est intriguée par le meurtre de Latha Mabrin, un des membres de son ancien groupe de résistants. Ses soupçons se renforcent lorsqu'elle reçoit un message enregistré.

Kira se prépare finalement à accoucher, mais Odo s'occupe de son propre "bébé" : l'ex-métamorphe a fait l'acquisition d'un bébé métamorphe auprès de Quark.

Sisko est confronté à Michael Eddington, son ancien responsable de la sécurité de Starfleet, qui l'a trahi et rejoint le Maquis.

La station DS-9 reçoit un appel de détresse cardassien venant du Quadrant Gamma. Ce message émane d'Enabrane Tain disant qu'il est vivant. Elim Garak et Worf partent à sa recherche et découvrent un flotte d'invasion Jem'Hadar.

(Suite de l'épisode précédent). La flotte du Dominion n'attaque pas DS-9, mais il s'avère qu'elle se dirige vers Bajor. Gul Dukat a mené des tractations avec le Dominion, et les Cardassiens ont rejoint celui-ci. Dukat est devenu le nouveau chef du gouvernement Cardassien. Durant ce temps sur la station, on recherche le Korrigan qui a saboté le vortex, le rendant plus résistant. Sur la prison, Enabrane Tain est mort; le vrai Julian Bashir, Elim Garak, Worf et Martok tentent de s'évader.

Odo rencontre une belle jeune femme dont les capacités d'observation l'impressionnent. Plus tard, il est intrigué lorsqu'elle tente de pirater l'ordinateur de la station.

Le cousin de Quark arrive sur la station et lui propose de participer à son activité de vente d'armes, ce qui lui permettrait de rembourses ses dettes en moins d'un mois.

Kira retrouve Tekeny Ghemor, célèbre dissident Cardassien qui fut dupé pour lui faire croire que Kira était sa fille, en espérant qu'il mènera l'opposition à l'alliance Dominion-Cardassienne.

Dégoûté de son existence, et surtout de son exclusion pas l'Autorité Commerciale Ferengie, Quark retourne chez lui pour chercher du réconfort auprès de sa mère.

Le Général Martok reçoit du Haut-Conseil Klingon l'ordre de rechercher un vaisseau Klingon, le B'Moth, qui a disparu non loin de la frontière cardassienne.

Dans le Quadrant Gamma, Dax enquête sur une planète entourée d'une barrière énergétique, qui endommage le Défiant et provoque la duplication de Kira.

Un message secret est transmis à Sisko. Les quelques terroristes du maquis qui n'ont pas encore anéantis par le Dominion lancent des représailles massives contre Cardassia.

Deep Space Nine est endommagée. Ne pouvant pas répliquer les pièces cardassiennes voulues pour réparer, O'Brien mène une mission de sauvetage vers une station spatiale.

Apprenant que Quark envisage de vendre aux enchères des objets de collection, dont une carte de baseball de Willie Mays, Jake décide d'obtenir cette carte pour son père.

Alors qu'un autre convoi de vaisseaux Jem'Hadar émerge du vortex en direction de Cardassia, Sisko se rend compte que le Dominion prend le contrôle du Quadrant Alpha.