Gdy wojna między Klingonami a Federacją nasila się, Sisko musi zrobić plan, aby odsłonić Gowrona jako uzurpatora. Odo wciąż ma problemy z zostaniem bryłą.

Załoga zostaje zmuszona do wycofania się na rozbitym statku Jem'Hadar po ataku Jem'Hadara. Mają wrażenie, że w tym statku jest coś bardzo ważnego.

Podczas gdy Worf pomaga Quarkowi ścigać swoją byłą żonę Grilkę, O'Brien i Kira stają się nieprzyjemnie blisko siebie.

Jake, raportując z linii frontu, widzi, jaka wojna naprawdę jest.

Obca istota opętała ciało Keiko i przetrzymuje je jako zakładnika, dopóki O'Brien nie ukończy zadania.

Darvin, zhańbiony szpieg Klingonów, cofa się w czasie, aby zmienić niektóre wydarzenia zgodnie z własnymi upodobaniami. Załoga DS9 musi znaleźć to, co próbuje zmienić i zapobiec temu bez zmiany linii czasu. Będą musieli połączyć się z ekipą z gry Star Trek: The Original Series.

Podczas wakacji na Rise, Worf i Dax spotykają grupę fundamentalistycznych demonstrantów, którzy twierdzą, że Federacja poszła miękko.

Sisko, Dax, Odo i Garak znajdują się w przeszłości, kiedy Kardasanie kontrolowali stację, a zbrodnia, którą zbadał Odo, może być kluczem.

Kiedy lądują Odo i Quark, muszą odłożyć na bok swoje różnice, aby wspiąć się na górę, aby zasygnalizować pomoc. Jake i Nog starają się być współlokatorami, ale ich style się zderzają.

Sisko zaczyna mieć wizje, które mogą mu pokazać, jak najlepiej pomóc Bajorowi, ale go zabijają.

Tajemniczy morderca zaczyna wybijać wszystkich członków starego ruchu oporu Kiry.

Kiedy zdradziecki Eddington powraca, Sisko podejmie wszelkie starania, aby go schwytać.

Zakodowana wiadomość z Kwadrantu Gamma prowadzi Garaka do przekonania, że jego mentor, Enabran Tain, wciąż żyje. On i Worf go szukają, tylko po to, by odkryć coś znacznie gorszego: flota Inwazji Dominium gotowa do ataku na Kwadrant Alfa.

Stacja przygotowuje się do ataku na Dominium. Worf i Garak spotykają nieoczekiwanych przyjaciół w obozie więzienia Dominion.

Dr Bashir został wybrany jako model następnej generacji Emergency Medical Hologram (EMH). Ale się nie zgadza, kiedy jego rodzice są zapraszani na stację, aby przeprowadzić rozmowę z programistą EMH, dr. Zimmermanem. W jego rodzinie jest mroczny sekret, że boi się, że jego rodzice się ujawnią.

Odo zostaje romantycznie przywiązany do kobiety pracującej z Syndykatem Oriona.

Quark musi zmagać się ze swoim sumieniem, kiedy angażuje się w handlarzy bronią.

Kiedy kardynański urzędnik, który myśli o Kirie jako swojej córce, umiera, zgadza się ujawnić wszystko, co wie. Ale doświadczenie pogłębia wspomnienia Kiry o śmierci jej ojca.

Quark nie wie, czy wpadnie w panikę, czy uszczęśliwiony, gdy dowie się, że jego matka jest nową kochanką Wielkiego Nagusa.

Dax i Worf towarzyszą Martokowi podczas jego pierwszego dowództwa, odkąd zostali zatrzymani przez Dominium. Ale statek, który dostali, od miesięcy nie widział zwycięstwa, a załoga jest niemal zbuntowana.

Odsłonięty DS9 odkrywa małą kolonię na odległym świecie, który był pierwotnie zaludniony przez nich 200 lat wcześniej z powodu wypadku w czasie z Defiantem. Obecni koloniści są zależni od upewnienia się, że wypadek się powtórzy, mimo że teraz ostrzegli załogę, że tak się stanie. Każdy członek załogi musi zdecydować, czy chce zrezygnować z życia na DS9, aby zachować historię kolonii.

Kierując się desperacją przez Dominium, Maquis rozpoczyna masowy atak broni biologicznej na Kardasję. Sisko musi ufać zdrajcy Eddingtonowi, aby ich powstrzymać.

Podczas ratowania komponentów ze stacji siostrzanej DS9, załoga ucieka w "niespodziankę" pozostawioną przez Kardasjan.

Jake i Nog przechodzą przez piekło i wodę, uczestnicząc w licytacji w walce z Dominium, otrzymując kartę baseballową Willie Mays, aby rozweselić zmęczonego wojną kapitana Sisko.

Wraz z ciągłymi batalionami Jem'Hadara wchodzącymi do Kwadrantu Alfa w ramach przygotowań do wojny, Sisko postanawia wydobyć tunel czasoprzestrzenny, aby zapobiec dalszemu ruchowi wojsk. To prowokuje konfrontację pomiędzy Dominium i Federacją, zmuszając Sisko do porzucenia DS9.