Dans le précédent épisode, Worf a découvert que la véritable cible des Klingons était Cardassia. Worf, refusant de se joindre à Gowron, est déchu de l'empire Klingon. Benjamin Sisko, à bord de l'USS Defiant, part en mission récupérer Dukat et le conseil dirigeant de l'empire Cardassien. À son retour, la station DS9 est assiégée.

Jake Sisko, devenu vieux, vit dans le bayou en Louisiane. Une jeune femme arrive chez lui au début de l'épisode. Il lui raconte alors pourquoi il a cessé d'écrire : cela a commencé à la mort de son père alors qu'il avait 18 ans. Dans son histoire, il s'avère rapidement que Benjamin Sisko est en fait vivant mais prisonnier d'un autre plan temporel. On voit la suite de la vie de Jake, et le dénouement remet les choses en place et ramène au continuum espace-temps de la série.

Le docteur Julian Bashir et Miles O'Brien s'écrasent à bord du Runabout sur une petite planète. Ils sont alors capturés par un groupe de Jem'hadars renégats qui tentent de se désintoxiquer de leur drogue de synthèse. Sur la station, Worf peine à s'adapter à ses nouvelles fonctions au grand dam d'Odo.

Obligée d'emmener Dukat en mission à la recherche du Ravinok, transporteur de prisonniers depuis longtemps disparu, Kira découvre pourquoi son vieil ennemi a tant tenu à l'accompagner : pour retrouver sa fille naturelle, mi-bajoranne, mi-cardassienne.

Un groupe de scientifiques Trill vient sur la station étudier le vortex afin in fine de pouvoir créer des vortex artificiels. Ce groupe est dirigé par le docteur Lenara Kahn, qui dans une de ses anciennes vies, fut mariée à une ancienne incarnation de Jadzia Dax. Leurs sentiments perdurent, mais réunir des couples d'une ancienne vie est un terrible tabou pour la société Trill. Lenara et Jadzia devront faire un choix. Cesser de s'aimer ou bien être à jamais exilés de la société Trill.

Dans le quadrant Gamma à bord de l'USS Defiant, se retrouvent Quark et un négociant karemien, pour discuter de commerce. Deux vaisseaux Jem'hadar les prennent alors pour cible. L'USS Defiant est mis à mal et l'équipage tente de survivre.

Nog doit partir sur Terre rejoindre Starfleet Academy. Son oncle Quark, qui vient de recevoir une navette spatiale en cadeau, propose de l'emmener, en profitant pour charger une cargaison de contrebande pour le système Orion. La navette est piégée et Rom parvient a sauver le vaisseau, mais les trois Ferengis arrivent sur Terre en 1947.

Kor, vieux compagnon de Curzon Dax, retrouve Jadzia Dax sur DS9. À eux se joint Worf et tous trois partent dans le quadrant Gamma à la recherche de la plus mythique des reliques sacrées des Klingons, le Bath'less de Kahless.

Julian Bashir suit un nouveau programme dans le holodeck, dans lequel il est un agent secret de choc et de charme dans la plus pure tradition James Bond. Elim Garak vient s'inviter dans son programme. C'est alors que survient un incident de téléporteur dans le monde réel. Eddington met en mémoire les empreintes de Kira Nerys, Sisko, Jadzia Dax, O'Brien et Worf dans l'ordinateur qui les transpose en programmes dans le holodeck. Bashir va devoir arriver au bout de sa mission tout en sauvant la vie de ses amis qu'ils soient alliés ou ennemis dans la simulation.

À la suite d'un grave attentat perpétré sur Terre par un Korrigan, Benjamin Sisko et Odo sont envoyés enquêter.

Benjamin Sisko s'aperçoit que le sabotage de la fin du précédent épisode n'est pas l’œuvre des Fondateurs, mais une manœuvre de l'amiral Layton visant à placer la Terre sous contrôle militaire.

Alors que Shakaar, devenu premier ministre de Bajor, se rend sur la station DS9 pour des pourparlers, un groupe terroriste cardassien émet des menaces de mort à son encontre. À l'occasion de cette visite, Shakaar se rapproche intimement de Kira Nerys, ce qui place Odo dans un position difficile : il doit d'un côté protéger Shakaar et de l'autre faire face à ses sentiments amoureux pour Kira.

Dukat demande son aide à Kira pour retrouver son rang dans l'Empire cardassien.

Kurn, le frère de Worf, vient sur la station DS9. Ce dernier, depuis que Worf a tourné le dos à Gowron, a tout perdu, y compris son honneur. Il en vient donc demander à Worf d'exercer sur lui le Mok'Tovor, un suicide rituel Klingon.

À la suite d'une baisse de salaire, les employés du bar de Quark décident, sous l'impulsion de Rom, de créer un syndicat et de faire grève. Mais ceci n'est pas du goût de Quark et encore moins celui de l'ACF (Association du Commerce Ferengi).

Un célèbre poète bajoran, Akorem Laan, disparu plus de deux siècles auparavant, sort du vortex et convainc Sisko qu'il est le véritable Émissaire.

Worf détruit accidentellement un vaisseau civil lors d'une bataille. Une audition a lieu pour décider s'il doit ou non être extradé vers l'Empire Klingon.

Miles O'Brien sort de 20 ans de réclusion pour espionnage d'une planète. En réalité, il s'avère que sa peine n'a duré que quelques heures et qu'il était plongé dans une peine virtuelle. Mais les conditions d'incarcération étaient très dures et les souvenirs et les traumatismes lui restent.

Jake Sisko, attiré par le double de sa mère, part dans la réalité parallèle. Le capitaine Sisko, parti à sa recherche, se retrouve également coincé dans cette réalité parallèle, dans laquelle la station Deep Space 9, toujours sous son nom de Terok Nor, est aux mains des rebelles. Ces derniers sont prêts à renvoyer les Sisko, père et fils, dans leur réalité si Benjamin les aide à régler les derniers problèmes techniques du Defiant qu'ils sont en train de construire.

Tandis qu'une femme mystérieuse aide Jake à écrire son roman, Odo assiste Lwaxana Troi, enceinte, qui cherche à fuir son mari.

Eddington et Odo soupçonnent Cassidy Yates d’œuvrer pour le Maquis. Avec l'accord réticent du capitaine Benjamin Sisko, ils mènent l'enquête.

En revenant de mission à bord de l'USS Defiant, le capitaine Benjamin Sisko et son équipage découvrent que la station vient d'être attaquée par un commando Jem'Hadar. Ils partent aussitôt à la poursuite de l'ennemi. Chemin faisant, ils croisent un vaisseau de guerre Jem'Hadar dans un état critique. Téléportant les derniers membres d'équipage à bord avant sa destruction, ils apprennent que le vaisseau a été attaqué par les mêmes agresseurs que la station.

Le Dr Bashir aide les habitants d'une planète du quadrant Gamma à se soigner d'une maladie jusque là mortelle et apportée par le Dominion.

Quark revient de Ferenginar où il a appris qu'il est atteint d'une maladie mortelle, le syndrome de Dorek, et se prépare à vendre son corps aux enchères selon la tradition Ferengi. Il trouve un acheteur pour 500 barres de Latinium. Mais il s’avère que le médecin a fait une erreur et qu'il n'est pas malade. Cependant, l'acheteur n'est autre que le liquidateur Brunt qui entend bien réceptionner sa marchandise malgré le changement de diagnostic. En parallèle, Keiko, la femme d'O'Brien, est blessée dans un accident de navette, et le Dr Bashir se voit contraint de placer son bébé à naître dans le corps de Kira

Odo est gravement malade et parvient à peine à maintenir sa forme humanoïde. Dans l'incapacité de le soigner de cette maladie inconnue, l'équipe de DS9 l'emmène dans le quadrant Gamma avec l'USS Defiant auprès de son peuple, les Fondateurs. Mais il s'avère qu'Odo doit encore y être jugé pour le meurtre de l'un de ses congénères.