Una flota de naves del Imperio Klingon está estacionada en los alrededores de Espacio profundo 9. El comandante de esta fuerza, el general Martok, le comunica al capitán Benjamin Sisko que su presencia allí obedece a su firme intención de ayudarles a combatir contra el Dominio. Sisko se muestra escéptico, debido a que en ningún momento han solicitado ayuda a los klingons para este asunto.

Los tripulantes de EP9 descubren que las intenciones reales de los klingons no son otras que lograr el control de Cardasia. Ante la llegada de numerosas naves más, Sisko prepara la estación para el inminente combate, que no tarda en iniciarse al abrir fuego los klingons.

Décadas en el futuro, un anciano Jake Sisko es visitado en su hogar de Nueva Orleans por Melanie, una joven aspirante a escritora interesada en descubrir el motivo por el que un afamado escritor como Jake decidió abandonar el mundo de la escritura con tan solo 40 años de edad.

Durante el viaje de regreso a la estación desde el Cuadrante Gamma, Julian Bashir y Miles O'Brien captan una llamada de socorro procedente de un planeta cercano. Al llegar son atacados y su nave se estrella. Una vez allí son capturados por un grupo de Jem’Hadar, cuyo líder Goran’Agar ordena encarcelar al descubrir que Bashir es un médico. Le explica al doctor que por algún motivo ya no depende del Ketracel blanco y le pide que encuentre una cura a esta adicción impuesta por el Dominio para sus hombres.

Kira Nerys debe aceptar que Gul Dukat le acompañe en una investigación en el sistema Dozaria acerca de una nave cardasiana que desapareció seis años atrás cuando transportaba a un numeroso grupo de prisioneros bajoranos, entre ellos un amigo suyo.

Un grupo de trills, encabezado por la doctora Lenara Kahn, llega a Espacio profundo 9 para iniciar una serie de investigaciones a bordo del USS Defiant. Al recibir la noticia Jadzia Dax descubre que un anterior huésped del simbionte al que está unida la doctora estuvo casada con Torias Dax. La situación es muy delicada debido a las severas sanciones impuestas por la ley trill en lo referente a las uniones sentimentales con antecedentes en huéspedes anteriores.

Sisko encabeza una representación de la Federación que se dirige al sistema Karemma, dentro del Cuadrante Gamma, con intención de iniciar relaciones comerciales bilaterales. Una vez llegado al punto de encuentro, dos naves Jem’Hadar aparecen, atacando la nave Karemma, que trata de despistar al enemigo adentrándose en la densa atmósfera de un planeta cercano. El USS Defiant acude a su ayuda persiguiendo las naves del Dominio.

Años después de que Quark prestara dinero a su primo Gaila con la condición de que si éste lograba tener éxito en los negocios le compraría una nave, recibe la esperada recompensa. Para celebrarlo, Quark decide llevar a su sobrino Nog a la Academia de la Flota Estelar utilizando su nueva nave, pero al llegar al sector de la Tierra una avería causa que la nave se estrelle en Roswell, Nuevo México, después de viajar al pasado hasta el año 1947.

Worf accede a acompañar a Dax y el guerrero klingon Kor en su búsqueda de la Espada de Kahless, un artefacto legendario del que no se conoce el paradero desde hace siglos. Sin que el trío tenga conocimiento de ello, no serán los únicos que persiguen encontrar ese Bat’leth.

Bashir ve como Garak interrumpe su diversión en la holocubierta en la que estaba disfrutando interpretando su papel como agente secreto en los años 1960. Paralelamente, Sisko, Kira, Dax, O'Brien y Worf regresan a la base en una lanzadera que estalla accidentalmente, dando el tiempo justo a Eddington para salvar sus patrones en algún sistema de la estación.

La explosión de una bomba durante una conferencia entre la Federación y el Imperio Romulano causa la muerte de 27 personas en la Tierra. Sisko y Odo son llamados desde San Francisco ante las pruebas que indican que un metamorfo ha sido el encargado de situar el artefacto.

Mientras la Federación entera se prepara ante una posible invasión inminente por parte del Dominio, Sisko sospecha que algunos miembros del alto mando de la Flota Estelar están tratando de imponer un estado de emergencia que quite los poderes del gobierno democrático y se los asigne a la cúpula militar.

El primer ministro de Bajor, Shakaar, llega a la estación Espacio Profundo 9 con la intención de negociar la prematura admisión de Bajor en el seno de la Federación Unida de Planetas ante el inminente riesgo que supone el Dominio. Las alarmas saltan en el departamento de seguridad cuando reciben amenazas de un grupo extremista cardasiano, que pretende asesinar a Shakaar.

El primer ministro bajorano, Shakaar, asigna a Kira la misión de dirigirse a una base cardasiana para reunirse con la intención de compartir la información que poseen sobre los klingons. A su llegada descubre que Gul Dukat ha perdido todo su poder en Cardasia a causa de haber reconocido públicamente que Tora Ziyal es su hija, y que ahora sobrevive como un fugitivo, comandando una nave con la que huyó.

El hermano de Worf, Kurn, llega por sorpresa a la estación Espacio profundo 9, donde le reclama que ejerza su obligación como hermano y le honre con la ejecución del ritual Mauk-to’Vor, ya que después de su apoyo a la Federación durante la guerra con el Imperio Klingon él y toda su familia han sido deshonrados y han perdido cuanto poseían. Worf, sin otra alternativa que cumplir los deseos de su hermano, lo hiere mortalmente, pero la intervención de Odo y Dax evita que el klingon muera.

Rom pierde el conocimiento en el bar de Quark, y es trasladado rápidamente a la enfermería, donde el doctor Bashir le informa que padece una grave infección en un oído, que podría haber llegado a causar su muerte. Ante la negativa de Quark de darle la baja a su hermano para recuperarse, Bashir le sugiere la creación de un sindicato, idea que es rápidamente acogida por el resto de trabajadores del local.

Durante una batalla entre la Federación y el Imperio Klingon en la que Worf participó dirigiendo el USS Defiant, abrió fuego sobre una nave que se estaba desocultando ante ellos, sin tener tiempo a ver que se trataba de una nave civil de pasajeros. Por este motivo, se encuentra inmerso en un juicio, en el que es defendido por el capitán Sisko ante el abogado klingon de la acusación: Ph’Pok.

Capturado y acusado de espionaje por los Argrathi, O'Brien regresa a EP9 tras haber cumplido su condena. Los Argrathi utilizaron en él una tecnología mediante la cual en apenas unas horas implantan en la mente de un delincuente los recuerdos de 20 años de condena, lo que resulta mentalmente devastador para O'Brien, que requiere de la asistencia de un consejero mientras Bashir encuentra una solución.

La doble de la esposa de Sisko, Jennifer, procedente del universo alternativo se reúne con Sisko. Al llegar Jake a su habitación y ver a la doble de su madre, Sisko les deja solos para que puedan hablar. A su regreso ve que no hay nadie, y encuentra tan solo un pequeño dispositivo que, al activarlo, lo transporta al otro universo, donde es capturado por el doble de O'Brien.

La embajadora de Betazed Lwaxana Troi llega a EP9 con la inesperada noticia de su embarazo. Su marido, un Tavnian, pretende que una vez nacido el bebé, y siguiendo su tradición, se lo entregue a él para criarlo en solitario hasta que cumpla los 16 años de edad. Lwaxana decide tener a su hijo en la estación para evitar perderlo.

Un importante cargamento de replicadores con destino a Cardasia, donde son urgentemente necesarios pasa a través de Espacio profundo 9, donde deben garantizar su seguridad frente a posibles ataques klingons o atentados Maquis. La información de que hay un maqui oculto entre los visitantes de la estación hace recaer las sospechas sobre Kasidy Yates, la compañera sentimental del capitán Sisko.

Una nave Jem’Hadar ataca la estación Espacio profundo 9, ante lo que Sisko prepara un equipo de salida que los persigue a bordo de USS Defiant hasta el Cuadrante Gamma, a través del agujero de gusano. Una vez en la otra parte del agujero, encuentran otra nave Jem’Hadar a la deriva, de la que rescatan a seis guerreros y a Weyoun, su líder Vorta, que informa a Sisko que la otra nave está tripulada por un grupo de renegados que pretenden hacerse con una tecnología que podría ser devastadora.

Bashir y Dax llegan a un planeta cuyos habitantes han sido atacados por armas bacteriológicas, que causan una enfermedad llamada Blight, reconocida por unas marcas azules a lo largo de la cara y cuerpo de los infectados que se tornan rojas en el proceso final, en el que un gran dolor es el preludio de la muerte. Bashir tratará de ayudar al médico local, Trevean, pero descubre que lo único que hace el doctor es practicar la eutanasia para evitar el sufrimiento en lugar de buscar una cura.

Quark regresa de su viaje a Ferenginar con la terrible noticia de que sufre una devastadora enfermedad llamada síndrome Dorek, por lo que le queda en torno a una semana de vida. Dado que las reglas ferengis establecen que deben pagar todas sus deudas antes de morir, Quark decide poner los restos de su propio cuerpo a la venta.

Odo es trasladado a la enfermería cuando inesperadamente pierde su forma física. Tras un detallado examen, el doctor Bashir determina que está perdiendo su capacidad para mantenerse en estado sólido, pero desconoce el motivo. Hasta que logren encontrar una solución, Bashir ordena a Odo a permanecer bajo observación, lo que no es del agrado del metamorfo.