Cardassia ha chiuso i confini e l'Impero Klingon, convinto che sia in mano ai Fondatori, offre il suo aiuto alla Federazione per attaccare in forze. Sisko è perplesso perché non è stato previsto nessun attacco e tanto meno è stato chiesto l'appoggio dei Klingon. Allo scopo di frenare la furia dei Klingon, il Capitano Sisko chiede aiuto all'unico esponente di quella razza guerriera che si sia mai arruolato nella Flotta, il Tenente Comandante Worf della nave stellare Enterprise. L'ufficiale Klingon deve decidere se ubbidire agli ordini dei suoi superiori o unirsi alla sua gente in una battaglia che si preannuncia gloriosa...

Il trattato fra l'Impero Klingon e la Federazione sembra ormai irrimediabilmente rotto. Sisko rifiuta le dimissioni di Worf dalla Flotta Stellare, inaccettabili in un momento tanto critico, e contatta Dukat che ora è un membro del nuovo governo cardassiano. Offre l'aiuto della Defiant per respingere le navi Klingon che ormai sono pronte all'attacco. Worf fa notare al suo capitano che probabilmente in questo modo sta aiutando proprio i Fondatori, ma Sisko è deciso a seguire una sua strategia...

In una notte buia e tempestosa a New Orleans una donna bussa alla porta del famoso scrittore Jake Sisko. L'uomo, ormai vecchio, racconta alla visitatrice di come la sua vita sia stata condizionata dalla morte del padre Benjamin, avvenuta per via di un incidente quando lui era appena adolescente e viveva sulla base stellare Deep Space Nine. Lui e il padre stavano esaminando il tunnel spaziale a bordo della Defiant, quando Benjamin fu colpito da una scarica di energia e svanì nel nulla. Qualche mese dopo la tragedia, Jake vide distintamente suo padre per qualche attimo, e questo non fu un episodio isolato...

Bashir e O'Brien sono costretti a un atterraggio di fortuna su un pianeta del Quadrante Gamma indicato sulle mappe come disabitato, ma a accoglierli trovano invece alcuni Jem'Hadar. Quando il loro capo, Goran'Agar, scopre che Bashir è un medico, gli racconta di essere stato disintossicato dalla dipendenza dal ketracel bianco. Ora vorrebbe che il dottore trovasse una cura anche per i suoi uomini, in modo da non dovere più dipendere dai Fondatori. Concede a Bashir solo cinque giorni per riuscirci, dopo di che la scorta di ketracel in loro possesso si esaurirà...

Kira scopre l'ubicazione del relitto della Ravinok, una nave cardassiana che trasportava prigionieri bajoriani e di cui si erano perse le tracce diversi anni prima. Decide di recarsi sul posto per un'indagine, ma il governo di Cardassia esige che venga accompagnata da un rappresentante dell'Impero, Gul Dukat. La Ravinok si trova su un pianeta deserto e vicino al relitto vi sono alcune tombe, troppo poche per ospitare tutti i passeggeri della nave. Forse qualcuno potrebbe essere sopravvissuto...

Jadzia Dax scopre che sta per giungere su Deep Space Nine la Dottoressa Lenara Kahn. Jadzia e Lenara non si sono mai viste prima, ma i loro simbionti, Kahn e Dax, sono stati addirittura marito e moglie. Il grande amore che li univa in passato è oggi più vivo e intenso che mai e Jadzia e Lenara sono pronte a sfidare le rigide regole della società Trill che impone un distacco completo dai legami affettivi degli ospiti precedenti, pur di continuare a vivere il loro indimenticato amore...

La Defiant è nel Quadrante Gamma per una trattativa d'affari con un rappresentante dei Karemma. Durante la discussione, la nave subisce l'attacco di tre vascelli Jem'Hadar e viene gravemente danneggiata. Il Dottor Bashir rimane intrappolato con Jadzia in un turboascensore e Sisko viene seriamente ferito e si accascia a terra, in bilico fra la vita e la morte. Per impedirgli di scivolare nel coma, Kira si assume l'arduo compito di tenere desta la sua attenzione, parlandogli senza sosta...

Per Nog è giunto il gran giorno: deve recarsi sulla Terra per iniziare i corsi all'Accademia della Flotta Stellare. Quark e Rom decidono di accompagnarlo per collaudare la nuova navetta donata loro dal cugino Gaila, ma durante il viaggio qualcosa va storto e i tre Ferengi si ritrovano sì sulla Terra, ma nell'anno 1947. Dopo lo schianto, Rom, Quark e Nog scoprono di essere stati trasferiti in una base militare a Roswell, nel New Mexico. Dietro a un falso specchio, ufficiali degli Stati Uniti osservano con interesse ed emozione i primi marziani giunti sulla Terra...

Kor, un vecchio e onorato guerriero klingon, giunge sulla stazione e incanta i clienti del bar di Quark con i suoi racconti di gesta eroiche ed epiche battaglie. In segreto rivela alla sua amica Dax e a Worf di essere in possesso di informazioni per rintracciare la mitica spada che appartenne a Kahless. Una volta appurata la veridicità delle informazioni, i tre compagni partono a bordo di un runabout diretti verso il Quadrante Gamma alla ricerca della preziosissima reliquia. Una volta sul posto Kor, Worf e Dax scoprono senza problemi il sito in cui dovrebbe essere custodita la spada di Kahless, ma il sito è stato già violato e tutti i manufatti trafugati...

Ma la situazione rischia di precipitare veramente quando i due klingon si rendono conto che il valore simbolico della reliquia avrebbe legittimato le ambizioni più sfrenate di chiunque l'avrebbe riportata in patria.

Il Dottor Bashir sta vivendo un'avventura sul ponte ologrammi in cui interpreta la parte di un agente segreto della Terra del 1960. L'intempestivo arrivo di Garak irrita il dottore, che vede violata la sua privacy, ma il sarto cardassiano insiste così tanto che alla fine Bashir decide di accettarlo come compagno di avventura. Intanto Sisko, Kira, Worf, Dax e O'Brien si trovano su una navetta che sta per esplodere, con i sistemi di teletrasporto che non funzionano, ma Eddington riesce a salvare le matrici degli ufficiali registrate dal teletrasporto nell'oloromanzo di Bashir e le integra nella storia...

Il Capitano Sisko e Odo devono raggiungere urgentemente la Terra dove la serenità e la pace sono seriamente minacciate. La Flotta Stellare ha infatti le prove di un imminente attacco alla Federazione da parte del Dominio. Alcuni mutaforma si sono già infiltrati fra gli esseri umani e al Capitano Sisko, l'unico ufficiale della Flotta ad avere una profonda conoscenza dei Cambianti, viene assegnato l'incarico di responsabile della sicurezza della Terra. Sisko insiste perché vengano aumentati i controlli anche fra gli ufficiali della Flotta, ma il Presidente della Federazione Jaresh-Inyo non è d'accordo, almeno fino a quando Odo non gli dà una dimostrazione di cosa possono fare i Fondatori...

Ormai sulla Terra vige la legge marziale, una situazione che avvilisce tutti coloro che si sono sempre battuti per la libertà. Durante le indagini sull'ormai imminente attacco del Dominio alla Federazione, il Capitano Sisko scopre un complotto ai vertici della Flotta Stellare per assumere il controllo militare della Terra. L'Ammiraglio Leyton ordina perciò a Sisko di tornare su Deep Space Nine, assumendosi lui stesso l'incarico di responsabile della sicurezza della Terra. Durante la notte Sisko viene avvicinato da un Fondatore che ha assunto le sembianze di O'Brien...

Shakaar, il primo ministro di Bajor, giunge in visita alla stazione spaziale per discutere dell'imminente ingresso del suo pianeta nella Federazione. Per lui e Kira è l'occasione di rinverdire una vecchia e profonda amicizia e forse anche per far nascere un rapporto più intimo. Odo assiste impotente al nascere di questo nuovo amore e dentro di lui scoppia un'inaspettata gelosia che riesce a distrarlo dai suoi compiti di capo della sicurezza e responsabile dell'incolumità del primo ministro...

Su richiesta del Primo Ministro Shakaar, Kira accetta di discutere della crisi con l'Impero Klingon su un avamposto cardassiano. Con sua grande sorpresa, scopre che il vascello che deve accompagnarla alla conferenza è al comando di Dukat. Infatti il Gul, dopo aver portato su Cardassia Ziyal, la figlia nata dalla sua relazione con una donna bajoriana e ritrovata sul relitto della Ravinok, è stato lasciato dalla moglie e rimosso da incarichi di responsabilità e vive su quella nave insieme alla figlia. Quando giungono a destinazione Kira e Dukat scoprono che i Klingon hanno attaccato l'avamposto...

I dipendenti del bar di Quark, dai camerieri alle ragazze Dabo, sono stanchi delle dure condizioni di lavoro a cui sono sottoposti. Inaspettatamente Rom, il remissivo fratello di Quark, prende in mano la situazione e organizza un sindacato pronto anche a scioperare pur di ottenere migliori condizioni di vita. Prepara una lista di richieste da sottoporre all'attenzione di Quark, fra cui riduzione dell'orario di lavoro, permessi per malattia e aumenti di paga, ma il fratello scoppia a ridere di fronte a tali assurde pretese. Per tutta risposta, Rom dichiara il primo sciopero della storia dei Ferengi...

Un antico vascello bajoriano esce dal tunnel spaziale e il suo unico occupante è Akorem Laan, un poeta scomparso senza lasciare tracce da duecento anni. Racconta di essersi trovato in difficoltà, di essere stato soccorso dai Profeti, e reclama il titolo di Emissario. Sisko, che non si è mai trovato a suo agio nel ruolo attribuitogli dai Bajoriani, è ben lieto di farsi da parte. Durante il suo primo discorso in pubblico, Akorem dichiara che i Profeti gli hanno permesso di tornare per riportare Bajor agli antichi valori, restaurando il rigido sistema di caste in uso nel passato. Sisko è perplesso perché una società basata sulla discriminazione è contro i valori della Federazione e Bajor potrebbe restare ancora una volta isolato...

Un convoglio che sta portando aiuti a una colonia cardassiana viene improvvisamente attaccato dai Klingon. La Defiant, di scorta al convoglio, si trova coinvolta nello scontro e apre il fuoco su un vascello nemico. Worf, che si trova al comando della nave federale, si accorge troppo tardi di avere distrutto una nave civile. L'Impero Klingon chiede a gran voce l'estradizione di Worf per giudicarlo secondo le proprie inflessibili leggi. Tutta la base si schiera al fianco del tenente comandante, ma le prove sono tutte contro di lui...

Miles O'Brien torna su Deep Space Nine dopo avere trascorso vent'anni in una prigione del pianeta Agrathi. La curiosità del Capo per l'avanzata tecnologia degli alieni venne scambiata per spionaggio e per questa ragione l'uomo fu condannato. Ma la realtà è diversa: i vent'anni di sofferenza di Miles sono stati soltanto una perfetta ricostruzione proiettata nella sua mente nell'arco di poche ore, ma le esperienze, i traumi e i ricordi sono così vividi e realistici che Miles non riesce più a trovare un equilibrio, tanto che sta meditando il suicidio

Jake non riesce a credere ai suoi occhi quando, entrando nel suo alloggio, trova il padre che sta conversando con una donna in tutto e per tutto identica a sua madre. Benjamin gli spiega che si tratta di Jennifer, il doppio proveniente dall'universo parallelo. Sisko viene chiamato ad altri compiti e lascia i due da soli. Quando torna, nell'alloggio non c'è più traccia né di Jake, né di Jennifer, c'è solo uno strano apparecchio che probabilmente una volta attivato lo condurrà "dentro lo specchio". Per salvare suo figlio, il capitano si tuffa senza esitazione nel pericoloso universo parallelo...

Lwaxana Troi torna su Deep Space Nine, decisa a chiedere aiuto a Odo su una questione molto delicata. La donna è incinta, ma sa già che il neonato, essendo un maschio, sarà allontanato da lei subito dopo il parto. Secondo le rigide leggi del pianeta di suo marito, le donne possono allevare solo le bambine, mentre l'educazione dei maschi spetta agli uomini. Intanto Jake incontra una strana donna che ha il potere di esaltare il suo talento di scrittore, che fino ad ora era rimasto latente in lui...

Odo e il Tenente Comandante Eddington hanno le prove che un agente dei Maquis opera usando come base Deep Space Nine. I loro sospetti sono concentrati su Kasidy Yates e il Capitano Sisko, nonostante il suo coinvolgimento emotivo, autorizza ulteriori indagini. La Defiant segue non vista la nave di Kasidy e assiste a un inequivocabile incontro con una nave maquis. I sospetti sono diventati certezze, una verità difficile da accettare...

Un proditorio attacco a Deep Space Nine distrugge un pilone di attracco. I responsabili sono dei Jem'Hadar ribelli alla ricerca di attrezzature tecnologiche che consentano loro di attivare uno dei portali che l'antico popolo degli Iconiani aveva dislocato in diverse parti dell'universo. Questi portali, il primo dei quali fu scoperto dal Capitano Picard della nave stellare Enterprise, consentono di coprire istantaneamente immense distanze. Per fermare i Jem'Hadar, Sisko si allea con altri Jem'Hadar rimasti fedeli ai Fondatori...

La missione esplorativa nel Quadrante Gamma condotta da Kira, Jadzia e Bashir viene interrotta da una richiesta di soccorso. Il messaggio proviene da un pianeta massacrato da un terribile attacco dei Jem'Hadar avvenuto secoli prima. Da allora la gente è vittima di un virus che non lascia scampo e che conduce a una morte lenta e dolorosa. La piaga è il prodotto della scienza dei Fondatori, che vogliono in questo modo dimostrare cosa succede a chi osa ribellarsi al loro dominio. Il Dottor Bashir decide di impegnare tutte le sue forze e le sue conoscenze nel tentativo di trovare una cura...

Quark torna da un soggiorno su Ferenginar con una sconvolgente notizia: ha scoperto di avere la sindrome di Dorek e gli resta solo una settimana di vita per riuscire a sistemare i suoi affari. Intanto Kira, il Dottor Bashir e Keiko O'Brien tornano da una spedizione nel Quadrante Gamma dove la loro navetta ha avuto un grave incidente. Le due donne sono ferite, Kira in modo lieve, ma la situazione di Keiko è grave, tanto che il Dottor Bashir, per salvare la vita sia a lei che al bambino che porta in grembo, ha dovuto trasferire il feto nell'unico altro utero disponibile sulla navetta, quello di Kira Nerys...

Odo soffre di violenti disturbi che gli procurano dei forti dolori. Il Dottor Bashir individua una variazione nella densità del corpo del conestabile, ma non è in grado di stabilizzare le dolorose fluttuazioni. Sembra a questo punto che la sola possibilità di salvezza per Odo sia di recarsi nel Quadrante Gamma per rintracciare il nuovo pianeta dei Fondatori e unirsi al Grande Legame. I suoi amici ufficiali lo accompagnano a bordo della Defiant e la nave viene intercettata dai Jem'Hadar. La donna cambiante sale a bordo della Defiant e ne assume il controllo per condurre subito Odo sul nuovo pianeta dei Fondatori, senza rivelarne l'ubicazione ai solidi...