Kira Nerys muestra su preocupación por el limitado sistema defensivo de Espacio profundo 9 ante el temor de un posible ataque a gran escala por parte del Dominio, mediante sus fuerzas de asalto Jem’Hadar. Benjamin Sisko, por su parte, regresa a la estación a bordo de una nave experimental diseñada especialmente para enfrentarse en combate con los poderosos Borg: el USS Defiant.

Tras años de búsqueda, Odo encuentra el que resulta ser su planeta de origen, y descubre como todos los miembros de su especie conviven en completa unión. Mientras, el comandante Sisko tiene conocimiento de que la Federación está negociando un tratado de paz con el Dominio, representado por Borath, uno de los Fundadores.

Motivado por el riesgo en el que vive la estación Espacio profundo 9, el negocio va muy mal en el bar de Quark, que apenas tiene clientes. Un solitario klingon realiza más gasto del que puede permitirse, y cuando Quark se acerca para reclamarle el dinero, éste se suicida tras amenazar al ferengi con un cuchillo. La repentina aparición de una multitud interesada en lo sucedido hace que Quark vea un posible renacimiento de su local explicando que él mismo mató al klingon en autodefensa.

Jadzia Dax sufre una extraña alucinación cuando, tras encontrar un teclado musical, toca una familiar melodía, pese a no tener conocimientos musicales. Extrañada por las visiones, decide acudir al doctor Julian Bashir, que descubre que una sustancia neurotransmisora que une su mente con la del simbionte se encuentra en su organismo en cantidades extremadamente bajas, pudiendo estar en peligro su unión.

En un viaje rumbo a Bajor, la mayor Kira es secuestrada, despertando poco después en Cardasia, donde se ve transformada en una cardasiana. Ante su sorpresa y repulsión, un oficial cardasiano llamado Entek le informa que ella es en realidad una cardasiana que fue infiltrada en territorio bajorano para investigar a sus enemigos.

Sisko, O'Brien y Jake se encuentran atrapados en una antigua zona de Espacio profundo 9 en la que se trataban los minerales obtenidos, tras activar accidentalmente un sistema de seguridad cardasiano implementado para evitar posibles revueltas entre los esclavos trabajadores durante la ocupación. El resto de la tripulación, y ellos mismos, deberán buscar una forma de salir de allí.

Durante una misión de exploración del Cuadrante Gamma, Sisko, O'Brien, Dax y Bashir, a bordo del USS Defiant descubren la existencia de un planeta en un lugar en el que no se había detectado nada en exploraciones anteriores. Al descubrir formas de vida en la superficie deciden descender y una vez allí sus habitantes les explican que su planeta, Meridian, cambia constantemente de dimensión, pasando la mayor parte del tiempo en un universo en el que ellos existen tan solo como consciencia.

El comandante William T. Riker llega a bordo de Espacio profundo 9 para visitar la estación. La mayor Kira decide ser su anfitriona en una visita a las instalaciones y a la nave USS Defiant. Una vez allí, sin embargo, Riker ataca a Kira. Tamal y Kalita, dos colaboradores de Riker suben a bordo inmediatamente después y abandonan la estación a bordo de la nave.

Durante los preparativos previos a la celebración del festival bajorano de gratitud llegan a la base Vedek Bareil, que se reúne con Kira, y una agotada Keiko, a la que espera su marido Miles O'Brien. Por sorpresa para Odo, también llega la embajadora Lwaxana Troi, que continúa enamorada de él.

De viaje a la Tierra, Sisko, Bashir y Dax se ven afectados por un problema en el transportador, que los traslada al San Francisco del año 2024, donde Dax es separada de sus dos compañeros, que son capturados por la policía y llevados a una zona de la ciudad en la que la gente vive en condiciones de extrema pobreza.

Sisko, con la difícil misión de lograr que los acontecimientos históricos no sufran alteración ninguna por su visita al siglo XXI, se ve obligado a tomar el papel de Gabriel Bell, un héroe en su tiempo por proteger con su propia vida la de los rehenes durante unas revueltas sociales en demanda de oportunidades para todos.

Una nave bajorana en camino a Espacio profundo 9 sufre un terrible accidente, del que logra salir ilesa Kai Winn. Vedek Bareil, sin embargo, resulta gravemente herido, hasta el punto de ser considerado muerto. Antes de iniciar la autopsia, el doctor Bashir descubre una débil deñal de vida y, poniendo todo su esfuerzo en ello, logra revivir al bajorano.

Kira y Odo, a bordo de una lanzadera de largo recorrido, descubren que una nave Maqui estaba atacando una nave Lissepiana. Al iniciar la persecución, la nave rebelde se estrella en un satélite natural, en el que aterrizan la lanzadera para detenerlos. Poco después de iniciar su búsqueda a pie, Odo recibe una llamada de socorro de Kira, que se encuentra atrapada por una misteriosa roca que parece ir creciendo lentamente en torno a su cuerpo.

En los primeros pasos dentro del acuerdo de paz entre Cardasia y la Federación, dos científicos cardasianos acuden a EP9 para implementar un sistema de comunicación permanente entre la zona bajorana y el cuadrante Gamma. Vedek Yarka alerta al comandante Sisko de la proximidad de una antigua leyenda bajorana que anuncia la destrucción del agujero de gusano.

El Gran Nagus Zek visita a Quark en la estación Espacio profundo 9, con una importante noticia para comunicarle. La emoción inicial ante el anuncio de que Zek está preparando una revisión de las Reglas de Adquisición Ferengis se torna en desconcierto al descubrir Quark que las nuevas van totalmente en contra del código comercial de su planeta, en lo que parece un ataque de locura del Gran Nagus.

Un grupo de romulanos llegan a Espacio profundo 9 en virtud de un acuerdo alcanzado entre la Federación y el Imperio Romulano, por el cual equiparán el USS Defiant con un dispositivo de ocultación a cambio de poder obtener información confidencial acerca del Dominion. O'Brien, paralelamente, se ve afectado por unas radiaciones que le hacen sufrir extrañas visiones, que el doctor Bashir considera normales atendiendo a su estado.

Un alienígena llamado Altovar solicia a Bashir que éste le subministre una sustancia de uso restringido, a lo que el doctor se niega. Poco después descubre que Altovar está en la enfermería, tratando de robar la mencionada sustancia. Al verse acorralado, el ladrón ataca a Bashir con una extraña arma. Al recuperar la conciencia, descubre que está envejeciendo a un ritmo extremadamente acelerado.

El Comandante Sisko es abducido por el O'Brien del universo alternativo que un año atrás habían visitado Kira y Bashir. Una vez allí, O'Brien comunica a Sisko que su doble de ese universo, líder de la resistencia Terrana, había muerto, y que necesitan su colaboración para lograr sobreponerse ante ese duro golpe a sus planes.

Lo que inicialmente parece una explosión accidental en la sastrería de Garak pronto se descubre como un acto terrorista meticulosamente camuflado como un accidente. El cardasiano, sin embargo, continúa con su habitual secretismo ante las preguntas de Odo y Sisko sobre posibles sospechosos, lo que no facilita el descubrimiento del culpable o culpables.

Garak se une con su antiguo mentor, Enabran Tain, para realizar una misión para aniquilar a los Fundadores, líderes del Dominio, en una operación conjunta de la Orden Obsidiana cardasiana y el Tal Shiar romulano.

Sisko está entusiasmado ante la posibilidad de construir con sus propias manos una antigua nave bajorana de la que había obtenido los planos en un reciente viaje al planeta. Esta nave, de 800 años de antigüedad sirvió a los bajoranos para explorar su sistema estelar e incluso más allá. Una vez finalizada se enorgullecerá de realizar el primer viaje con la ayuda de su hijo Jake.

Quark recibe a Brunt en su bar, un miembro de la autoridad comercial ferengi, que le comunica que ha sido acusado como responsable de los actos de su madre, al ser el varón de más edad vivo en su familia. Al descubrir Quark que su madre ha roto las normas ferengis que prohíben a las mujeres hacer negocios, emprende rápidamente un viaje hasta Ferenginar.

Cuando el presidente del gobierno provisional de Bajor muere, Kai Winn ocupa su posición provisionalmente. Entre sus primeras decisiones, envía a Kira a su provincia natal, donde unos granjeros rechazan ceder parte de sus tierras. El líder de los granjeros, llamado Shakaar, formó parte de la resistencia bajorana en la ocupación cardasiana junto a la mayor.

Jadzia Dax ultima los preparativos del zhian’tara, un ritual trill por el cual logran transferir temporalmente las personalidades de los anteriores anfitriones del simbionte a otras personas, una forma de lograr acercarse más a la personalidad de cada uno al poder conversar directamente con ellos. Sisko, Kira, Bashir, Odo, Quark, O'Brien y Leeta le ofrecen su colaboración.

Sisko es promocionado oficialmente al cargo de capitán. En la fiesta de celebración el almirante Krajensky le informa de su primera misión como capitán: deberá llevarle a bordo del USS Defiant hasta el sector Tzenkethi, debido a un golpe de estado sufrido en el gobierno de ese imperio que pone en peligro la seguridad de los colonos que la Federación tiene a lo largo de la frontera con ellos. Durante el trayecto reciben una llamada de socorro de la colonia en el planeta Barisa Prime.