Benjamin Sisko revient sur la station avec un nouveau vaisseau : le Défiant, 1er vaisseau de Starfleet à être un vaisseau de guerre doté en plus d'un bouclier occulteur Romulien. Au départ prévu pour les Borgs, le projet a été abandonné vu la faible menace présente des Borgs. Si Sisko souhaite l'avoir avec lui, c'est principalement pour aller voir les Fondateurs dans le quadrant Gamma, ces mêmes Fondateurs qui sont les chefs du Dominion.

Benjamin Sisko s'est échappé avec le docteur Bashir à bord d'une navette à la dérive. Ils sont secourus par Miles O'Brien et Jadzia Dax qui leurs annoncent une très bonne nouvelle car la Fédération est en pourparler de paix avec les Fondateurs sur la station. Pendant ce temps, Odo ravi d'avoir retrouvé les siens en compagnie de Kira Nerys dans le quadrant Gamma, apprend qu'il a été exilé comme 100 autres enfants, exprès par son peuple, juste pour pouvoir en apprendre plus de la galaxie des "solides" dont ils ont été exclus. De son côté Sisko déchante vite quand il s'aperçoit que l'accord de paix est en fait une absurdité et que la station commence à ressembler à un champ de bataille.

Quark tue accidentellement un Klingon saoul dans son bar. Au début pour se vanter, ensuite pour ne pas se faire assassiner par les Klingons en représailles, Quark fait croire qu'il a vaillamment luté et sauvagement tué ce Klingon. À la suite de cela, et comme le mort n'avait pas d'héritier, Quark se fait enlever par la veuve et est obligé de se marier avec elle sur la planète des Klingons. Pendant ce temps et à cause de l'élection de la nouvelle Kai Bajorane, l'école n'ayant plus que 2 élèves, est fermée, ce qui contrarie Miles O'Brien car sa femme se retrouve sans activité.

Depuis qu'elle a entendu une musique dont elle ne se souvient plus de la provenance, Jadzia Dax se comporte étrangement et a des hallucinations. À la suite de cela le docteur Julian Bashir l'examine et décide de la ramener sur la planète Trill car elle risque de perdre son symbiote. Selon toute probabilité, cela serait dû à un ancien hôte de Dax.

Kira Nerys reçoit une communication des autorités pénitentiaires bajoranes lui demandant des informations concernant son incarcération pendant l'occupation cardassienne, ce que Kira réfute. Plus tard, Kira dit se rendre sur Bajor pour de plus amples informations et se réveille peu de temps après sur Cardassia où elle apprend qu'elle est en fait elle-même cardassienne et qu'elle travaillait en tant qu'espionne avec de faux souvenirs.

En achetant à bon marché des débris d'un vaisseau spatial du quadrant Gamma au marché noir à l'une de ses contact, Quark trouve un bébé parmi ceux-ci. Or il se trouve que c'est un enfant Jem'hadar et qu'il grandit anormalement vite. Parallèlement, le commandeur Sisko semble se plaindre que son fils grandit trop vite lui aussi.

Un ancien code de défense Cardassien est activé par erreur par Miles O'Brien, ce qui le piège avec Jake et Benjamin Sisko dans une ancienne partie de la station pour les mineurs Bajorans. Même les anciens de Terok Nor comme Odo, Quark ou Garak ne connaissent pas le code de désactivation de ce piège. Cela empirant avec le temps, c'est tout le personnel de la station qui est en passe de risquer leurs vies du fait de cette sécurité obsolète.

En visitant le quadrant Gamma, l'équipage du vaisseau Defiant tombe sur une planète multidimensionnelle aux gens très accueillants qui hélas ne restent que très peu de temps dans cette dimension et sous cette forme humanoïde. D'autant plus regrettable que Jadzia Dax tombe amoureuse d'une de ces personnes. Pendant ce temps, sur la station, Quark qui a promis à un étranger amoureux de Kira Nerys de l'inclure dans un programme de la holo-suite, cherche un prétexte pour amener Kira à y participer pour pouvoir la dupliquer.

Alors que Kira Nerys montre le vaisseau "Défiant" au commandeur William T. Riker en visite sur la station, Riker utilise son arme contre elle et en profite pour voler le vaisseau. Il s'avère rapidement que ce n'était pas le vrai Riker, mais son double, qu'il fait partie du Maquis et qu'il a l'intention d'attaquer les Cardassiens.

Alors que la fête Bajorane du "renouveau" bat son plein sur la station, et que Lwaxana Troi, Vedek Bareil et Keiko O'Brien sont en visite arrivant de Bajor exprès pour cette occasion, une atmosphère de plus en plus érotique flotte dans les airs et affecte à peu près tout le monde sauf les couples officiels dont les partenaires cherchent d'autres personnes dont elles semblent tomber rapidement amoureuses.

Un problème avec le téléporteur du "Défiant" envoie Benjamin Sisko, Julian Bashir et Jadzia Dax sur la Terre en 2024. Alors que Jadzia évolue dans la haute société, Sisko et Bashir sont envoyés dans les ghettos et changent sans le faire exprès le passé, ce qui supprime Starfleet de la ligne du temps.

Participant à une prise d'otage, le docteur Bashir aide le commandeur Sisko à se faire passer pour un martyr de l'époque, héros d'une révolution. Pendant ce temps, Miles O'Brien et Kira Nerys recherchent activement les 3 disparus.

Un vaisseau de Bajor arrive en perdition à la station, à son bord se trouve Vedek Bareil très gravement blessé. Kai Winn qui était aussi à bord se demande s'il s'agit d'un sabotage car ils avaient rendez-vous avec des Cardassiens pour entamer un traité de paix avec Cardassia.

De retour d'une mission en navette, Odo et Kira Nerys voient sur leurs détecteurs un vaisseau rebelle qui semble être du maquis. Ils décident de le prendre en chasse et se posent sur une lune du secteur pour en savoir plus. En inspectant les grottes, Kira se trouve prise au piège dans un étrange bloc de cristal qui ne cesse de s'envelopper rapidement autour d'elle au point de l'englober totalement et risquer de la tuer. Odo essaye de la sauver par tous les moyens. Pendant ce temps sur la station, Nog offre une somme d'argent à Benjamin Sisko pour que celui-ci prenne en compte sa candidature à Starfleet. L'idée d'un Ferengi à Starfleet, plait beaucoup à Jadzia Dax, même si elle se trouve surprise que ce soit Nog.

Alors que des scientifiques Cardassiennes doivent venir sur la station pour aider à poser un relai trans-subspatial pour communiquer avec le quadrant Gamma, une délégation religieuse Bajorane intervient pour demander au commandeur Sisko de ne pas les recevoir sous peine de la destruction du vortex donné par la 3e prophétie.

Le Grand Nagus Zek arrive sur la station et prend possession de l'appartement du Quark pour faire un livre sur les nouvelles "devises de l'acquisition". Or, rien ne plait à Quark qui est non seulement obligé de cohabiter avec son frère, mais en plus, dont les nouvelles devises ne sont plus axées sur le profil mais sur l'honnêteté. Pendant ce temps, le docteur Bashir est nommé pour le titre de meilleur médecin pour le prix "Carrington", et ce, à son corps défendant.

Après qu'un tube à plasma a explosé à côté de Miles O'Brien, celui-ci voyage à travers le temps pour de courtes périodes et voit ce qui va arriver 5h00 avant. Hélas, les visions de son avenir et celui de la station sont de pires en pires et tout semble désigner un groupe de Klingons. Pendant ce temps, une délégation Romulienne arrive à la station afin de mener une enquête et d'en apprendre encore plus sur le Dominion.

Alors que Julian Bashir déjeune avec Elim Garak, il lui fait part qu'il n'apprécie pas d'avoir 30 ans dans quelques jours et que vieillir ne lui fait pas plaisir. C'est alors que Quark lui demande un gel interdit pour un client extraterrestre du nom d'Altovar, ce que Julian s'empresse de refuser. Le déjeuner terminé, le docteur rejoint son infirmerie et prend sur le fait cet extraterrestre en train de voler le gel. Il tente de s'interposer, mais Altovar emet de ses mains un courant électrique qui fait s'écrouler le docteur. Plus tard en se réveillant, le docteur découvre une station presque déserte et quasiment en panne. Tout cela ne serait presque rien si le docteur n'entendait pas des voix lointaines et s'il ne vieillissait pas à très grande vitesse au fil du temps. La faute à un virus, au Dominion ou à Altovar ?

Sisko est enlevé par un double d'O'Brien, qui l'entraîne dans un univers parallèle. Dans ce monde que Kira et Bashir ont visité un an plus tôt, le double de Sisko était le chef du mouvement rebelle qui s'opposait à l'Alliance Klingons-Cardassiens. Il a été assassiné et O'Brien veut que Sisko se fasse passer pour lui...

Elim Garak est victime d'un attentat, Odo tente de trouver celui qui en veux à la vie de Garak mais lui et le docteur Julian Bashir doivent naviguer au milieu des mensonges et demi-vérités du tailleur.

Après la fin de l'épisode précédent Cause improbable Garak semble avoir rejoint le camp d'Enabran Thain. La flotte Cardasso-Romulienne franchit le vortex dans le but de son opération coup de poing contre le Dominion. Odo reste prisonnier, confiné dans ses appartements entourés de champs de force.

Quark et Rom partent sur Ferenginar, la planète mère Ferengi, car leur mère est accusée par le MCF (Ministère du Commerce Ferengi) de faire du profit. Dans la station, la vie continue et Jake Sisko essaie de jouer les entremetteurs amoureux pour son père.

Kira Nerys est envoyée en mission spéciale sur Bajor pour arrêter l'ancien chef de sa cellule de résistance qui est à la tête d'un groupe terroriste luttant contre la nomination de Kai Winn au poste de Premier ministre du gouvernement provisoire de Bajor.

Jadzia Dax doit faire face aux sentiments respectifs qu'elle éprouve face aux précédents hôtes de Dax lorsqu'elle doit procéder à un ancien rite trill au cours duquel elle confie les souvenirs des anciens hôtes de son symbiote à ses amis. Les choses se compliquent lorsque Odo fusionne avec les souvenirs de Curzon et refuse de les restituer à Jadzia.

Le Défiant est saboté par un Fondateur dont le but est de déclencher une réaction en chaîne devant aboutir à une guerre destructrice dans le quadrant Alpha. Mais il s'agit en fait du prélude à l'invasion du Dominion...