Tutte le potenze del Quadrante Alfa concordano nel considerare molto serie le minacce del Dominio. Kira è preoccupata perché le difese della base Deep Space Nine non sono state concepite per resistere a un attacco prolungato. Al Comandante Benjamin Sisko viene affidata la nave stellare sperimentale Defiant, che la Flotta aveva concepito per combattere i Borg. Gli ordini sono di recarsi nel Quadrante Gamma, trovare i Fondatori e gettare le basi per una pace duratura. Se questo non fosse possibile, la Defiant, con i suoi pesanti armamenti, potrà dare una dimostrazione della determinazione della Flotta Stellare a difendere la base e l'intero Quadrante Alfa...

Odo viene accolto con gioia dai suoi simili e un rappresentante dei mutaforma lo invita a sperimentare nuove forme per avvicinarsi al Grande Legame che unisce i cambianti. La presenza di Kira invece non è troppo gradita: la Bajoriana viene guardata con sospetto, in quanto forma di vita solida. Intanto su Deep Space Nine sono in corso le transazioni per stipulare un trattato di pace fra la Federazione, le altre potenze del Quadrante Alfa e il Dominio. Inesplicabilmente i Romulani sono stati esclusi da ogni trattativa e quando Sisko protesta presso l'Ammiraglio Nechayev, viene sbrigativamente messo a tacere con argomenti poco convincenti...

Da quando i Fondatori sono diventati una minaccia reale, la stazione è poco frequentata e gli affari di Quark ristagnano. L'unico cliente rimasto nel locale è Kozak, un Klingon ubriacone e violento che si rifiuta di pagare. Quando un esasperato Quark gli ordina di saldare il conto, il Klingon estrae un coltello, ma è troppo ubriaco e finisce per cadere sopra l'arma, morendo sul colpo. Grilka, la bellicosa vedova di Kozak, costringe Quark a seguirla su Qo'noS e a sposarla, secondo le usanze del suo popolo...

Durante una cena informale nell'alloggio del comandante, Jadzia Dax si mostra astiosa e insofferente nei confronti di tutti gli invitati. È soltanto l'inizio di una serie di disturbi che la porteranno a perdere il controllo e a vivere orribili allucinazioni. Il Dottor Bashir non riesce a fare nulla per lei, salvo constatare che i livelli del neurotrasmettitore che consente al simbionte e all'ospite di comunicare, sono molto bassi. Insieme a Sisko, la accompagna fino al pianeta dei Trill, dove viene scoperto che Jadzia sta sperimentando i ricordi di Joran Belar, un precedente ospite di Dax...

Il Maggiore Kira scopre il suo nome sul registro di una prigione cardassiana, ma lei non ricorda assolutamente nulla di questa sua presunta incarcerazione. L'idea di un errore burocratico sfuma di fronte alla testimonianza di un Bajoriano che giura di ricordarsi di lei come sua compagna di prigionia. Decisa a vederci chiaro, Kira parte con una navetta, diretta a Bajor, ma lungo il tragitto viene narcotizzata e rapita. Al risveglio, un anziano Cardassiano le porge il bentornato e guardandosi allo specchio Kira scopre con orrore che il suo volto è quello di una Cardassiana...

Su un relitto che proviene dal Quadrante Gamma e che Quark ha da poco acquistato viene rinvenuta una camera di stasi contenente un bambino umanoide nato da pochi giorni. Il Dottor Bashir se ne prende cura, scoprendo nel trovatello un metabolismo molto accelerato, tanto che in poche ore il neonato raggiunge lo sviluppo di un bambino di otto anni. Ma non è l'unica sorpresa: il nuovo arrivato è un ingestibile Jem'Hadar, che come tutti i suoi simili è stato creato in laboratorio con un unico scopo: combattere...

Il Capo Miles O'Brien, assistito da Sisko e da suo figlio Jake, lavora al disarmo di una vecchia raffineria cardassiana su Deep Space Nine. Inavvertitamente avvia una procedura anti-sommossa, concepita per frenare eventuali ribellioni da parte dei lavoratori bajoriani. I tre rimangono intrappolati e dagli altoparlanti si scatena la voce di Gul Dukat che intima ai ribelli di arrendersi, o l'intera area sarà saturata con un gas mortale. Nessuno riesce a bloccare il dispositivo. L'unica soluzione è contattare Gul Dukat per annullare l'ordine...

A bordo della USS Defiant, l'equipaggio avvista un pianeta che sembra comparire dal nulla. I cordiali abitanti si annunciano amici e invitano la squadra a pranzare con loro. Durante la festa, la rappresentante della comunità spiega che il piccolo paradiso in cui vivono si sposta periodicamente da una dimensione incorporea a una materiale, insieme a coloro che lo abitano. Il pianeta Meridian è perciò visibile per un tempo limitato, soltanto dodici giorni, e quindi tornerà nell'altra dimensione, per rimanerci per ben ottant'anni...

Il Dottor Bashir ordina a Kira una giornata di assoluto riposo. L'arrivo del Comandante William Riker, proveniente dall'Enterprise, fornisce al maggiore l'occasione di seguire i consigli del medico, accompagnando Riker in una visita guidata della base, cominciando dalla nave stellare Defiant, fonte di orgoglio per tutti gli ufficiali della stazione. Riker si mostra doverosamente colpito, ma poco dopo stordisce Kira con un phaser e convince Sisko di doversi allontanare da Deep Space Nine perché la Defiant rischia di esplodere...

Il pianeta Bajor celebra la Festa della Gratitudine e anche su Deep Space Nine fervono i preparativi per questa ricorrenza. Keiko e Molly tornano dopo due mesi ad abbracciare Miles O'Brien, ma la loro non è l'unica visita importante: in qualità di ambasciatrice di Betazed, torna sulla stazione l'imprevedibile e affascinante Lwaxana Troi che non vede l'ora di riabbracciare il suo caro amico Odo. Poco dopo l'inizio della festa, Lwaxana viene colpita da un violento mal di testa e, nello stesso momento, anche Vedek Bareil e Jake Sisko subiscono la stessa dolorosa esperienza...

Gli ufficiali di Deep Space Nine sono sulla Defiant e si dirigono verso la Terra per stilare un rapporto sulla difficile situazione nel Quadrante Gamma. Durante il teletrasporto si verifica un'anomalia che spedisce Sisko, Bashir e Jadzia indietro nel tempo, nella San Francisco del XXI secolo. Mentre i primi due vengono scambiati per dei vagabondi e accompagnati dalla polizia nella zona riservata ai senzatetto, Jadzia viene soccorsa da Chris Brynner, un miliardario che le procura i documenti necessari a vivere nel 2024...

Una nave bajoriana attracca su Deep Space Nine. A causa di un incidente, i condotti di plasma saltano e solo grazie al tempestivo intervento degli uomini della sicurezza Kai Winn viene tratta in salvo, praticamente incolume. Vedek Bareil invece è gravemente ferito. I due eminenti Bajoriani dovevano intraprendere delle trattative di pace segrete con i Cardassiani. Il Dottor Bashir tenta il tutto per tutto e riesce a rianimare Bareil, ma gli raccomanda assoluto riposo. Purtroppo il Vedek è indispensabile alle trattative e Kai Winn insiste perché si rimetta subito al lavoro...

Kira e Odo stanno tornando da una missione quando ricevono la chiamata di una nave lissepiana che è stata attaccata dai Maquis. La navetta si lancia all'inseguimento dei ribelli e arriva su una luna sconosciuta, sconvolta da potenti scosse telluriche. Tutto fa pensare che i Maquis abbiano trovato rifugio in una delle numerose caverne presenti e la navetta atterra sulla luna deserta. Durante la perlustrazione di una grotta, il piede di Kira rimane intrappolato in una strana formazione rocciosa. Odo tenta di liberarla, ma i suoi sforzi sono vani. Non solo la roccia sembra indistruttibile, ma cresce, avviluppando lentamente tutta la gamba di Kira...

Bajor e l'Impero Cardassiano tentano la prima collaborazione dopo la firma del trattato di pace. Due scienziate cardassiane intendono sperimentare un trasmettitore in grado di permettere le comunicazioni anche attraverso il tunnel spaziale e per farlo devono lavorare su Deep Space Nine insieme a rappresentanti bajoriani e Federali. Sisko è felice di questa grande occasione, ma l'anziano Vedek Yarka gli racconta di un'antica profezia, secondo cui il Tempio dei Profeti verrà distrutto quando tre vipere torneranno nel loro nido nel cielo. Il comandante gli fa notare che se pensa che le vipere siano le scienziate cardassiane non c'è pericolo, visto che sono soltanto due. Ma poco dopo giunge su Deep Space Nine una terza presunta "vipera"...

N.B.: Nell'episodio tradotto in italiano viene erroneamente chiamato "runabout" un ben più piccolo shuttlepod (una sorta di scialuppa) lanciato dall'hangar della nave stellare Defiant. Questo errore non è presente in Inglese.

Il Grande Nagus Zek giunge su Deep Space Nine. L'anziano Ferengi ha appena terminato di redigere le nuove Regole dell'Acquisizione destinate a cambiare per sempre la vita di tutti i Ferengi e vuole che siano proprio Quark e Rom ad avere l'onore di essere i primi a leggerle. I due fratelli pensano di approfittare di questa occasione per carpire qualche segreto al Grande Nagus, ma restano inorriditi leggendo la prima delle nuove regole che recita: "Se qualcuno rivuole il suo denaro, daglielo"...

Miles O'Brien sta tentando di convincere Quark a fornire il suo locale di un gioco di freccette, ma il Ferengi non è molto convinto che un simile passatempo possa essere considerato divertente. Mentre Miles gli sta spiegando le appassionanti regole del gioco, si ritrova improvvisamente sulla passeggiata e dalla balaustra può osservare se stesso mentre tenta di convincere Quark a fornire il suo locale di un gioco di freccette...

Bashir sorprende nell'infermeria di Deep Space Nine un umanoide che sta rubando del gel biomimetico, sostanza la cui vendita è assolutamente proibita. L'alieno aggredisce il dottore, tramortendolo con una violenta scossa bioelettrica e al risveglio Bashir scopre di trovarsi in una stazione buia e apparentemente deserta, in cui funzionano solamente i supporti vitali indispensabili. Durante la sua perlustrazione incontra Garak e un Quark terrorizzato. Una strana e inquietante presenza si aggira sulla base...

Miles O'Brien rapisce il Comandante Sisko, costringendolo a seguirlo su una navetta. Una volta giunto a bordo, Sisko si rende conto di trovarsi nell'universo dello specchio scoperto dal Capitano Kirk e visitato per errore un anno prima da Kira e Bashir. Miles O'Brien vuole che Sisko impersoni il suo alter ego dell'universo alternativo, per convincere una scienziata terrestre a lavorare per i ribelli. La scienziata è Jennifer Sisko, che in questo universo è ancora viva, ma disprezza il suo ex marito..

Una improvvisa esplosione distrugge la sartoria di Garak. La causa sembra essere un sovraccarico di energia a un condotto del plasma, ma nonostante Garak affermi di non avere nemici, Odo non crede all'ipotesi dell'incidente e riesce a provare che si è trattato di una bomba. Ulteriori indagini fanno pensare che dietro l'attentato ci siano i Romulani, ma il movente è oscuro. Odo scopre anche che cinque ex membri dell'Ordine Ossidiano, il più potente servizio segreto di Cardassia, sono morti proprio lo stesso giorno in cui è avvenuta l'esplosione nel negozio di Garak...

Odo e Garak si trovano su un vascello romulano in compagnia di Enabram Tain, che fu il capo dell'Ordine Ossidiano ai tempi dell'occupazione di Bajor. Garak accetta di tornare a servire Cardassia e il primo, difficile compito che gli viene assegnato consiste nell'usare ogni mezzo per nell'estorcere a Odo, con qualunque mezzo, informazioni sui Fondatori. A questo scopo Enabram Tain consegna a Garak uno speciale strumento che impedisce ai mutaforma di trasformarsi e di tornare al loro stato naturale...

Benjamin Sisko è di ritorno da una visita al più importante museo tecnologico di Bajor, dove è venuto a conoscenza di una leggendaria impresa. I Bajoriani sostengono infatti che i loro avi raggiunsero il pianeta Cardassia ben ottocento anni prima, volando su una nave spaziale a vela, sospinta dai venti solari. Sull'onda dell'entusiasmo, il comandante decide di costruire una copia esatta del vascello solare, facendo uso esclusivamente dei mezzi che gli antichi Bajoriani avevano a disposizione, e di tentare di ripetere l'impresa. Vorrebbe coinvolgere Jake nel progetto, ma il ragazzo non mostra molto entusiasmo...

Il bar di Quark è colmo di avventori e la serata si preannuncia piena di profitti, quando si presenta Brunt, un ispettore del commercio ferengi per controllare i conti del locale. Quark è accusato di non aver sorvegliato a dovere sua madre Ishka che sembra avere concluso transazioni d'affari, traendone un notevole profitto, nonostante tali attività siano tassativamente precluse alle femmine. Un'altra sgradita sorpresa aspetta Quark e Rom quando arrivano a Ferenginar: contro ogni legge e ogni buon senso, Ishka indossa degli abiti. Quark ha tre giorni di tempo per ottenere una confessione da sua madre...

Le preghiere che Kira recita nel suo alloggio per il compianto Bareil vengono interrotte da Sisko con una spiacevole notizia. Il Primo Ministro di Bajor è appena deceduto e, in attesa di procedere alle votazioni per eleggere un sostituto, Kai Winn ricoprirà lei stessa la carica vacante. La Kai vuole che Kira si rechi a Bajor per convincere alcuni contadini a restituire delle attrezzature agricole. Il capo di questi disobbedienti è Shakaar, l'uomo che comandava la cellula della resistenza a cui anche Kira apparteneva. Per il bene di Bajor, Kira accetta a malincuore di andare a litigare con un amico...

Dax sta per sottoporsi al rito dello zhian'tara che le consentirà di incontrare i suoi ospiti precedenti. Sotto la guida di un guardiano dei Simbionti, la memoria di ciascun ospite verrà trasferita nel corpo di altrettanti volontari. Per un'esperienza tanto preziosa e particolare Jadzia chiede la collaborazione dei suoi più cari amici. L'ospite più difficile da trattare, il violento Joran, entrerà nel corpo di Sisko, mentre Odo ospiterà Curzon, a cui Jadzia vuole porre una domanda che la tormenta da tempo...

Benjamin Sisko è stato promosso Capitano e tutti sulla stazione lo stanno festeggiando. Al termine della cerimonia, Sisko viene informato da un ambasciatore che sul pianeta degli Zenkati ha appena avuto luogo un colpo di Stato. Le comunicazioni sono difficili e l'ambasciatore chiede al neo capitano di recarsi sul luogo con la Defiant per verificare la situazione. Subito dopo la partenza viene scoperto a bordo dell'astronave un dispositivo alieno che danneggia i sistemi e ben presto risulta chiaro che un Fondatore si è infiltrato sulla Defiant e sta tentando di prenderne possesso...