Lo que debía ser un viaje padre-hijo de Benjamin y Jake Sisko se estropea con la presencia de Quark y Nog. Poco después de acampar el grupo en un planeta inhabitado del Cuadrante Gamma, Sisko y Quark encuentran a una alienígena que, asustada, les comunica que está huyendo de un grupo de soldados Jem’Hadar, que repentinamente aparecen capturándolos a los tres.

Durante el viaje a bordo de una lanzadera de largo recorrido que debía llevar a Miles O'Brien y su esposa Keiko a unas merecidas vacaciones, la nave es detenida por un crucero cardasiano, cuyos tripulantes detienen a Miles y lo trasladan hasta Cardasia Prime, sin comunicarle el motivo de su apresamiento.

Después de un largo proceso, Bajor está a punto de elegir el que será su nuevo líder espiritual, puesto para el que parte con clara ventaja Vedek Bareil, que había sido designado por Kai Opaka como su sucesor natural. Vedek Winn es la única persona que puede interponerse en su elección como nuevo Kai.

Tras sufrir dificultades técnicas en su regreso a través del agujero de gusano a bordo de una lanzadera, Kira y el doctor Bashir descubren que han aparecido en un universo alternativo, en el que una doble de la bajorana dirige la estación.

Durante el almuerzo semanal que comparten el doctor Bashir y Garak, el sastre cardasiano parece sufrir algún tipo de indisposición aguda, sin embargo rechaza toda la ayuda que el doctor trata de dispensarle. Poco después Bashir recibe un aviso de Quark, que le comunica que Garak está en su bar en un pésimo estado. A la llegada del doctor, Garak pierde el conocimiento tras claras muestras de dolor.

El teniente comandante Cal Hudson comunica a Sisko su firme intención de abandonar la Flota Estelar para unirse a los rebeldes Maquis, en su lucha contra los cardasianos, a los que acusa de estar introduciendo grandes cantidades de armas en la zona desmilitarizada.

Una nave cardasiana estalla durante las maniobras para abandonar Espacio profundo 9. Ante el descubrimiento de que no se trata de un accidente, el frágil alto el fuego entre la Federación y la Unión Cardasiana parece peligrar, por lo que la Flota Estelar envía al teniente comandante Cal Hudson, viejo amigo de Sisko. Éste descubre que los colonos que quedaron en territorio cardasiano tras el acuerdo de paz se sienten abandonados por la Federación.

Kor, Koloth y Kang, tres guerreros klingons con una fama irrefutable, llegan a bordo de Espacio profundo 9 con la intención de reunirse con su viejo colega Curzon Dax. Su sorpresa será mayúscula al descubrir que el viejo Curzon Dax es ahora la atractiva Jadzia.

Mientras Odo investiga sobre los rumores que apuntan que Quark podría haberse hecho con un pequeño dispositivo de ocultación, una dañada nave cardasiana solicita ayuda a EP9. Sisko autoriza a sus tres pasajeros: el profesor Natima Lang y sus dos estudiantes a permanecer en la estación hasta que finalicen las reparaciones de su nave.

Dax recibe el encargo de evaluar a Arjin, un joven trill que desea poder hospedar en su interior a un simbionte. Ante la enorme fama de Dax y la fama de inflexibilidad de Curzon Dax, el joven muestra su temor a no parecer preparado para la unión.

Durante una exploración en el Cuadrante Gamma, Odo y Dax detectan emisiones procedentes de la superficie de un planeta inexplorado, por lo que se acercan para investigar su origen. Una vez allí encuentran una colonia de Yaderanos, que se encuentra bajo la protección de un ser llamado Colyus. Éste les explica las misteriosas desapariciones de los habitantes que están sufriendo últimamente, ante lo que ofrecen su ayuda para investigar el asunto.

Realizando una misión en busca de planetas de clase M situados en sistemas estelares cercanos al agujero de gusano, Sisko y O'Brien descubren la presencia de una colonia de humanos. Al transportarse a la superficie para establecer contacto con los habitantes, éstos les informan que llevan diez años allí y que desde su llegada no ha funcionado ninguno de los dispositivos electrónicos que llevaban.

Tras regresar de una misión en el sistema Paradas, O'Brien sospecha que tanto su esposa como el resto de gente que conoce están dispensándole un trato diferente al habitual. En poco tiempo será consciente de que no se trata de una mera suposición, y deberá buscar el motivo de esta situación.

Durante una guerra que se extendió durante siglos entre los T’Lani y los Kellerun crearon unas peligrosas armas de destrucción que el doctor Bashir y O'Brien deben lograr destruir. Para lograrlo se trasladan a un laboratorio en órbita de T’Lani III, que resulta atacado por un grupo de soldados Kellerun. Sisko recibe la falsa noticia de la muerte de sus dos oficiales por un error durante la investigación llevada a cabo.

El doctor Mora Pol, científico bajorano que estuvo al mando de las investigaciones sobre Odo después de su aparición, llega a EP9 anunciando que cree haber encontrado una pista sobre el origen del metamorfo, lo que dispara la curiosidad de éste ante su afán de descubrir sus raíces.

El jefe Miles O'Brien está considerablemente preocupado acerca de su edad y estado de forma física tras haber perdido claramente en un partido de frontón jugado contra el doctor Julian Bashir, y así se lo hace saber a su esposa Keiko. Bashir, por su parte, comenta la mala reacción que ha observado en el ingeniero tras perder, y duda de la conveniencia de aceptar jugar el partido de revancha.

Una nave alienígena de origen desconocido llega a través del agujero de gusano. Ante el inestable estado de la nave sus cuatro tripulantes son transportados a la estación, donde tratan de comunicarse sin lograrlo debido a las dificultades del traductor universal por descifrar su idioma. Cuando finalmente logran entenderse, informan que otros tres millones de Infirmary en el otro lado del agujero necesitan asistencia.

Durante la conmemoración del comandante Sisko del cuarto aniversario del fallecimiento de su esposa en el Promenade, encuentra una mujer llamada Fenna, que entabla conversación con él, y que desaparece poco después tan misteriosamente como había aparecido.

Pallra, una mujer bajorana logra convencer a Quark para que busque en su bar la caja fuerte que supuestamente su último marido ocultó allí durante la ocupación cardasiana. El ferengi, esperando encontrar un tesoro de gran valor inicia la búsqueda por la noche y a escondidas, pero su sorpresa llega cuando descubre que la caja tan solo contiene una lista de nombres bajoranos.

Quark recibe de parte del Gran Nagus Zek la importante noticia de su designación como encargado de la expansión comercial ferengi en el Cuadrante Gamma. La primera negociación es con los Dosi, a los que Quark debe comprar una importante remesa de barriles de vino para establecer las primeras relaciones.

La alférez Melora Pazlar llega a bordo de EP9 con la misión de dirigir un equipo que cartografíe el inexplorado Cuadrante Gamma. Melora pertenece a la raza Elaysiana, una especie nativa de un planeta con una gravedad natural muy baja, lo que le obliga a utilizar una silla de ruedas y otras ayudas artificiales para poder valerse en el entorno normal. A su llegada a la estación, pronto deja bien claro que no espera ni quiere ningún tipo de trato especial por su condición.

Un joven cardasiano, de visita a la estación junto con su padre adoptivo, un bajorano, muestra una inesperada ira ante la presencia del sastre Garak, también cardasiano. El líder de la Unión Cardassiana, Gul Dukat, se pone en contacto con el comandante Sisko para investigar los motivos por los que un cardasiano está bajo la tutela de un bajorano.

A causa de una feroz tormenta de plasma es necesario desalojar EP9, quedando en ella tan solo el personal indispensable para asegurar su correcto funcionamiento. En ese momento, una nave alienígena dañada solicita ayuda, obteniendo autorización para estacionar en uno de los hangares.

A pocas horas de la llegada de las fuerzas bajornas a la estación Espacio profundo 9, Sisko decide permanecer a bordo, mientras el resto de personal de la Federación continúa desalojándola. El resto de oficiales de mayor graduación le comunican su intención de permanecer junto a él, con la esperanza de encontrar una vía de detener la expulsión.

El ministro Jaro de Bajor comunica al comandante Sisko su decisión de substituir a la mayor Kira como máxima representante de los bajoranos a bordo de EP9 por el recién rescatado líder militar Li Nalas, con lo que, además, se garantizaría la seguridad de éste ante la creciente inestabilidad política del planeta. El comandante de la Federación mostrará su descontento con la decisión.

Quark muestra a Kira Nerys un pendiente procedente de Cardasia IV que ésta reconoce inmediatamente como perteneciente a Li Nalas, un líder de la resistencia bajorana que se suponía muerto. Ante el descubrimiento Kira solicita autorización a Benjamin Sisko para realizar una arriesgada misión de rescate, que el comandante autoriza ante la aparición de anagramas alusivos al grupo terrorista El círculo en EP9, dada la posibilidad de que Nalas pueda dirigir un futuro pacífico de su pueblo.