席斯可遊走於貝久獨立後的複雜政局中，同時聽到謠傳，據說有個強大的文明，座鎮於蟲洞的另一邊。

In their second year together, the crew of Deep Space 9 face problems that will affect the galaxy forever. A Bajoran extremist group attempts to force the Federation out of the Bajoran system. The Cardassians are secretly supplying them with weapons, hoping to return to reclaim the planet and hold the Bajoran wormhole for the Cardassian Union. However, the greatest enemy of all is lurking beyond it.

Affecté au commandement de la station orbitale Deep Space Nine, Benjamin Sisko doit s'assurer du maintien de la paix sur la planète Bajoran, tout juste sortie d'une guerre entre les Bajorans et les Cardassiens.

În al doilea an împreună, echipajul Deep Space 9 se confruntă cu probleme care vor afecta galaxia pentru totdeauna. Un grup extremist bajoran încearcă să forțeze Federația din sistemul bajoran. Cardassienii le furnizează în secret arme, sperând să se întoarcă pentru a revendica planeta și a ține gaura de vierme bajorană pentru Uniunea Cardassiană. Cu toate acestea, cel mai mare dușman dintre toți pândește dincolo de el.

La segunda temporada de Star Trek: Espacio profundo nueve comenzó el 26 de septiembre de 1993 y finalizó el 12 de junio de 1994 con un total de 26 episodios.