Kira scopre casualmente che Li Nalas, eroe della resistenza bajoriana, è ancora vivo e si trova prigioniero in un campo di lavoro cardassiano. Sotto la guida di una persona tanto carismatica, Bajor potrebbe dimenticare le dispute e ritrovare finalmente la stabilità e la pace. Sisko è scettico, ma quando Odo gli mostra i graffiti che stanno comparendo sui muri della base e che rappresentano un cerchio, rivede la sua posizione. Il "Cerchio" infatti è una fazione di estremisti bajoriani che vorrebbero estromettere gli stranieri dal pianeta e ora anche da Deep Space Nine. Il comandante affida una navetta a O'Brien e Kira, cui raggiungere il campo di lavoro cardassiano e tentare di liberare Li Nalas...

Le azioni del "Cerchio" sono sempre più violente. Il Ministro Jaro richiama Kira Nerys sul pianeta e quando il Comandante Sisko protesta vigorosamente, replica che si tratta in realtà di una promozione e che lascerà sulla base l'eroe nazionale Li Nalas per sostituire il maggiore. Su Deep Space Nine i segni di insofferenza verso chiunque non sia bajoriano e verso il debole governo provvisorio si moltiplicano, tanto che la Flotta Stellare rischia di trovarsi coinvolta in una guerra civile. Intanto, sul pianeta, Kira accetta l'invito del Vedek Bareil a trascorrere qualche tempo nel monastero...

In seguito all'ultimatum dei militari bajoriani, Deep Space Nine viene evacuata. Mentre i civili vengono imbarcati su navette e messi in salvo, Sisko e i suoi ufficiali decidono di rimanere nascosti sulla base per affrontare i ribelli. Nel frattempo Dax e Kira tentano di raggiungere la sede del governo su Bajor per dimostrare che dietro alla violenta rivolta si nascondono in realtà i Cardassiani...

A causa di una tempesta di plasma, solo il personale indispensabile è rimasto sulla base stellare. L'equipaggio di un'astronave in difficoltà composto da due Klingon, una donna umanoide e un Trill viene tratto in salvo, ma le intenzioni dei nuovi arrivati non sono pacifiche. Il Trill, Verad, sostiene di avere trascorso tutta la sua vita preparandosi per accogliere un simbionte, ma di essere stato dichiarato non idoneo. Vuole impossessarsi del simbionte Dax e fuggire nel Quadrante Gamma attraverso il tunnel spaziale...

Quando si ritirarono da Bajor, i Cardassiani abbandonarono i loro orfani sul pianeta. Uno di questi, cresciuto da una famiglia bajoriana, arriva su Deep Space Nine in compagnia del suo padre adottivo. Il giovane aggredisce Garak, il sarto cardassiano che vive sulla base stellare. Gul Dukat si fa vivo non appena viene a sapere dell'incidente ed esige che Sisko svolga delle indagini. Il padre adottivo del ragazzo dichiara di amarlo come fosse suo figlio, ma non ha mai voluto nascondergli le atrocità perpetrate dai Cardassiani nei confronti dei Bajoriani. Mentre viene decisa la sua sorte e quella degli orfani cardassiani ancora su Bajor, il giovane viene affidato a O'Brien e Keiko...

Melora è un ufficiale della Flotta Stellare originaria di un pianeta a bassa gravità. Per riuscire a muoversi su Deep Space Nine è costretta a servirsi di una sedia a rotelle, messa a punto apposta per lei dal Dottor Bashir. Melora non accetta l'aiuto di nessuno, ostinatamente decisa a cavarsela sempre da sola, ma apprezza molto lo speciale alloggio preparatole da Bashir, che le permette di regolare la gravità. Per ringraziarlo accetta di cenare con lui e dopo la piacevole serata è subito chiaro che fra i due sta nascendo qualcosa di più di una semplice amicizia...

Il Grande Nagus torna su Deep Space Nine per proporre a Quark un affare commerciale da trattare nel Quadrante Gamma. È giunta l'ora per i Ferengi di farsi conoscere anche dall'altro lato del tunnel spaziale. Intanto Rom, il fratello di Quark, ha assunto un nuovo cameriere, un giovane ferengi di nome Pel, così accorto, preparato e ambizioso da indurre Quark a portarlo con sé in questa speciale missione. Se Quark sapesse che i lobi di Pel non sono altro che protesi e che si tratta di una femmina travestita, ne sarebbe sconvolto e scandalizzato. Infatti, secondo la legge ferengi, alle femmine non solo è proibito trattare affari, ma non possono neppure indossare abiti...

Quark viene incaricato da Pallra, una ricca vedova bajoriana, di prelevare una valigetta nascosta dietro a un pannello su Deep Space Nine. Il Ferenghi riesce nel suo intento, ma viene gravemente ferito da un misterioso individuo che fugge con la refurtiva. Per fare luce sull'intricata vicenda, Odo dovrà risalire con la memoria a quando, cinque anni prima, la stazione era in mano ai Cardassiani e il marito di Pallra venne assassinato. Per ordine di Dukat era stato proprio Odo a occuparsi delle indagini..

Sisko incontra sulla passeggiata una donna di nome Fenna e ne resta folgorato. Ma così come è arrivata, la donna svanisce senza lasciare tracce. I doveri di comandante della base impongono a Sisko di delegare le ricerche a Odo, mentre lui accompagna Dax e Bashir a conoscere il Professor Seyetik a bordo del vascello Prometeus. Il presuntuoso scienziato annoia a morte gli ufficiali, vantandosi della sua abilità nel riportare la vita su pianeti morti. Quando Seyetik presenta a Sisko sua moglie Nidell, il comandante non riesce a credere ai suoi occhi: si tratta della donna che lui ha conosciuto come Fenna...

Quattro profughi provenienti dal Quadrante Gamma approdano su Deep Space Nine. All'inizio sembra impossibile riuscire a comunicare con loro perché il traduttore universale non riesce a codificare il loro linguaggio, ma dopo un po' di tempo il capo dei quattro, una donna di nome Haneek, riesce a raccontare la triste storia della sua gente. Sfuggiti a un passato di guerre e dominazioni, ora cercano un luogo dove vivere in pace. Bajor corrisponde perfettamente alla descrizione della terra promessa indicata dalle loro scritture sacre...

Martus è un El Auriano che sfrutta ignobilmente la sua natura di paziente ascoltatore per truffare il prossimo. Venuto in possesso di un accattivante gioco d'azzardo, riesce a convincere una bella vedova a finanziarlo e apre un locale proprio di fronte al bar di Quark. A nulla valgono le proteste del Ferengi e in poco tempo Martus gli porterà via le ragazze Dabo, la clientela e addirittura Rom...

Odo riceve l'inaspettata e non molto gradita visita del Dottor Mora Pol, lo scienziato che al tempo del suo ritrovamento gli insegnò a comprendere il comportamento degli umani e a imitarne le sembianze. Il dottore convince Odo a seguirlo su un pianeta all'altro lato del tunnel spaziale, dove sono state trovate tracce di DNA molto simile a quello di Odo. Raggiunto il pianeta, la spedizione esplora alcune antiche rovine, finché viene rinvenuta una forma di vita che potrebbe essere un mutaforma...

Il Dottor Bashir e il Capo O'Brien hanno il compito di disinnescare una micidiale arma genetica per suggellare la pace tra due civiltà in guerra da secoli. A missione compiuta però una delle due fazioni rompe la tregua e uccide tutti gli scienziati impegnati nel disarmo. I due ufficiali della Flotta riescono a salvarsi per miracolo, ma gli ambasciatori delle due civiltà comunicano al Comandante Sisko che i due ufficiali sono rimasti uccisi per una svista commessa da O'Brien. Mentre sulla base tutti piangono la loro morte, Bashir e O'Brien riescono a teletrasportarsi su una base militare in disuso e cercano di riparare le apparecchiature per comunicare con Deep Space Nine...

Di ritorno su Deep Space Nine dopo una breve assenza, Miles O'Brien stenta a riconoscere i suoi compagni di lavoro. Sua moglie Keiko è cordiale, ma stranamente distante, cerca in tutti i modi di tenerlo lontano da Molly e si incontra segretamente con Sisko. Tutti i compiti più importanti sono stati assegnati ad altri e Sisko gli chiede di revisionare i piloni superiori, un lavoro di routine che O'Brien aveva già svolto prima di partire...

Durante una missione di routine, Sisko e O'Brien notano la presenza di un insediamento umano su un pianeta sperduto. Decisi a saperne di più, i due ufficiali si teletrasportano sulla superficie, dove incontrano un'efficientissima comunità composta dai superstiti di una nave stellare della Federazione scomparsa nel nulla dieci anni prima. Il capo della comunità, una donna volitiva di nome Alixus, spiega a Sisko e a O'Brien che sul pianeta la tecnologia non può funzionare e che quindi anche loro non potranno più mai più fare ritorno su Deep Space Nine...

Odo e Dax giungono su un pianeta del Quadrante Gamma creduto disabitato e trovano un insediamento umano. Vengono arrestati da Colyus, il protettore della colonia, con l'accusa di essere responsabili della sparizione di ventidue persone. Dopo avere provato la loro innocenza, Odo e Dax offrono il loro aiuto per fare luce sulle scomparse e Colyus li conduce da Rurigan, un uomo anziano la cui figlia è stata l'ultima persona a sparire. Testimone della scomparsa è la nipotina Taya, una bambina timida che, dopo un'iniziale diffidenza, si confida con Odo...

Arjin è un giovane Trill che aspira a diventare ospite di un simbionte e Jadzia Dax ha il delicato compito di valutare l'attitudine del ragazzo a compiere questo difficile passo. Ricordando quanto è stato difficile superare le aspettative di Curzon, Jadzia è decisa a dimostrarsi amichevole e ben disposta. Arjin, che si aspettava un giudice inflessibile e severo, non riesce a credere che un Trill già unito al suo simbionte si comporti con tanta leggerezza, giocando d'azzardo con i Ferengi e familiarizzando con il cuoco klingon...

Tre Cardassiani sfuggiti a un attacco da parte delle autorità del loro pianeta chiedono asilo su Deep Space Nine. Fra queste persone, Quark riconosce Natima, una donna con cui condivise una grande storia d'amore. Il Ferengi tenta ogni strada per riconquistarla, arrivando a prometterle di abbandonare tutto per seguirla, ma lei sembra non volerne più sapere. Senza farsi notare, Garak osserva nell'ombra...

L'arrivo di tre anziani Klingon getta la base nello scompiglio. I guerrieri sono giunti su Deep Space Nine alla ricerca di Dax e con loro grande meraviglia scoprono, al posto di Curzon, la bella e giovane Jadzia. Molti anni prima Curzon strinse un patto di sangue con i tre Klingon, giurò di uccidere il responsabile della morte dei loro figli primogeniti e ora Jadzia vuole tenere fede all'impegno preso dal precedente ospite del suo simbionte...

Una nave cardassiana in partenza da Deep Space Nine esplode all'improvviso. Esclusa l'ipotesi di un incidente, si affaccia l'eventualità di un attentato e le indagini conducono ad alcuni ribelli che abitano nella zona smilitarizzata. Grazie al trattato di pace, i coloni si sono ritrovati improvvisamente ad abitare un territorio cardassiano e non si sentono più protetti dalla Federazione. Secondo il Tenente Comandante Cal Hudson, un vecchio amico di Sisko, i coloni si stanno organizzando in una formazione armata e clandestina chiamata Maquis, per cacciare i Cardassiani...

I Maquis si dichiarano estranei all'attentato che ha distrutto l'astronave cardassiana su Deep Space Nine, ma rivendicano il rapimento di Gul Dukat. Hudson è ancora convinto che il suo vecchio amico Sisko non oserà procedere contro di lui, ma il comandante di Deep Space Nine è assolutamente deciso a far rispettare il trattato fra la Federazione e l'Impero Cardassiano...

Garak, il sarto cardassiano che lavora su Deep Space Nine, viene colpito da improvvise e violente emicranie. Il Dottor Bashir scopre che all'interno del cervello di Garak è stato impiantato un chip capace di scaricare nel suo corpo delle grandi quantità di endorfine. Questo impianto poteva risultare utile in caso di interrogatori, aiutando a sopportare le torture, ma ora si è guastato ed è necessario rimuoverlo al più presto...

Kira e Bashir stanno tornando da una missione, ma quando arrivano all'uscita del tunnel spaziale scoprono di trovarsi in un universo parallelo, dove il pianeta Bajor è alleato con i Cardassiani e con l'Impero Klingon. Gli uomini del disciolto Impero Terrestre sono costretti a lavorare come schiavi e una Kira Nerys ambiziosa e crudele comanda la base spaziale. Sembra che tutto questo sia dovuto all'interferenza avvenuta anni prima da parte di un certo Capitano James Kirk...

Su Bajor è il momento di eleggere il successore della compianta Kai Opaka. Il favorito è Vedek Bareil, che era stato prescelto personalmente dalla vecchia Kai, ma l'ambiziosa Vedek Winn sostiene che Bareil nasconde un grave atto criminoso, commesso durante l'occupazione cardassiana. Kira, che è sicura dell'innocenza del suo amante, indaga per scagionarlo e scopre che la chiave di tutto è un atroce massacro in cui persero la vita 43 Bajoriani della resistenza, compreso il figlio di Kai Opaka. Qualcuno aveva informato i Cardassiani del nascondiglio dei combattenti e Winn è convinta che sia stato Bareil...

Sisko sperava di effettuare una bella gita con suo figlio nel Quadrante Gamma, ma Jake invita il suo amico Nog. Lo zio Quark vuole assolutamente seguire il nipote e così questa male assortita compagnia si accampa su un pianeta deserto dall'altra parte del tunnel spaziale. I ragazzi si allontanano nei boschi e Sisko e Quark vengono catturati da esseri che dichiarano di essere dei Jem'Hadar. Prigioniera con loro, c'è una donna di nome Eris che spiega che gli spietati Jem'Hadar sono incaricati dal Dominio di fare rispettare la legge nel Quadrante Gamma...