Kira Nerys et Miles O'Brien partent en mission pour Cardassia IV pour rammener un ancien héros Bajoran, Li Nalas, retenu prisonnier, car lui seul pourra apporter la paix sur Bajor entre les factions politiques et religieuses. Ces mêmes factions ne cessent de semer de plus en plus le trouble sur la station.

Li Nalas est nommé officier de liaison sur la station et Kira Nerys revenue à la vie civile, passe du temps sur Bajoran en compagnie de Vedek Bareil celui qui selon toute probabilité doit devenir le prochain Kai. Sur la station, Odo est prévenu par Quark qu'un coup d'État mené par « le cercle » se prépare sur Bajor. Sisko décide de s'y rendre. Le Ministre Jaroh chef de la rebélion, quant à lui s'associe avec Vedek Winn qui souhaite par-dessus tout devenir la prochaine Kai.

Le commander Benjamin Sisko se prépare à faire évacuer la station à la suite de la guerre civile qui menace sur Bajor et à la suite des ordres de Starfleet, mais celui-ci a aussi un autre plan, sachant que les Cardassiens alimentent "le Cercle" en armes et que ce même "Cercle" est au commande du Ministre Jaroh qui déteste les Cardassiens. L'armée régulière de Bajor ignorant les intrigues politiciennes et aux commandes du Ministre Jaroh envahissent la station sabotée. Pendant ce temps, Jadzia Dax et Kira Nerys (qui a rejoint de nouveau la Fédération), tentent d'apporter les preuves impliquant les Cardassiens et la trahison du Ministre Jaroh au gouvernement provisoire.

Alors que la station a été en grande partie évacuée à la suite d'une tempête de plasma, l'équipage porte secours à un vaisseau spatial en perdition. Aussitôt arrivés, les 4 personnes du vaisseau prennent l'équipage réduit de la station en otage pour voler le symbiote de Dax.

Un incident politique mineur dégénère après qu'un enfant Cardassien adopté par les Bajorans, morde le tailleur Cardassien de la station, Elim Garak.

Une extraterrestre du nom de Melora est la première de sa race à intégrer Starfleet, mais la gravité sur sa planète étant nettement moins importante, doit se déplacer en fauteuil roulant sur la station pour sa toute première affectation. Melora et le docteur Julian Bashir tombent amoureux. Pendant ce temps, une vieille connaissance de Quark vient ouvertement pour le tuer.

Une femme Ferengi se fait passer pour un homme et aide Quark à passer un marché avec une race belliqueuse du quadrant Gamma. Hélas dans la société Ferengi, faire des bénéfices est strictement interdit chez les femmes qui se doivent d'être soumises.

Quark et Rom dérobent une boîte avec une liste de noms. Peu de temps après Quark se fait tirer dessus par le sbire d'une mystérieuse femme de Bajor. Rom effrayé rapporte alors l'histoire à Odo qui se souvient d'un meurtre non élucidé alors qu'il était sur Terok Nor sous le contrôle des Cardassiens et de Gul Dukat qui le nomma chef de la sécurité à cette occasion. C'est aussi à cette occasion que Odo fit la connaissance de Kira Nerys et de Quark.

Le commandeur Benjamin Sisko ne cesse de voir apparaitre et disparaitre une très belle femme mystérieuse du nom de Fenna et dont le charme ne le laisse pas insensible. Pendant ce temps, la station reçoit le Dr seyetik un "Terra-formeur" dont la réputation n'est plus à faire et qui souhaite relancer une étoile éteinte afin de lui redonner vie et de recréer un système solaire. Chose étrange, les deux affaires sont liées.

Une race inconnue du quadrant Gamma arrive avec un vaisseau en perdition sur la station, mais bizarrement le traducteur universel ne semble pas fonctionner pour cette race particulière. L'ordinateur arrive finalement à traduire leurs langue, et les officiers de la station apprennent que cette race est en danger après une autre race du quadrant Gamma, le Dominion. Bientôt une foule innombrable de cette nouvelle race envahie la station pour y trouver refuge.

Un nouveau rival s'installe en face du bar de Quark, et même son frère va travailler pour la concurrence. Pendant ce temps, Miles O'Brien dispute une sorte de squash du xxive siècle, contre le docteur Bashir et de toute évidence, il ne fait pas le poids.

Miles O'Brien et le docteur Julian Bashir sont tous les deux en mission sur une planète étrangère où deux races extraterrestres ont décidé de faire la paix. Pour ce faire ils ont besoin de supprimer définitivement un fluide mortel qui a décimé de nombreuses personnes pendant cette guerre. Hélas, tout le monde semble ne pas souhaiter la paix et pendant une attaque surprise, Miles O'Brien est touché par ce fluide.

Miles O'Brien fuit dans le quadrant Gamma et se remémore sur son journal de bord qu'à un de ses retours de mission, beaucoup de personnes sur la station semblaient différentes, même sa propre famille.

En exploration pour trouver une colonie proche du vortex dans le quadrant Gamma, Benjamin Sisko et Miles O'Brien se téléportent sur une planète entourée d'un champ empêchant toute technologie. Chose curieuse, un habitant reconnaît les uniformes de Starfleet.

Odo et Jadzia Dax en exploration dans le quadrant Gamma arrive sur une planète où les gens disparaissent mystérieusement. Odo et Jadzia décident d'aider les habitants à découvrir ce qui se passe. Pendant ce temps sur la station, Jake Sisko commence à travailler, sur la demande de son père sous la direction de Miles O'Brien, ce qui ne plait pas trop à Jake car il ne souhaite pas trop intégrer l'académie de Starfleet, et Vedek Bareil vient sur la station et se rapproche de Kira Nerys.

Un Trill doit passer du temps avec Jadzia Dax afin de savoir s'il est apte à recevoir un symbiote. Jadzia et lui vont faire un tour dans le quadrant Gamma et accroche une anomalie qui endommage l'une de leurs nacelles à plasma. De retour à la station, en analysant l'anomalie, les officiers s'aperçoivent que c'est un micro univers et qu'il ne cesse d'augmenter sa taille risquant de mettre la station et plus tard le système solaire Bajoran en danger.

Une cardassienne arrive sur la station avec un vaisseau en perdition à la suite d'une pluie de météore. Cette femme, se présente comme une professeur accompagnée de deux de ses élèves. À peine aperçoivent-ils Elim Garak, qu'ils essayent de s'enfuir de lui au plus vite. En fait cette femme est un ancien amour de Quark quand elle était sur Terok Nor comme agent de renseignement, et chose curieuse, son vaisseau a en fait été attaqué par un autre vaisseau cardassien.

Trois célèbres klingons âgés, arrivent sur la station, et en entendant leurs noms, Jadzia Dax se précipite pour les rencontrer. Curzon Dax a passé un pacte de sang il y a 80 ans avec ces hommes dont il était un ami proche, afin de se venger et de tuer un albinos. Les klingons considèrent que Jadzia n'a plus besoin de respecter ce pacte, mais Jadzia y tient, au moins pour se venger de cet albinos car il a tué chacun des premiers fils de ses trois amis.

Un vaisseau cardassien explose près de la station, et tout de suite après, il est prouvé qu'il s'agissait d'un sabotage. Un commandeur de Starfleet arrive sur la station et informe officieusement Benjamin Sisko que le traité passé entre les Cardassiens, les Bajorans et la Fédération est injuste et profite de trop aux Cardassiens qui ne sont même pas reconnaissants. Gul Dukat vient sur la station pour informer Sisko et l'emmener voir que dans la zone neutre du nouveau traité, les Cardassiens et la Fédération ont commencé à faire une guerre non officielle. En fait, les colons appartenant à la Fédération ont été priés de déménager pour faire place aux Cardassiens dans la nouvelle zone cardassienne.

Benjamin Sisko recherche toujours Gul Dukat qui s'est fait enlever sur la station et se rend compte que les personnes de pouvoir au sein de la Fédération sont complètement déconnectés de la réalité. Il retrouve enfin Dukat dans un repaire du Maquis, le libère avec l'aide d'Odo et lui sauve la vie, ne serait-ce que parce que le gouvernement Cardassien veut sa mort à la suite d'un trafic d'armes illégal. Dans ce sauvetage, Sisko fait des prisonniers, mais pas son ancien ami Calvin Hudson.

Un implant situé dans le cerveau de Garak le tue à petit feu et le docteur Bashir fait tout pour le sauver contre sa volonté. Ironie du sort, cet implant était fait pour que Garak ne souffre pas en cas de torture.

Alors que Kira Nerys et Julian Bashir reviennent du quadrant Gamma, un dysfonctionnement de leur vaisseau juste avant qu'il ne franchisse le vortex, se rétabli lors du passage dans le vortex, mais ce qu'ils voient en sortant les intrigues au plus haut point car la station n'est plus là mais de nouveau dans l'orbite de Bajor. Ils sont arrivés dans un univers alternatif.

Kira Nerys et Vedek Bareil étant désormais amants, Kira est certaine de la prochaine réussite de Vedek en tant que prochain Kai, ce dont il doute car ce qui préoccupe Vedek est le fait que l'Orbe de la prophétie, ne cesse de lui donner des images désastreuses de son avenir. Pendant ce temps, l'ancien agent de liaison de Bajor sur Terok Nor pour les Cardassiens, Kubus, est de retour sur la station et est aussitôt arrêté par Odo. Ce même Kubus accuse Vedek Bareil d'être responsable d'un massacre, ce que Winn Adami s'empresse de colporter.

Alors qu'il part en vacances avec sa femme avec une navette, Miles O'Brien se fait aborder par des Cardassiens qui l'accusent d'un crime dont il ignore tout.

Benjamin Sisko décide d'emmener son fils Jake faire un voyage d'étude sur une planète du quadrant Gamma, mais Jake veut emmener son ami Nog avec eux. Benjamin accepte mais au moment du départ, Quark s'invite officiellement pour servir de chaperon et officieusement pour demander un service à Benjamin. Hélas, lors de leurs première soirée, une femme extraterrestre apeurée, arrive au campement car elle fuit les Jem'Hadar qui arrivent rapidement. Ils capturent cette femme ainsi que Quark et Benjamin Sisko. En captivité, ils apprennent que cette race fait partie du Dominion et qu'ils ne souhaitent plus que des vaisseaux viennent dans le quadrant Gamma.