Kira und O’Brien befreien in einer aufregenden Rettungsaktion einen Volkshelden der Bajoraner: Li Nalas. Er war in einem cardassianischen Arbeitslager gefangen und verkörpert für viele die Hoffnung, dass endlich Bewegung in die laxe Regierung auf Bajoran kommen wird. Sisko hofft, mit dem beliebten Li die gefährlich nationalistische Gruppe „Der Kreis“ auf dem Planeten zu schwächen.

Die radikalen „Kreis“-Mitglieder sind auf der DS9 aktiv: Graffitis mit ihrem Symbol tauchen auf der Raumstation auf. Da wird Kira versetzt und Li Nalas übernimmt ihre Position als erster Offizier. Während sie noch packt, erfährt sie, dass sie in ein Kloster gehen soll. Dort hat sie eine Vision, die die guten Absichten von Minister Jaro sehr in Frage stellt. Was führt er im Schilde?

Die Bedrohung durch den radikalen „Kreis“ wächst. Alle Nicht-Bajoraner werden deshalb von der DS9 evakuiert. Doch die meisten Offiziere entscheiden sich zu bleiben und Sisko bei der Verteidigung zu helfen. Kira und Dax wollen beweisen, dass die Cardassianer und Minister Jaro mit dem nationalistischen „Kreis“ unter einer Decke stecken und einen Staatsstreich auf Bajoran planen …

Ein Plasmasturm bedroht die DS9. Deshalb ist die Station bis auf wenige Mutige, die die Stellung halten, evakuiert worden. Als sich ein kleines Schiff nähert, das anscheinend in Not ist, bietet die DS9 ihm Schutz und nimmt die Besatzung auf. Doch darauf haben der Trill Verad und seine Begleiter nur gewartet: Denn sie wollen Dax und überfallen die Station!

Rugal, ein cardassianischer Jugendlicher, wurde wie viele andere Kinder auf Bajor zurückgelassen. Nun kommt sein leiblicher Vater nach DS9 und möchte Rugal wieder mit sich nehmen, aber der junge Cardassianer denkt längst wie ein Bajoraner und hasst sein eigenes Volk. Dass er am Ende mit seinem leiblichen Vater gehen muss, ist eine schwere Entscheidung, die nicht unbedingt zum Besseren des Jungen ist...

Die Elaysianerin Melora Pazlar ist als neue Kartographin auf der DS9. Ihr Körper verträgt keine Schwerkraft, die aber auf der Raumstation herrscht. Daher muss die Neue im Rollstuhl sitzen. Die selbstbewusste Frau will gleich zu ihrer ersten Shuttlemission aufbrechen und verliebt sich in Dr. Bashir. Unterdessen hat Quark ernstzunehmende Probleme mit einem gewissen Fallit Kot …

Der Große Nagus Zek will die Deep Space Nine als Plattform für Verhandlungen mit den Dosi nutzen. Sisko und Kira sind zwar skeptisch, aber das Treffen findet statt. Zek hat dafür Quark zum Chefunterhändler der Ferengi ernannt. Quark nimmt sich den geschickten Pel, einen neuen Kellner aus seiner Bar, als Assistenten. Doch Pel hat eine andere Identität als er vorgibt …

Quark soll der Bajoranerin Pallra heimlich eine Kassette mit wichtigen Dokumenten von der DS9 holen. Sie liegt versteckt in einem Wandfach in einem gesicherten Raum. Rom, Quarks Bruder, begleitet ihn dorthin und hat ausnahmslos gute Ideen, was Quark etwas irritiert. Auf dem Rückweg wird Quark von einem Bajoraner erschossen, der ihn seit dem Treffen mit Pallra unbemerkt verfolgt …

Sisko hat Fenna auf der Promenade kennen gelernt. Und hat sich in sie verliebt. Immer wieder taucht sie bei ihm auf und verschwindet anschließend plötzlich. Als Sisko auf der U.S.S. Prometheus Professor Seyetiks Frau Nadell sieht, denkt er, er stehe Fenna gegenüber. Doch Nadell scheint ihn nicht zu kennen. Erst als sie im Sterben liegt, kommt die Wahrheit ans Licht.

Ein fremdes Volk, die Skrreea, landen auf dem Weg nach Bajor auf der Deep Space Nine. Einer Prophezeihung zufolge ist der am „Auge des Universums“ liegende Planet Bajor ihre zukünftige Heimat, die sie Kentanna nennen. Daher wollen sie dort einreisen, die Kammer der Minister aber lehnt ihren Antrag ab. Einige Skrreea wollen diese Entscheidung nicht akzeptieren …

Der Wissenschaftler Dr. Mora Pol kommt auf die DS9, um Odo wieder zu treffen. Mora war derjenige, der Odo im Auftrag der Cardassianer erforscht hat. Immer noch will der Mann die Herkunft Odos klären. Deshalb bittet er Sisko um einen Shuttle. Er meint, auf einem Planeten im Gamma-Quadranten DNA-Material gefunden zu haben, das dem Odos ähnelt.

Als Miles O“Brien von seinem Flug ins Paradas-System zur Raumstation DS9 zurückkehrt, ist alles anders als sonst. Seine Mitmenschen scheinen ihm aus dem Weg zu gehen. Sogar sein Sohn und seine Frau verhalten sich seltsam. Dann wird er auch noch von Dr. Bashir über die Maßen genau untersucht. Bald hat er das Gefühl, die Sternenflotte ist von Fremden infiltriert …

Jahrhunderte haben sich T’Lani und Kelleruner bekriegt – nun herrscht Frieden. Im Labor eines T’Lani-Kreuzers sind Dr. Bashir und O’Brien gemeinsam mit anderen Helfern beschäftigt, die gefährlichen Gen-Zerstörer der beiden Völker unschädlich zu machen. Als sie nach langem Rätseln endlich eine Lösung gefunden haben, stürmen Kelleruner das Labor und wollen alle Mitwisser töten.

O'Brien kommt nach einer Mission aus dem Paradas Sektor nach DS9 zurück, wo sich jeder ihm gegenüber merkwürdig verhält. Schnell beginnt der Chief niemandem mehr zu vertrauen und als er Sisko und Kira zu Friedensverhandlungen nach Parada II folgt, wird klar, dass hier etwas nicht stimmt: O'Brien gibt es zwei mal, doch derjenige, der sich verfolgt gefühlt hat, ist in Wirklichkeit ein Klon...

Auf der Suche nach einem Planeten, den man besiedeln könnte, entdecken Sisko und O’Brien bald einen unerforschten Planeten der M-Klasse. Als sie hinunter beamen, legt das dort herrschende duonische Feld alle ihre Geräte lahm. Da tauchen Menschen auf, die vor Jahren hier gestrandet sind und nun in einem scheinbaren Paradies ohne Technik leben. Doch sie werden betrogen …

Jenseits des Wurmlochs wurde ein unbekanntes Partikelfeld entdeckt. Jadzia Dax und Odo haben den Auftrag es zu untersuchen. Seltene Omikron Partikel führen sie zu einem fremden Planeten. Dort finden sie ein verlassenes Dorf vor. Plötzlich werden sie mit einer Waffe bedroht: Man hält sie für Kidnapper. Denn 22 Menschen sind spurlos aus dem Dorf verschwunden …

Arjin ist neu auf der Station. Der junge Trill soll von Dax die Gepflogenheiten ihrer Spezies lernen. Auf einem gemeinsamen Flug durch das Wurmloch kollidiert das Runabout trotz Arjins Flugkünste mit einer seltsamen Masse. Auf ihrem Rückflug gelangt etwas davon mit dem Schiff zur DS9. Als Mäuse das Schutzschild anfressen, breitet sich das unbekannte Material ungehindert aus.

Das cardassische Schiff, das an der DS9 anlegt, ist beschädigt. Professor Natima Lang, eine frühere Geliebte von Quark, und zwei ihrer Studenten steigen aus. Lang berichtet, dass sie in einen Meteoritensturm geraten sind, und bittet Sisko, das Schiff zu reparieren. Doch dann entdeckt O’Brien, dass die Schäden von cardassischen Waffen verursacht wurden …

Vor 80 Jahren hat Jadzia Dax, damals noch als Mann namens Curzon Dax, gemeinsam mit den drei Klingonen Koloth, Kor und Kang einen Blutschwur geleistet: Der verbrecherische Albino hatte nach einer verlorenen Schlacht die Erstgeborenen der drei getötet – darunter Curzons Patenkind. Diese Morde wollten sie rächen. Nun sind die Klingonen gekommen, um Dax an sein Versprechen zu erinnern.

Die Bok’Nor, ein cardassisches Transportschiff, explodiert ganz in der Nähe der Raumstation. Spuren weisen darauf hin, dass das nicht die Tat bajoranischer Terroristen, sondern der Föderation ist! Das bestätigt auch Gul Dukat, der unerkannt auf die DS9 gekommen ist. Er will Sisko seinen Verdacht beweisen. Da wird ein Schiff der Föderation von Cardassianern angegriffen …

Gul Dukat ist entführt worden. Die Kolonisten Amaros und Sakonna, die zur Widerstandsgruppe „Maquis“ gehören, haben ihn in ihrer Gewalt. Sie leben an der entmilitarisierten Grenze zu Cardassia und stehen seit der Grenzverschiebung nicht mehr unter dem Schutz der Förderation. Sie wollen sich, wenn nötig mit allen Mitteln, gegen die Agressionen der Cardassianer wehren.

Dr. Bashir merkt, dass sein Freund Garak Schmerzen hat und bietet seine Hilfe an. Aber Garak lehnt ab. Wenig später in der Bar der Raumstation werden die Qualen so groß, dass er ohnmächtig zusammenbricht und doch auf Bashirs Behandlungstisch landet. Dort entdeckt der Arzt die Wurzel des Problems: ein Implantat in Garaks Kopf. Der Mediziner lässt nicht locker, bis Garak mehr erzählt.

Nach Komplikationen bei einem Rückflug zur DS9 landen Bashir und Kira in einer Parallelwelt: Hier gibt es die Raumstation Terok Nor, die der Deep Space Nine wie ein Ei dem anderen gleicht. Auch die Besatzung ist gleich. Zumindest äußerlich. Echte Menschen aber werden hier als Sklaven gehalten. Kira und Bashir sind Gefangene und sollen getötet werden.

Bei der Wahl des neuen Kai auf der DS9 gibt es bald heftige Turbulenzen: Die beiden Kandidaten Vedek Bareil und Vedek Winn sind bereits auf der Raumstation. Kiras Geliebter Bareil ist der Favorit. Doch seine Konkurrentin Winn beauftragt Kira, herauszufinden, ob Bareil ein Verräter und verantwortlich für den Tod von 43 Widerstandskämpfern ist. Kira wittert dahinter Ränke gegen Bareil.

Miles O’Brien ist mit Keiko auf dem Weg in den Urlaub. Da wird sein Schiff unerwartet von Cardassianern gestoppt und Miles verhaftet. Keiko muss auf die DS9 zurückkehren. O’Brien steht eine Verhandlung bevor, doch das Urteil des cardassischen Gerichts ist schon gefällt: Miles bekommt die Todesstrafe. Er soll den Marquis mit Waffen versorgt haben.

Auf der Flucht vor den Jem’Hadar, den Elitekriegern des Dominions, streckt die verängstigte Eris erst einmal Sisko nieder. Er und seine Begleiter sind auf dem unerforschten Planeten, um für Jakes Wissenschaftsstudie Material zu sammeln. Jetzt aber helfen sie der Frau. Gemeinsam schaffen sie es auf die DS9. Dort muss Sisko erfahren, dass die Gerettete eine Spionin des Dominion ist.