El comandante Benjamin Sisko de la Flota Estelar llega a la estación Espacio profundo 9 con la misión de dirigir la puesta a punto de la misma y posteriormente comandarla. La estación está en órbita del planeta Bajor, recientemente liberado de la ocupación a la que estaba sometido por la Unión Cardasiana.

Descubren un agujero de gusano cerca de la estación y mueven la estación espacial hasta allí. El comandante Benjamin Sisko y Jadzia Dax, una trill, van por el agujero de gusano. Allí encuentran a unos seres incorpóreos que los bajoranos llaman profetas, y se comunican con Sisko y envían a la teniente Dax de regreso a EP9.

El tripulante de una nave que está siendo atacada por los cardasianos es rescatado por la estación Espacio profundo 9. Al subir a bordo, la mayor Kira Nerys reconoce a Tahna Los, con quien había luchado conjuntamente como miembros de la milicia bajorana. Los cardasianos, por su parte, exigen la extradición de quien consideran un terrorista que debe ser castigado.

Ibudan, un bajorano con cargos por asesinato en su pasado, aparece herido de muerte en una holocubierta de Espacio profundo 9, siendo Odo el encargado de investigar las circunstancias de su agresión, así como encontrar al culpable.

Una extraña epidemia se extiende rápidamente por la estación coincidiendo con el descubrimiento del jefe Miles O'Brien de un extraño artefacto de origen desconocido durante las reparaciones de los replicadores.

Una nave procedente del agujero de gusano llega a la estación. De ella baja un ser llamado Tosk. Poco después llega otra nave desconocida de la que desembarcan tres seres. Los tres alienígenas comunican a Sisko que Tosk es su presa y su objetivo es darle caza.

En su regreso por el agujero de gusano desde el Cuadrante Gamma, la teniente Dax y un alférez quedan atrapados en su lanzadera. Mientras O'Brien busca una forma de liberarlos, el doctor Julian Bashir descubre mediante los resultados de un escáner que la lanzadera lleva a bordo a un tercer pasajero. Al lograr liberar la tripulación descubren que se trata de Vash, una arqueóloga que tiempo atrás había decidido realizar sus exploraciones con la ayuda de los poderes de Q.

Durante un vuelo a bordo de una lanzadera de largo recorrido, Kira y el doctor Bashir reciben una llamada de socorro de una nave Kobliadana a la deriva. Tras teletransportarse a bordo de la nave descubren en ella a sus dos pasajeros: una oficial de seguridad llamada Ty Kajada y un asesino que está bajo su custodia: Rao Vantika. El delincuente tratará de escapar agrediendo a los oficiales de la estación Espacio profundo 9 que han acudido en su ayuda.

El comandante Sisko, junto con el resto de oficiales de mayor graduación de Espacio profundo 9 se preparan para recibir la primera visita de una delegación de un planeta del Cuadrante Gamma. Se trata de los Wadi, una especie descubierta por la Federación recientemente. A su llegada a la estación estos sorprenden a los oficiales cuando muestran un mayor interés por acudir al Bar de Quark’s, para participar en los diferentes juegos de azar que allí se ofrecen.

Quark recibe una visita tan inesperada como sorprendente en su bar, con la llegada del Gran Nagus Zeq, líder y miembro más reverenciado de la comunidad ferengi. Tras preparar el recibimiento que merece tal personalidad, Quark descubre asombrado que las intenciones de su líder no son otras que adquirir su establecimiento, pagando por él una cantidad irrisoria.

Mientras Quark se encuentra discutiendo con unos Miradorns gemelos acerca de la venta de un peculiar artefacto, son sorprendidos por Croden, un alienígena del cuadrante Gamma que demanda la propiedad del artefacto. Tras una batalla entre los Miradorns y el recién llegado, uno de los gemelos muere a causa de un disparo. Odo hace acto de presencia deteniendo a Croden y obligando a Quark y el Miradorn restante a comparecer ante el comandante Sisko.

La líder espiritual de Bajor, Kai Opaka, visita inesperadamente la estación Espacio profundo 9, en lo que se convierte en su primer viaje fuera de su planeta. Por sorpresa muestra su interés en realizar un viaje a través del agujero de gusano. Una vez llegados al Cuadrante Gamma, la nave es atacada por un satélite artificial, que causa la muerte de la Kai.

El peligro de sufrir una guerra civil se extiende rápidamente por Bajor. Para evitar tal situación, Sisko ofrece la neutralidad de la estación Espacio profundo 9 a los líderes de las dos facciones en disputa, los Paqu y los Navot. La sorpresa es evidente cuando a la llegada de la líder de los Paqu, Varis Sul, los oficiales descubren que se trata de una adolescente de apenas 15 años. Poco después le presentan a Woban, el líder de los Navot, con el que tendrá que negociar un acuerdo.

Los bajoranos, con la ayuda de los técnicos de la Federación, están preparados para realizar una transferencia de energía a gran escala desde su quinto satélite natural, llamado Jeradoo. En el análisis final, para descartar la presencia de personas en dicho satélite antes de iniciar el proceso, descubren presencia humanoide, lo que impide que se proceda a realizar la operación hasta haber realizado el desalojo. Kira se transporta a la superficie para alertar a la persona que ha quedado allí.

Los miembros de la tripulación descubren con asombro que, debido a algún misterioso fenómeno, todas las fantasías que tienen se convierten en realidad. Pese a que inicialmente parece que esta situación no conlleva ningún serio peligro, pronto descubrirán que estaban equivocados.

El doctor Bashir es el encargado de la recepción en la estación Espacio profundo 9 de una delegación de embajadores de la Federación, entre los que se encuentra Lwaxana Troi, madre de la consejera del USS Enterprise (NCC-1701-D), Deanna Troi. En una visita al Quark’s Lwaxana descubre que le han robado un valioso collar. Odo, atento como siempre a lo que sucede en la estación, logra recuperarlo y se lo devuelve a la embajadora que cae enamorada del oficial de seguridad.

Kira muestra su desacuerdo ante Sisko por haber permitido éste la llegada de una nave Valeriana, especie que los bajoranos detestan al estar convencidos de que estos proporcionaron armas a los cardasianos durante el ataque y posterior ocupación de su planeta. Antes de la llegada de la nave, un crucero klingon emerge del agujero de gusano y estalla justo después de que un klingon agonizante se transporte a la estación.

Una nave Kobheeriana transporta a EP9 un pasajero enfermo. Al conocer la mayor Kira que está afectado por la enfermedad llamada Kalla-Nohra recuerda que tan solo se conocen afectados entre los que sufrieron un accidente en un campo de minado en el que los cardasianos esclavizaban a los bajoranos y que ella liberó años atrás. Al visitar la enfermería para ver de quien se trata, Kira descubre que se trata de un cardasiano.

Durante una clase en la escuela de la estación Espacio profundo 9, la profesora Keiko O'Brien explica a sus jóvenes estudiantes los aspectos técnicos que originan el agujero de gusano artificial junto al que está su estación. Un religioso bajorano, Vedek Winn, que está presente durante su visita a la estación, muestra su desacuerdo, asegurando que lo que realmente guía con seguridad a las naves dentro del agujero de gusano no es la tecnología, sino las manos de sus profetas.