3年前のボーグとの戦いで妻を失ったベンジャミン・シスコ中佐は、息子のジェイクを連れて宇宙基地ディープ・スペース・ナインに赴任した。彼はベイジョー星の預言者カイ・オパカに不思議な発光体を渡され、それを手がかりに「テンプル」を探せと告げられる。

テンプルを調査すべく現地へ行ったシスコとダックスは、その正体、ワームホールへ吸い込まれ奇妙な生命体に身体を拘束される。一方、DS9はカーデシアに占領される前にワームホールの所有権を得ようと現地へ。しかし、ワームホールは見当たらず……。

レジスタンスの元同志ターナをカーデシアの手から保護したキラは、テロ集団コー・マから足を洗ったという彼のために、特赦をとりつける。しかし、実際は脱退していないターナは……。一方、ベシアーはDS9にただ1人残っているカーデシア人ガラックと親しくなり、ターナの企みを知る。

保安主任オドーはクワークのバーで客の中に極悪人のイブダンを見つけ、追放しようとしてもみ合いになる。その後、ホロスイートでマッサージを受けていたイブダンが、何者かに刺し殺される事件が起こった。現場検証の結果、オドーのDNAが発見され、彼が重要参考人となる。

DS9で伝染病が発生。オブライエンから始ったこの奇妙な病気は、神経の言語伝達経路に異常をきたし、自分が伝えようとする言葉を口に出すと全く違う言葉が出てきてしまう。あっという間にステーション中に蔓延したこの病気は、進行すると自律神経まで侵され、死が迫ってくるのだ。

ワームホールを通り抜け、ガンマ宇宙域から初めての来訪者が訪れた。名前はトスク。宇宙船が故障しているため、オブライエンが修理を申し出るが、トスクは自分の事情を何も語ろうとしない。そんなある日、トスクを追ってワームホールからエイリアンたちが現れる。

ワームホールから帰還したダックスのシャトルには、考古学者バッシュが乗っていた。彼女は2年間、ガンマ宇宙域を旅していたという。ワームホールを通らずにどうやってガンマ宇宙域へ出たのか、シスコは疑問に思うが……。

ある日、3人のエイリアンがDS9に現れ、ダックスを連れ去ろうとする。3人はダックスを国家への反逆及び、彼らの母星の英雄アーデロン・タンドロ将軍を殺害した容疑で、自分たちに引き渡すよう要求する。3人のうちの1人は、タンドロ将軍の息子であるアイロン・タンドロだった。

キラとベシアーがシャトルで宇宙を航行中、カジャダからSOSが入る。駆けつけた2人はカジャダと、彼女が護送していた囚人バンディカをシャトルに収容する。カジャダたちはコブリアド人で、バンディカはDS9に運ばれてくるデューリディアムを奪おうと狙っていた。

ガンマ宇宙域からDS9にワディ族がやってきた。使節団を率いるファローは、すぐにクワークの店へと向かう。ワディ族はゲームに目のない一族だったのだ。ファローは、実際の人間をある虚構の世界へと閉じ込め、元の世界へ戻ってこられるかを見て楽しむゲーム「チュラ」を開始して……。

DS9のクワークのもとに、フェレンギ財界の長老“グランド・ネーガス”のゼクが訪れる。ゼクはフェレンギ財界の幹部を招集した会議で、自分の後継者にクワークを指名する。意外な指名に、フェレンギの幹部たちは不満たらたら。クワークを脅迫する者まで現れるが……。

DS9で殺人事件が発生。ラカー人のクローデンがクワークと示し合わせて、ミラドーン人の双子ロウ・ケルとアー・ケルから美術品を奪おうとしたのだ。怒ったロウ・ケルに襲われたクローデンは反撃し、ロウ・ケルを殺してしまう。激怒したアー・ケルは、兄の仇を討とうとクローデルをつけねらう。

ある日、ベイジョーの預言者カイ・オパカがDS9を訪れる。オパカの希望で、シスコはキラ、ベシアーを連れてワームホールへと小旅行へ出る。ガンマ宇宙域に出たシスコたちは奇妙な信号を受信、その発信源をたどっていくうちに、とある月を守る人工衛星から攻撃され墜落してしまう。

ベイジョーの2つの勢力、パク派とナボット派は領土を巡って対立しており、シスコが調停にあたることになった。パク派の指導者バリスはまだ少女、亡くなった父親の跡を継ぎ、頑固なまでに立場譲らず交渉は難航する。一方、オブライエンはベシアーに同行し、ベイジョーへ救難活動に行くが……。

ベイジョーは第五の月ジェラドーからエネルギーを取り出すプロジェクトに着手していた。しかし、調査飛行に出たキラは、ジェラドーに生命反応があることに気付く。ジェラドーに降り立ってみると、そこにはムリボクという老人が2人の仲間と共に住んでいた。

DS9近くの宇宙空間で、プラズマ・フィールドにおけるトロンの放出が増大していることが観測された。その頃、DS9では不思議なことが続けて起こる。どうやらプラズマ・フィールドにおける異常によって、人間が頭の中で想像したり願ったりしたことが現実に起きてしまうらしいのだ。

DS9に惑星連邦の使節団が派遣されてくる。大使のひとり、ラクサナ・トロイは、クワークの店で盗まれたブローチを取り戻してくれたオドーに一目ぼれし、積極的にオドーに迫る。そんな折、ワームホールから一機の探査船が現れた。

ガンマ宇宙域へ生物調査に出かけたクリンゴン船がワームホールから出てきた。ところがDS9の司令室スタッフが見守る前で、そのクリンゴン船は爆発炎上する。またその頃、バレリアン人の輸送船がDS9にドッキング許可を求めてきた。バレリアン人を警戒するキラはドッキングに反対するが……。

DS9にベイジョーのウィン司教がやってきてケイコの授業に文句をつけた。彼女はワームホールの成り立ちを科学的に説明していたのだが、ベイジョーにとってワームホールは「聖なる神殿」のある神聖な場所であり、彼女の教え方は神への冒涜だというのだ。